Asociacijska analiza celotnega genoma
Potek dela
Prednosti storitve
●Obsežno strokovno znanje in zapisi o publikacijah: z zbranimi izkušnjami v GWAS je BMKGene zaključil na stotine projektov vrst v populacijskih raziskavah GWAS, pomagal raziskovalcem pri objavi več kot 100 člankov, kumulativni faktor vpliva pa je dosegel 500.
● Celovita bioinformatska analiza: potek dela vključuje analizo povezav SNP-lastnosti, ki zagotavlja niz kandidatnih genov in njihovo ustrezno funkcionalno opombo.
●Visoko usposobljena bioinformatska ekipa in kratek cikel analize: z velikimi izkušnjami pri napredni genomski analizi ekipa BMKGene zagotavlja celovite analize s hitrim časom izvedbe.
●Poprodajna podpora:Naša zaveza sega preko zaključka projekta s 3-mesečnim obdobjem poprodajnih storitev. V tem času nudimo spremljanje projekta, pomoč pri odpravljanju težav in srečanja z vprašanji in odgovori za obravnavo kakršnih koli vprašanj v zvezi z rezultati.
Specifikacije in zahteve storitev
| Vrsta zaporedja | Priporočena populacijska lestvica | Strategija zaporedja | Nukleotidne zahteve |
| Sekvenciranje celotnega genoma | 200 vzorcev | 10x | Koncentracija: ≥ 1 ng/µL Skupna količina≥ 30ng Omejena ali brez razgradnje ali kontaminacije |
| Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) | Globina oznake: 10x Število oznak: < 400 Mb: priporočamo WGS < 1Gb: 100K oznak 1 Gb > 2 Gb: 300K oznak Največ 500k oznak | Koncentracija ≥ 5 ng/µL Skupna količina ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Agarozni gel: ni ali je omejena razgradnja ali kontaminacija
|
Izbira materiala
Različne sorte, podvrste, domače sorte/genske banke/mešane družine/divji viri
Različne sorte, podvrste, domače sorte
Družina s polsorojenci/družina s polnimi sorodniki/divji viri
Potek storitvenega dela
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorcev
Ekstrakcija RNA
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Vključuje naslednjo analizo:
- Asociacijska analiza celotnega genoma: model LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Funkcionalna označba kandidatnih genov
Analiza povezav SNP-lastnosti – Manhattanska ploskev
Analiza povezav SNP-lastnosti – QQ graf
Raziščite napredek, ki ga omogočajo storitve BMKGene de GWAS prek izbrane zbirke publikacij:
Lv, L. et al. (2023) 'Vpogled v genetsko osnovo tolerance na amoniak pri ostrih školjkah Sinonovacula constricta s študijo asociacije na celotnem genomu',ribogojstvo, 569, str. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Multi-omične analize 398 primerkov lisičjega prosa razkrivajo genomske regije, povezane z udomačitvijo, lastnostmi metabolitov in protivnetnimi učinki',Molekularna rastlina, 15(8), str. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Genome-Wide Association Mapping of Hulless Barely Fenotypes in Drought Environment',Meje v znanosti o rastlinah, 13, str. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) „GmST1, ki kodira sulfotransferazo, daje odpornost na seva virusa sojinega mozaika G2 in G3“,Rastlina, celica in okolje, 44(8), str. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
