Sekvenciranje mRNA v polni dolžini -PacBio
Lastnosti
● Sinteza cDNA iz poli-A mRNA, ki ji sledi priprava knjižnice
● Sekvenciranje v načinu CCS, ustvarjanje HiFi odčitkov
● Zaporedje celotnih transkriptov
● Analiza ne zahteva referenčnega genoma; vendar se lahko uporabi
● Bioinformatska analiza omogoča analizo transkriptov izoforme lncRNA, genskih fuzij, poliadenilacije in genske strukture
Prednosti storitve
●Visoka natančnost: HiFi bere z natančnostjo >99,9 % (Q30), primerljivo z NGS
● Analiza alternativnega spajanja: sekvenciranje celotnih transkriptov omogoča identifikacijo in karakterizacijo izoform
●Obsežno strokovno znanje: z zgodovino dokončanja več kot 1100 projektov PacBio polne dolžine transkriptoma in obdelave več kot 2300 vzorcev, naša ekipa prinaša bogastvo izkušenj v vsak projekt.
●Poprodajna podpora: naša zaveza sega po zaključku projekta s 3-mesečnim obdobjem poprodajnih storitev. V tem času nudimo spremljanje projekta, pomoč pri odpravljanju težav in srečanja z vprašanji in odgovori za obravnavo kakršnih koli vprašanj v zvezi z rezultati.
Zahteve za vzorce in dostava
| Knjižnica | Strategija zaporedja | Priporočeni podatki | Kontrola kakovosti |
| PolyA obogatena knjižnica mRNA CCS | PacBio Nadaljevanje II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Vzorčne zahteve:
Nukleotidi:
● Rastline:
Korenina, steblo ali cvetni list: 450 mg
List ali seme: 300 mg
Sadje: 1,2 g
● Žival:
SRCE ali črevesje: 300 mg
Notranji organi ali možgani: 240 mg
Mišice: 450 mg
Kosti, lasje ali koža: 1 g
● Členonožci:
Insekti: 6g
Raki: 300 mg
● Polna kri: 1 cev
● Celice: 106 celice
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistost | Integriteta |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je prikazana omejena ali nikakršna kontaminacija beljakovin ali DNK. | Za rastline: RIN≥7,5; Za živali: RIN≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; omejena ali brez osnovne višine |
Priporočena dostava vzorcev
Vsebnik: 2 ml centrifugalna epruveta (kositrna folija ni priporočljiva)
Označevanje vzorca: skupina + ponovitev, npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. Suhi led: Vzorce je treba zapakirati v vrečke in zakopati v suhi led.
2. RNAstable epruvete: vzorce RNA lahko posušite v RNA stabilizacijski epruveti (npr. RNAstable®) in jih pošljete pri sobni temperaturi.
Potek storitvenega dela
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorcev
Ekstrakcija RNA
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Vključuje naslednjo analizo:
● Nadzor kakovosti neobdelanih podatkov
● Alternativna analiza poliadenilacije (APA)
● Analiza fuzijskega transkripta
● Analiza alternativnega spajanja
● Primerjalna analiza univerzalnih ortologov v eni kopiji (BUSCO).
● Nova analiza transkripta: napovedovanje kodirnih sekvenc (CDS) in funkcionalna anotacija
● Analiza lncRNA: napovedovanje lncRNA in tarč
● Mikrosatelitska identifikacija (SSR)
BUSCO analiza
Analiza alternativnega spajanja
Alternativna poliadenilacijska analiza (APA)
Funkcionalna anotacija prepisov romanov
V tej predstavljeni publikaciji raziščite napredek, ki ga omogočajo storitve sekvenciranja mRNA Nanopore v polni dolžini BMKGene.
Ma, Y. et al. (2023) 'Primerjalna analiza metod zaporedja RNA PacBio in ONT za identifikacijo strupa Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), str. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'Razvojna dinamika transkriptoma stebla Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), str. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) „Dinamične spremembe v vsebnosti askorbinske kisline med razvojem in zorenjem sadja Actinidia latifolia (sadni pridelek, bogat z askorbatom) in s tem povezani molekularni mehanizmi“, International Journal of Molecular Sciences, 23(10), str. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Učinkovita napoved genov biosintetične poti, vključenih v bioaktivne polifiline v Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), str. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Kombinirana analiza PacBio Iso-Seq in Illumina RNA-Seq transkriptoma Tuta absoluta (Meyrick) in genov citokroma P450', Žuželke, 14(4), str. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) „Raziskava kompleksnosti transkriptoma z uporabo PacBio enomolekulske analize v realnem času v kombinaciji s sekvenciranjem Illumina RNA za boljše razumevanje biosinteze ricinolne kisline v Ricinus communis“, BMC Genomics, 20(1), str. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
