mRNA-seq (NGS) – De novo

Sekvenciranje mRNA omogoča profiliranje vseh transkriptov mRNA v celicah pod določenimi pogoji in je široko uporabljena tehnologija na različnih raziskovalnih področjih. Cevovod BMKCloud De novo mRNA-seq je zasnovan za analizo knjižnic sekvenciranja, obogatenih s poli-A, kadar referenčni genom ni na voljo. Cevovod se začne s kontrolo kakovosti, ki mu sledide novosestavljanje transkripta in izbor nabora unigene. Analiza strukture unigene napoveduje kodirno zaporedje (CDS) in enostavna ponavljanja zaporedja (SSR). Nato analiza diferencialne ekspresije med testiranimi pogoji najde diferencialno izražene gene (DEG), čemur sledi funkcionalna anotacija in obogatitev DEG za pridobivanje bioloških vpogledov.