Kromatinska interakcija na osnovi HI-C
Servisne funkcije
● Zaporedje na Illumina Novaseq s PE150.
● Storitev zahteva, da se vzorci tkiva namesto ekstrahiranih nukleinskih kislin navzkrižno povežejo s formaldehidom in ohranjajo interakcije DNK-proteina.
● HI-C eksperiment vključuje omejevanje in končni popravilo lepljivih koncev z biotinom, čemur sledi kroglizacija nastalih tupih koncev ob ohranjanju interakcij. DNK nato potegnemo navzdol s streptavidinskimi kroglicami in očiščeno za nadaljnjo pripravo knjižnice.
Prednosti storitev
●Optimalna restrikcijska encimska zasnova: Za zagotovitev visoke učinkovitosti HI-C pri različnih vrstah z do 93% veljavnimi pari interakcije.
●Obsežno strokovno in objavo evidence:BMKGENE ima ogromno izkušenj z> 2000 Hi-C zaporednimi projekti iz 800 različnih vrst in različnih patentov. Več kot 100 objavljenih primerov z akumulacijskim faktorjem vpliva nad 900.
●Visokokvalificirana ekipa za bioinformatiko:Z lastnimi patenti in programskimi avtorskimi pravicami za hi-c poskuse in analizo podatkov ter samorazvite programske opreme za vizualizacijo.
●Podpora po prodaji:Naša zaveza se presega zaključek projekta s trimesečnim poprodajnim obdobjem. V tem času ponujamo nadaljnje spremljanje projektov, odpravljanje pomoči in vprašanj in vprašanj za reševanje vseh poizvedb, povezanih z rezultati.
●Obsežna opomba: Uporabljamo več baz podatkov za funkcionalno označevanje genov z identificiranimi spremembami in izvajanje ustrezne analize obogatitve, ki zagotavlja vpogled v več raziskovalnih projektov.
Specifikacije storitev
| Knjižnica | Strategija zaporedja | Priporočeni izhod podatkov | HI-C ločljivost signala |
| Knjižnica Hi-C | Illumina PE150 | Kromatinska zanka: 150x Tad: 50x | Kromatinska zanka: 10kb Tad: 40kb |
Zahteve za storitve
| Vrsta vzorca | Potreben znesek |
| Živalsko tkivo | ≥2g |
| Polna kri | ≥2ml |
| Glive | ≥1g |
| Rastlinsko-mlado tkivo | 1G/alikvot, priporočeno 2-4 alikvote |
| Gojene celice | ≥1x107 |
Vključuje naslednjo analizo:
● surovi podatki QC;
● preslikava in hi-c knjižnica QC: veljavni pari interakcij in razpadanje interakcij (IDE);
● Profiliranje interakcij na celotnem genomu: CIS/trans analiza in zemljevid interakcije Hi-C;
● Analiza porazdelitve A/B;
● Identifikacija TADS in kromatinskih zank;
● Diferencialna analiza elementov 3D kromatina med vzorci in ustrezno funkcionalno opombo povezanih genov.
Porazdelitev CIS in trans delež
Toplotna karta kromosomskih interakcij med vzorci
Porazdelitev predelkov A/B na celotni genom
Porazdelitev kromatinskih zank na celotni genom
Vizualizacija tadov
Raziščite napredek raziskav, ki jih omogočajo BMKGenejeve storitve HI-C sekvenciranja s pomočjo kurirane zbirke publikacij.
Meng, T. et al. "Nevro-onkologija, 23 (10), str. 1709–1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.
Xu, L. et al. (2021) „3D neorganizacija in preureditev genoma zagotavlja vpogled v patogenezo NAFLD z integriranim sekvenciActa farmaceutica sinica b, 11 (10), str. 3150–3164. doi: 10.1016/j.Apsb.2021.03.022.
