Analiza evkariontske mRNA (na voljo referenčne in de novo možnosti)
Ta cevovod uporablja podatke NGS RNA-seq kot vhod in daje rezultate iz več analiz na nižji stopnji, vključno z omejeno: sekvenciranjem kakovosti podatkov,de novoOpomba na mestu transkripcije, analiza spremenljivega spajanja, analiza diferencialne ekspresije, obvestila o funkciji in obogatitev.
Dolga nekodirajoča analiza RNA
Dolgi nekodirajoči RNA (lncRNA) so nekodirajoči transkripti z dolžinami, daljšimi od 200 nt in je znano, da igrajo vloge v kromatinski organizaciji in regulaciji. Tehnologije zaporedja in bioinformatike z visokim pretokom so omogočile naše razumevanje zaporedja lncRNA in informacije o pozicioniranju za identifikacijo lncRNA s ključnimi regulativnimi funkcijami. Ta cevovod zagotavlja analizo lncRNA poleg analiz, omenjenih v cevovodu za evkariontsko analizo mRNA.
16S/18S/njegovo amplikonsko zaporedje
Cevovod za analizo mikrobnih raznolikosti Amplicon je bil razvit na podlagi dolgoletnih izkušenj na področju analize projektov mikrobne raznolikosti. Cevovod vsebuje standardizirano osnovno analizo, ki zajema vsebino analize v trenutnih mikrobnih raziskavah in prilagojeno analizo. Poročilo o analizi je bogato in obsežno, z možnostjo izvajanja raznolikih osebnih analiz. Poleg tega lahko vzorce in skupine spreminjate na letenju za dodatno prilagoditev in nadzor.
Analiza metagenomike puške
Metagenomska analiza puške uporablja podatke NGS iz mešanih genomskih materialov, pridobljenih iz okoljskih vzorcev. Vključene analize zagotavljajo podrobne informacije o raznolikosti in številčnosti vrst, strukturi populacije, filogenetskih odnosih, funkcionalnih genih in korelacijskih omrežjih z okoljskimi dejavniki.
Analiza variante NGS-WGS
Analiza variante NGS-WGS je integriran cevovod za odkrivanje variant, ki izvaja nadzor kakovosti podatkov, poravnavo zaporedja, pripombe in analizo genskih mutacij. Cevovod sledi najboljšim praksam GATK za odkrivanje SNP in Indel in uporablja manto za strukturno variantno klicanje.
Študija združenja genoma (GWA)
Cevovod GWAS je nižja analiza, ki zavzema predhodno ustvarjene datoteke VCF in ustrezne fenotipne podatke za skupino posameznikov kot vhod. S pomočjo specifičnih statističnih metodologij želi GWAS odkrivati nukleotidne variacije na celotnem genomu, povezane s fenotipskimi razlikami. Ima ključno vlogo pri raziskovanju funkcionalnih genov, povezanih s kompleksnimi človeškimi boleznimi in zapletenimi lastnostmi pri rastlinah in živalih.
Analiza segregacije v velikem obsegu (BSA)
Analiza BSA vključuje združevanje posameznikov z ekstremnimi fenotipskimi lastnostmi ločene populacije. S primerjavo diferencialnih lokusov med združenimi vzorci ta pristop hitro prepozna tesno povezane molekularne markerje, povezane s ciljnimi geni. Široko se uporablja pri genetskem preslikavi rastlin in živali, je dragoceno orodje za vzrejo, ki jo podpira marker.
Evolucijska analiza genetike
Analiza evolucijske genetike delovna toka izkorišča bogate izkušnje BMKGene v projektih genetske evolucije in vključuje filogenetsko konstrukcijo dreves, analizo neravnovesja povezav, oceno genske raznolikosti, selektivno identifikacijo pometa, analizo sorodstva, analizo glavnih komponent in karakterizacijo strukture populacije.
