Dolgo nekodirano zaporedje-Illumina
Prednosti storitve
●Skupna analiza mRNA in lncRNA: s kombinacijo kvantifikacije transkriptov mRNA s preučevanjem lncRNA in njihovih tarč je mogoče dobiti poglobljen pregled regulativnega mehanizma, na katerem temelji celični odziv.
●Obsežno strokovno znanje: Naša ekipa v vsak projekt vnese bogate izkušnje z zgodovino obdelave več kot 23.000 vzorcev pri BMK, ki obsegajo različne vrste vzorcev in projekte lncRNA.
●Stroga kontrola kakovosti: Implementiramo ključne kontrolne točke v vseh fazah, od priprave vzorca in knjižnice do sekvenciranja in bioinformatike. To natančno spremljanje zagotavlja zagotavljanje dosledno visokokakovostnih rezultatov.
●Poprodajna podpora: Naša zaveza sega preko zaključka projekta s 3-mesečnim obdobjem poprodajnih storitev. V tem času nudimo spremljanje projekta, pomoč pri odpravljanju težav in srečanja z vprašanji in odgovori za obravnavo kakršnih koli vprašanj v zvezi z rezultati.
Zahteve za vzorce in dostava
| Knjižnica | Platforma | Priporočeni podatki | QC podatkov |
| rRNA osiromašena usmerjena knjižnica | Ilumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85% |
Nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistost | Integriteta |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je prikazana omejena ali nikakršna kontaminacija beljakovin ali DNK. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; omejena ali brez osnovne višine |
● Rastline:
Korenina, steblo ali cvetni list: 450 mg
List ali seme: 300 mg
Sadje: 1,2 g
● Žival:
Srce ali črevesje: 450 mg
Notranji organi ali možgani: 240 mg
Mišice: 600 mg
Kosti, lasje ali koža: 1,5 g
● Členonožci:
Insekti: 9g
Raki: 450 mg
● Polna kri:2 cevi
● Celice: 106 celice
● Serum in plazma: 6 ml
Priporočena dostava vzorcev
Vsebnik: 2 ml centrifugalna epruveta (kositrna folija ni priporočljiva)
Označevanje vzorca: skupina + ponovitev, npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. Suhi led: Vzorce je treba zapakirati v vrečke in zakopati v suhi led.
2. RNAstable epruvete: vzorce RNA lahko posušite v RNA stabilizacijski epruveti (npr. RNAstable®) in jih pošljete pri sobni temperaturi.
Potek storitvenega dela
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorcev
Ekstrakcija RNA
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Bioinformatika
Analiza diferencialne genske ekspresije (DEG).
Kvantifikacija izražanja lncRNA – grozdenje
Obogatitev ciljnih genov lncRNA
Analiza položaja skupne mRNA in lncRNA – risba Circos (srednji krog je mRNA in notranji krog je lncRNA)
Raziščite napredek, ki ga omogočajo storitve izravnave lncRNA BMKGene prek izbrane zbirke publikacij.
Ji, H. et al. (2020) 'Identifikacija, funkcionalna napoved in ključna verifikacija lncRNA za lncRNA, povezane s hladnim stresom, v jetrih podgan', Znanstvena poročila 2020 10:1, 10(1), str. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) „Integrativna transkriptomska analiza razkriva imunski mehanizem za sev navadnega krapa, odporen na CyHV-3“, Frontiers in Immunology, 12, str. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) 'Multi-Omics Integration-Based Prioritization of Competing Endogenous RNA Regulation Networks in Small Cell Lung Cancer: Molecular Characteristics and Drug Candidates', Frontiers in Oncology, 12, str. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Genetsko razčlenjevanje mreže koekspresije genov, ki je osnova fotosinteze pri Populusu', Plant Biotechnology Journal, 18(4), str. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) 'Globalno regulativno omrežje za disregulirano izražanje genov in nenormalno presnovno signalizacijo v imunskih celicah v mikrookolju Gravesove bolezni in Hashimotovega tiroiditisa', Frontiers in Immunology, 13, str. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
