●Platforme:Illumina Novaseq 6000 in Novaseq X Plus
●Načini zaporedja:PE150 in PE250
●Nadzor kakovosti knjižnic pred zaporedjem
●Podatki o zaporedju QC in dostava:Dostava poročila QC in surovih podatkov v formatu FASTQ po demultipleksiranju in filtriranju Q30 Readi
●Vsestranskost zaporednih storitev:Stranka se lahko odloči za zaporedje po voznem pasu, pretočni celici ali s količino potrebnih podatkov (delno zaporedje voznega pasu).
●Obsežne izkušnje na platformi za sekvenciranje Illumina:s tisoči zaprtih projektov z različnimi vrstami.
●Dostava zaporedja poročila QC:Z meritvami kakovosti, natančnostjo podatkov in splošno uspešnostjo projekta sekvenciranja.
●Proces zrelega zaporedja:s kratkim obratovalnosti.
●Strog nadzor kakovosti: Izvajamo stroge zahteve QC, da zagotovimo dosledno kakovostne rezultate.
Obnosišče | Pretočna celica | Način zaporedja | Enota | Ocenjeni izhod |
Novaseq x | 10B (8 pasov) | PE150 | Enojni pas Delni pas | 375GB / LANE |
25B (8 pasov) | PE150 | Enojni pas Delni pas | 1000 GB/vozni pas | |
Novaseq 6000 | SP pretočna celica (2 pasovi) | PE250 | Pretočna celica Enojni pas Delni pas | 325-400 m Reads / Lane |
S4 pretočna celica (4 pasovi) | PE150 | Pretočna celica Enojni pas Delni pas | ~ 800 GB / LANE |
Znesek podatkov (x) | Koncentracija (qpcr/nm) | Glasnost | |
Delno zaporedje voznega pasu
| X ≤ 10 GB | ≥ 1 nm | ≥ 25 μl |
10 GB <x ≤ 50 GB | ≥ 2 nm | ≥ 25 μl | |
50 GB <x ≤ 100 GB | ≥ 3 nm | ≥ 25 μl | |
X> 100 GB | ≥ 4 nm | ≥ 25 μl | |
Zaporedje voznega pasu | Na vozni pas | ≥ 1,5 nm / knjižnični bazen | ≥ 25 μl / knjižnični bazen |
Poleg koncentracije in skupne količine je potreben tudi primeren vrhovni vzorec.
OPOMBA: Zaporedje pasu knjižnic z nizko raznolikostjo zahteva Phix Spike-In, da se zagotovi robustna bazna klica.
Priporočamo, da kot vzorce predložimo knjižnice vnaprej. Če za izvajanje združevanja knjižnic potrebujete BMKGENE, glejte
Knjižnične zahteve za delno zaporedje voznega pasu.
Glavni vrh mora biti znotraj 300-450 bp.
Knjižnice bi morale imeti en glavni vrhunec, brez kontaminacije adapterja in brez temeljnih premazov.
Poročilo o kakovosti knjižnice je navedeno pred sekvenciranjem, oceno zneska knjižnice in razdrobljenosti.
Tabela 1. Statistični podatki o sekvenčnih podatkih.
Vzorčni ID | Bmkid | Surove bere | Surovi podatki (BP) | Čisti odčitki (%) | Q20 (%) | Q30 (%) | GC (%) |
C_01 | BMK_01 | 22,870,120 | 6.861.036.000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
C_02 | BMK_02 | 14,717,867 | 4.415.360.100 | 96.00 | 98,95 | 93.89 | 37.08 |
Slika 1. Porazdelitev kakovosti vzdolž odčitkov v vsakem vzorcu
Slika 2. Porazdelitev vsebine osnovne vsebine
Slika 3. Porazdelitev vsebine branja v podatkih o zaporedju