Evolucijska genetika
Prednosti storitve
Takagi et al.,Rastlinski dnevnik, 2013
●Celovita bioinformatska analiza:omogočanje ocene genetske raznovrstnosti, ki odraža evolucijski potencial vrst, in razkrivanje zanesljivih filogenetskih odnosov med vrstami z minimalnim vplivom konvergentne evolucije in vzporedne evolucije
●Izbirna analiza po meri: kot je ocena časa in hitrosti divergence na podlagi variacij na ravni nukleotidov in aminokislin.
●Obsežno strokovno znanje in zapisi o publikacijah: BMKGene je več kot 15 let nabral ogromno izkušenj s projekti populacijske in evolucijske genetike, ki zajemajo na tisoče vrst itd., in je prispeval k več kot 1000 projektom na visoki ravni, objavljenih v Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal itd.
● Visoko usposobljena bioinformatska ekipa in kratek cikel analize: z velikimi izkušnjami pri napredni genomski analizi ekipa BMKGene zagotavlja celovite analize s hitrim časom izvedbe.
● Poprodajna podpora:Naša zaveza sega preko zaključka projekta s 3-mesečnim obdobjem poprodajnih storitev. V tem času nudimo spremljanje projekta, pomoč pri odpravljanju težav in srečanja z vprašanji in odgovori za obravnavo kakršnih koli vprašanj v zvezi z rezultati.
Specifikacije storitev in zahteve
| Vrsta zaporedja | Priporočena populacijska lestvica | Strategija zaporedja | Nukleotidne zahteve |
| Sekvenciranje celotnega genoma | ≥ 30 posameznikov, z ≥ 10 posamezniki iz vsake podskupine
| 10x | Koncentracija: ≥ 1 ng/µL Skupna količina≥ 30ng Omejena ali brez razgradnje ali kontaminacije |
| Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) | Globina oznake: 10x Število oznak: <400 Mb: priporočamo WGS <1Gb: 100K oznak 1 Gb >2Gb: 300K oznak Največ 500k oznak | Koncentracija ≥ 5 ng/µL Skupna količina ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Agarozni gel: ni ali je omejena razgradnja ali kontaminacija
|
Potek storitvenega dela
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorcev
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Storitev vključuje analizo populacijske strukture (filogenetsko drevo, PCA, populacijski stratifikacijski diagram), populacijske raznolikosti in populacijske selekcije (neravnovesje povezav, selektivna izbira ugodnih mest). Storitev lahko vključuje tudi analizo po meri (npr. divergenčni čas, pretok genov).
*Tu prikazani predstavitveni rezultati so vsi iz genomov, objavljenih z BMKGENE
1.Evolucijska analiza vsebuje konstrukcijo filogenetskega drevesa, populacijske strukture in PCA na podlagi genetskih variacij.
Filogenetsko drevo predstavlja taksonomske in evolucijske odnose med vrstami s skupnim prednikom.
Cilj PCA je vizualizirati bližino med podpopulacijami.
Struktura populacije kaže na prisotnost genetsko ločene podpopulacije glede na frekvence alelov.
Chen, et. al.,PNAS, 2020
2. Selektivno pometanje
Selektivno pregledovanje se nanaša na postopek, s katerim se izbere ugodno mesto in se povečajo pogostosti povezanih nevtralnih mest in zmanjšajo pogostosti nepovezanih mest, kar povzroči zmanjšanje regionalnih.
Zaznavanje celotnega genoma na selektivnih regijah brisanja se obdela z izračunom populacijskega genetskega indeksa (π, Fst, Tajima D) vseh SNP znotraj drsnega okna (100 Kb) pri določenem koraku (10 Kb).
Nukleotidna raznolikost (π)
Tajima D
Indeks fiksacije (Fst)
Wu, et. al.,Molekularna rastlina, 2018
3. Pretok genov
Wu, et. al.,Molekularna rastlina, 2018
4.Demografska zgodovina
Zhang, et. al.,Ekologija narave in evolucija, 2021
5. Čas razhajanja
Zhang, et. al.,Ekologija narave in evolucija, 2021
Raziščite napredek, ki ga omogočajo storitve evolucijske genetike BMKGene prek izbrane zbirke publikacij:
Hassanyar, AK et al. (2023) 'Odkritje molekularnih markerjev SNP in genov kandidatov, povezanih z odpornostjo na virus Sacbrood v ličinkah Apis cerana cerana s ponovnim zaporedjem celotnega genoma',Mednarodna revija za molekularne znanosti, 24 (7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'Odkritje divjega, genetsko čistega kitajskega velikanskega močerada ustvarja nove možnosti za ohranitev',Zoološke raziskave, 2022, letnik 43, številka 3, strani: 469–480, 43(3), str. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Filogeografski vzorec in zgodovina razvoja populacije avtohtonega Elymus sibiricus L. na Qinghai-tibetanski planoti',Meje v znanosti o rastlinah, 13, str. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'Genomski vpogled v evolucijo longana iz sklopa genoma na ravni kromosoma in populacijske genomike akcesionarjev longana',Hortikulturne raziskave, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
