De novo glivični genom
BMKGENE ponuja vsestranske rešitve za glivične genome, ki skrbi za raznolike raziskovalne potrebe in želeno popolnost genoma. Samo uporaba kratko branja Illumina zaporedja omogoča ustvarjanje osnutka genoma. Kratka branja in sekvenciranje z dolgo branjem z uporabo nanopore ali pacbio so združeni za bolj rafiniran glivični genom z daljšimi kontigi. Poleg tega integracija zaporedja HI-C še poveča zmogljivosti, kar omogoča doseganje celotnega genoma na ravni kromosomov.
Servisne funkcije
S tremi možnimi možnostmi, ki jih lahko izbirate, odvisno od želene stopnje popolnosti genoma:
● Možnost osnutka genoma: kratko bralno zaporedje z Illumina Novaseq PE150.
● Možnost glivičnega finega genoma:
Raziskava genoma: Illumina Novaseq PE150.
Sestavljanje genoma: Pacbio Revio (HIFI Reads) ali Nanopore Prometion 48.
● Glivični genom na ravni kromosomov:
Raziskava genoma: Illumina Novaseq PE150.
Sestavljanje genoma: Pacbio Revio (HIFI Reads) ali Nanopore Prometion 48.
Contig sidranje s sklopom Hi-C.
Prednosti storitev
●Na voljo več strategij zaporedja: Za različne raziskovalne cilje in zahteve popolnosti genoma
●Popoln bioinformatični potek:To vključuje sestavljanje genomov in napovedovanje več genomskih elementov, funkcionalno opombo genov in zasidranje kontig.
●Obsežno strokovno znanje: Zbrani z več kot 12.000 mikrobnimi genomi prinašamo desetletje izkušenj, visoko usposobljeno analizo, celovito vsebino in odlično podporo po prodaji.
●Podpora po prodaji:Naša zaveza se presega zaključek projekta s trimesečnim poprodajnim obdobjem. V tem času ponujamo nadaljnje spremljanje projektov, odpravljanje pomoči in vprašanj in vprašanj za reševanje vseh poizvedb, povezanih z rezultati.
Specifikacije storitev
| Postrežba | Strategija zaporedja | Nadzor kakovosti |
| Osnutek genoma | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Fini genom | Raziskava genoma: Illumina PE150 50 x Montaža: Pacbio HIFI 30X ali Nanopore 100x | Contig N50 ≥1Mb （Pacbio Unicellular） Contig N50 ≥2Mb （ONT UNICELLULAR contig n50 ≥500kb （drugi） |
| Kromosomski genom na ravni kromosomov | Raziskava genoma: Illumina PE150 50 x Montaža: Pacbio HIFI 30X ali Nanopore 100x HI-C Skupščina 100x | Razmerje sidranja Contig> 90%
|
Zahteve za storitve
| Koncentracija (ng/µl) | Skupna količina (µg) | Prostornina (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Enocelična gliva: ≥3,5x1010 celice
Makro glive: ≥10 g
Servisni delovni tok
Dostava vzorca
Konstrukcija knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Po prodajnih storitvah
Vključuje naslednjo analizo:
Raziskava genoma:
- Zaporedje nadzor kakovosti podatkov
- Ocena genoma: velikost, heterozigoznost, ponavljajoči se elementi
Fino genom sklop:
- Zaporedje nadzor kakovosti podatkov
- De novoSkupščina
- Analiza komponent genoma: napovedovanje CD -jev in več genomskih elementov
- Funkcionalno opombo z več splošnimi bazami podatkov (GO, KEGG itd.) In naprednih bazah podatkov (kartica, VFDB itd.)
A-C Assembly:
- Ocenjevanje knjižnice HI-C.
- Contigs zasidranje grozda, naročanja in orientacije
- Vrednotenje sklopa HI-C: Na podlagi referenčnega genoma in toplotnega zemljevida
Raziskava genoma: K-Mer Distribucija
Sklop genoma: gensko homologno opombo (baza podatkov NR)
Sklop genoma: funkcionalno pripisovanje genov (GO)
Raziščite napredek, ki ga omogočajo BMKGenejeve storitve glivičnega genoma s pomočjo kurirane zbirke publikacij.
Hao, J. et al. (2023) „V celotiBMC genomika, 24 (1), str. 1–12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-Z/številke/3.
Lu, L. et al. (2023) „Sekvenciranje genoma razkriva evolucijo in patogene mehanizme pšeničnega ostrega očesnega patogena Rhizoctonia cerealis ',Časopis za pridelke, 11 (2), str. 405–416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. "Rastlinska bolezen, 107 (3), str. 929–934. doi: 10.1094/pdis-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) „Genetski in molekularni dokazi tetrapolarnega parjenja v užitnem gob Grifola frondosa ',Časopis za glive, 9 (10), str. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
