Sestavljanje genoma na osnovi Hi-C
HI-C je metoda, namenjena zajemanju konfiguracije kromosomov s kombiniranjem interakcij, ki temeljijo na bližini, in zaporedjem z visoko prepustnostjo. Verjame se, da je intenzivnost teh interakcij negativno povezana s fizično razdaljo na kromosomih. Zato se podatki HI-C uporabljajo za vodenje grozda, naročanja in usmeritve sestavljenih sekvenc v osnutku genoma in zasidranja na določenem številu kromosomov. Ta tehnologija omogoča sklop genoma na ravni kromosomov v odsotnosti populacijskega genetskega zemljevida. Vsak genom potrebuje Hi-C.
Servisne funkcije
● Zaporedje na Illumina Novaseq s PE150.
● Storitev zahteva, da se vzorci tkiva namesto ekstrahiranih nukleinskih kislin navzkrižno povežejo s formaldehidom in ohranjajo interakcije DNK-proteina.
● HI-C eksperiment vključuje omejevanje in končni popravilo lepljivih koncev z biotinom, čemur sledi kroglizacija nastalih tupih koncev ob ohranjanju interakcij. DNK nato potegnemo navzdol s streptavidinskimi kroglicami in očiščeno za nadaljnjo pripravo knjižnice.
Prednosti storitev
Pregled Hi-C
(Lieberman-Aiden e et al.,Znanost, 2009)
●Odpravljanje potrebe po podatkih o genetski populaciji:HI-C nadomešča bistvene informacije, potrebne za sidranje.
●Visoka gostota označevalcev:kar vodi do visokega sidralnega razmerja nad 90%.
●Obsežno strokovno in objavo evidence:BMKGENE ima ogromne izkušnje z več kot 2000 primerih sestavljanja genoma Hi-C iz 1000 različnih vrst in različnih patentov. Več kot 200 objavljenih primerov ima akumulacijski dejavnik vpliva v primerjavi z letom 2000.
●Visoko usposobljena ekipa za bioinformatiko:Z lastnimi patenti in programskimi avtorskimi pravicami za hi-c poskuse in analizo podatkov samorazvita programska oprema za vizualizacijo omogoča ročno premikanje, vzvratno premikanje, preklic, preklic in obnavljanje.
●Podpora po prodaji:Naša zaveza se presega zaključek projekta s trimesečnim poprodajnim obdobjem. V tem času ponujamo nadaljnje spremljanje projektov, odpravljanje pomoči in vprašanj in vprašanj za reševanje vseh poizvedb, povezanih z rezultati.
●Obsežna opomba: Uporabljamo več baz podatkov za funkcionalno označevanje genov z identificiranimi spremembami in izvajanje ustrezne analize obogatitve, ki zagotavlja vpogled v več raziskovalnih projektov.
Specifikacije storitev
| Priprava knjižnice | Strategija zaporedja | Priporočeni izhod podatkov | Nadzor kakovosti |
| Knjižnica Hi-C | Illumina Novaseq PE150 | 100X | Q30 ≥ 85% |
Vzorčne zahteve
| Tkivo | Potreben znesek |
| Živalska viscera | ≥ 2 g |
| Živalske mišice | |
| Sesalska kri | ≥ 2 ml |
| Perutnina/ribja kri | |
| Rastlinski svež list | ≥ 3 g |
| Gojene celice | ≥ 1x107 |
| Žuželka | ≥ 2 g |
Servisni delovni tok
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorca
Konstrukcija knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Po prodajnih storitvah
1) Surovi podatki QC
2) HI-C Knjižnica QC: Ocena veljavnih interakcij Hi-C
3) HI-C sklop: združevanje kontig v skupinah, čemur sledi naročanje kontig znotraj vsake skupine in dodelitev kontig orientacije
4) HI-C ocena
HI-C Knjižnica QC-Ocena HI-C veljavnih parov interakcij
HI-C sklop-statistika
Ocenjevanje po pripravi-toplotna karta intenzivnosti signala med zabojniki
Raziščite napredek, ki ga omogočajo BMKGenejeve storitve HI-C montaže s pomočjo kurirane zbirke publikacij.
Tian, T. et al. (2023) „Sestavljanje genoma in genetska sekcija izrazite suše odporne koruze“, Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), str. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, Zl in sod. (2020) "Sklop kromosoma azijskega genoma API-jev Honeybee APIS", Frontiers in Genetics, 11, str. 524140. DOI: 10.3389/fGENE.2020.00279/bibtex.
Zhang, F. et al. (2023) „Razkrivanje evolucije alkaloidne biosinteze tropana z analizo dveh genomov v družini Solanaceae“, Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), str. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) „Genomi drevesa Banyan in opraševalca Wasp zagotavljajo vpogled v koevolucijo fige ', Cell, 183 (4), str. 875-889.E17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
