Sekvenciranje evkariontske mRNA-NGS
Lastnosti
● Zajetje poli mRNA pred pripravo knjižnice
● Izbirna usmerjena priprava knjižnice mRNA za omogočanje pridobivanja podatkov o zaporedju, specifičnih za verigo
● Bioinformatska analiza izražanja genov in strukture transkriptov
Prednosti
●Obsežno strokovno znanje: Naša ekipa je pri BMKgene obdelala več kot 600.000 vzorcev, ki zajemajo različne vrste vzorcev, kot so celične kulture, tkiva in telesne tekočine. V vsak projekt prinašamo bogate izkušnje in smo uspešno zaključili več kot 100.000 projektov mRNA-Seq na različnih raziskovalnih področjih.
●Stroga kontrola kakovosti: Implementiramo ključne kontrolne točke v vseh fazah, od priprave vzorca in knjižnice do sekvenciranja in bioinformatike. To natančno spremljanje zagotavlja zagotavljanje dosledno visokokakovostnih rezultatov, kar vam zagotavlja, da je vaš projekt v zanesljivih rokah.
●Izčrpna opomba: Uporabljamo več baz podatkov za funkcionalno označevanje diferencialno izraženih genov (DEG) in izvajanje ustreznih obogatitvenih analiz. Ta celovit pristop zagotavlja vpogled v celične in molekularne procese, na katerih temelji odziv transkriptoma, in zagotavlja, da ste v celoti obveščeni o rezultatih vašega projekta.
●Poprodajna podpora: Naša zaveza sega preko zaključka projekta s 3-mesečnim obdobjem poprodajnih storitev. V tem času nudimo spremljanje projekta, pomoč pri odpravljanju težav in srečanja z vprašanji in odgovori za obravnavo kakršnih koli vprašanj v zvezi z rezultati.
Zahteve za vzorce in dostava
| Knjižnica | Strategija zaporedja | Priporočeni podatki | Kontrola kakovosti |
| Poly A obogaten | Ilumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Vzorčne zahteve:
Nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistost | Integriteta | |
| Standardna knjižnica | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je prikazana omejena ali nikakršna kontaminacija beljakovin ali DNK. | Za rastline: RIN≥4,0; Za živali: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; omejena ali brez osnovne višine |
| Usmerjevalna knjižnica | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je prikazana omejena ali nikakršna kontaminacija beljakovin ali DNK. | Za rastline: RIN≥4,0; Za živali: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; omejena ali brez osnovne višine |
● Rastline:
Korenina, steblo ali cvetni list: 450 mg
List ali seme: 300 mg
Sadje: 1,2 g
●žival:
SRCE ali črevesje: 300 mg
Notranji organi ali možgani: 240 mg
Mišice: 450 mg
Kosti, lasje ali koža: 1 g
● Členonožci:
Insekti: 6g
Raki: 300 mg
● Polna kri: 1 cev
● Celice: 106 celice
Priporočena dostava vzorcev
Vsebnik: 2 ml centrifugalna epruveta (kositrna folija ni priporočljiva)
Označevanje vzorca: skupina + ponovitev, npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3 ... ...
Pošiljka:
1. Suhi led: Vzorce je treba zapakirati v vrečke in zakopati v suhi led.
2. Namizne epruvete RNA: vzorce RNA lahko posušite v epruveti za stabilizacijo RNA (npr. RNAstable®) in jih pošljete pri sobni temperaturi.
Potek storitvenega dela
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorcev
Ekstrakcija RNA
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Bioinformatika
evkariontski Potek dela analize sekvenciranja mRNA
Bioinformatika
ØNadzor kakovosti neobdelanih podatkov
ØPoravnava referenčnega genoma
ØAnaliza strukture transkripta
ØKvantifikacija izražanja
ØAnaliza diferencialnih izrazov
ØAnotacija in obogatitev funkcij
Poravnava referenčnega genoma
Nasičenost podatkov
Korelacija vzorcev in ocena bioloških ponovitev
Diferencialno izraženi geni (DEG)
Funkcionalna anotacija DEG
Funkcionalna obogatitev DEG
Raziščite napredek, ki ga omogočajo storitve sekvenciranja evkariontske NGS mRNA BMKGene prek izbrane zbirke publikacij.
Huang, L. et al. (2023) „Triklosan in triklokarban oslabita vohalno sposobnost zlatih ribic z omejevanjem prepoznavanja vonjav, motenjem transdukcije vohalnih signalov in motečo obdelavo vohalnih informacij“, Water Research, 233, str. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus ugrabi človeški p11, da preusmeri fagosome, ki vsebujejo glive, na nerazgradljivo pot', Cell Host & Microbe, 31(3), str. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) „Transkripcijski faktorji TCP, vključeni v razvoj poganjkov bambusa Ma (Dendrocalamus latiflorus Munro)“, Frontiers in Plant Science, 13, str. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) 'Genom Chrysanthemum lavandulifolium in molekularni mehanizem, na katerem temeljijo različne vrste kapitulumov', Hortikulturne raziskave, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) „Kaskadni nanoreaktor za izboljšanje sonodinamične terapije raka debelega črevesa in danke s sinergističnim povečanjem ROS in blokado avtofagije“, Nano Today, 49, str. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
