Celotna sekvenciranje mRNA-Nanopore
Lastnosti
● Zajem poli-a mRNA, ki mu sledi sinteza cDNA in priprava knjižnice
● Zaporedje prepisov v celotni dolžini
● Bioinformatska analiza, ki temelji na poravnavi referenčnemu genomu
● Bioinformatska analiza ne vključuje samo ekspresije na genu in izoformni ravni, ampak tudi analizo lncRNA, genskih fuzij, poli-adenilacije in strukture gena
Prednosti storitev
●Kvantifikacija izražanja na ravni izoform: Omogočanje podrobne in natančne analize izražanja, razkrivanje sprememb, ki jih je mogoče prikriti pri analizi celotne ekspresije gena
●Zmanjšane zahteve podatkov:V primerjavi z zaporedjem naslednje generacije (NGS) sekvenciranje nanopore kaže nižje potrebe po podatkih, kar omogoča enakovredne ravni nasičenosti kvantifikacije genske ekspresije z manjšimi podatki.
●Večja natančnost kvantifikacije izražanja: tako na ravni gena in izoform
●Identifikacija dodatnih transkriptomskih informacij: Alternativna poliadenilacija, fuzijski geni in lcnRNA ter njihovi ciljni geni
●Obsežno strokovno znanje: Naša ekipa v vsak projekt prinaša veliko izkušenj, saj je opravila več kot 850 Nanopore Celotnih projektov transkripta in obdelala več kot 8000 vzorcev.
●Podpora po prodaji: Naša zaveza se presega zaključek projekta s trimesečnim poprodajnim servisnim obdobjem. V tem času ponujamo nadaljnje spremljanje projektov, odpravljanje pomoči in vprašanj in vprašanj za reševanje vseh poizvedb, povezanih z rezultati.
Vzorčne zahteve in dostava
| Knjižnica | Strategija zaporedja | Priporočeni podatki | Nadzor kakovosti |
| Poly a obogatena | Illumina PE150 | 6/12 GB | Povprečna ocena kakovosti: Q10 |
Vzorčne zahteve:
Nukleotidi:
| Conc. (Ng/μl) | Količina (μg) | Čistost | Integriteta |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Omejena ali brez kontaminacije beljakovin ali DNK, prikazana na gelu. | Za rastline: rin≥7,0; Za živali: rin≥7,5; 5,0≥28s/18S≥1,0; omejena ali brez osnovne višine |
● Rastline:
Koren, steblo ali cvetni list: 450 mg
List ali seme: 300 mg
Sadje: 1,2 g
● Žival:
Srce ali črevo: 300 mg
Viscera ali možgani: 240 mg
Mišica: 450 mg
Kosti, lasje ali koža: 1G
● členonožci:
Žuželke: 6g
Crustacea: 300 mg
● polna kri: 1 cev
● celice: 106 celice
Priporočena dostava vzorca
Posoda: 2 ml centrifuge cev (kositrna folija ni priporočljiva)
Označevanje vzorca: skupina+ponovitev, npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. suho-led: Vzorce je treba pakirati v vrečke in pokopati v suhem ledu.
2. Rnastabilne cevi: Vzorce RNA lahko posušimo v cevi za stabilizacijo RNA (npr. RNASTABLE®) in odposlane v sobni temperaturi.
Servisni delovni tok
Nukleotidi:
Dostava vzorca
Konstrukcija knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Po prodajnih storitvah
Servisni delovni tok
Tkivo:
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorca
Ekstrakcija RNA
Konstrukcija knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Po prodajnih storitvah
● Obdelava surovih podatkov
● Identifikacija prepisa
● Alternativno spajanje
● Kvantifikacija izražanja v ravni genov in izoformni
● Diferencialna analiza izražanja
● Opombe in obogatitev funkcij (DEG in DETS)
Alternativna analiza spajanja
Alternativna analiza poliadenilacije (APA)
Napoved lncrna
Opomba novih genov
Grozdje dets
Beljakovinske beljakovinske mreže v DEGS
Raziščite napredek, ki ga omogočajo BMKGenejeve nanopore celotne storitve zaporedja mRNA s pomočjo kurirane zbirke publikacij.
Gong, B. et al. (2023) „Epigenetska in transkripcijska aktivacija sekretorne kinaze FAM20C kot onkogena v gliomu“, Journal of Genetics and Genomics, 50 (6), str. 422–433. doi: 10.1016/j.jgg.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) „Celotna sekvenciranje limfocitov v celotni dolžini se odziva na IFN-γ razkrije imunski odziv Th1 v Flounderju (Paralichthys Olivaceus)“, Imunologija Fish & Shellfish, 134, str. 108636. Doi: 10.1016/j.fsi.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) „Primerjalna analiza metod sekvenciranja PACBIO in ONT RNA za identifikacijo nemopileme nomurajskih strupov“, Genomics, 115 (6), str. 110709. doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) „Nano-seq analiza razkriva različne funkcionalne težnje med eksosomi in mikrovezikli, pridobljenimi iz HUMSC“, raziskave in terapije z matičnimi celicami, 14 (1), str. 1–13. doi: 10.1186/s13287-023-03491-5/tabele/6.
