Razvadna ločevalna analiza
Prednosti storitev
Takagi in sod., The Plant Journal, 2013
● Natančna lokalizacija: Mešanje gladkih snovi s 30+30 do 200+200 posamezniki, da zmanjšajo hrup v ozadju; Napoved kandidatnih regij, ki temeljijo na sinonimnih mutatantih.
● Celovita analiza: Poglobljena opomba o funkciji kandidatov, vključno z NR, SwissProt, GO, Kegg, COG, KOG itd.
● Hitrejši čas preobrata: hitra lokalizacija genov v 45 delovnih dneh.
● Obsežne izkušnje: BMK je prispeval pri tisočih lokalizaciji lastnosti, ki pokriva različne vrste, kot so pridelki, vodni proizvodi, gozd, cvetje, sadje itd.
Specifikacije storitev
Prebivalstvo:
Ločevanje potomcev staršev z nasprotnimi fenotipi.
npr. F2 potomstvo, povratno prekrivanje (BC), rekombinantna inbred linija (RIL)
Mešalni bazen
Za kvalitativne lastnosti: 30 do 50 posameznikov (najmanj 20)/razsuti
Za kvantitativne tratis: top od 5% do 10% posameznikov z enakimi ekstremnimi fenotipi v celotni populaciji (najmanj 30+30).
Priporočena globina zaporedja
Vsaj 20x/matični in 1x/potomci posameznika (npr. Za mešalni bazen potomcev 30+30 posameznikov, globina zaporedja bo 30x na večino)
Analize bioinformatike
● Celoten rezanciranje genoma
● Obdelava podatkov
● Klicanje SNP/INDEL
● Pregled v regiji kandidatov
● Pripomba funkcije kandidata
Vzorčne zahteve in dostava
Vzorčne zahteve:
Nukleotidi:
| Vzorec gDNA | Vzorec tkiva |
| Koncentracija: ≥30 ng/μl | Rastline: 1-2 g |
| Količina: ≥2 μg (volumna ≥15 μl) | Živali: 0,5-1 g |
| Čistost: OD260/280 = 1,6-2,5 | Polna kri: 1,5 ml |
Servisni delovni tok
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorca
Ekstrakcija RNA
Konstrukcija knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Po prodajnih storitvah
1. Analiza analize na evklidski razdalji (ED) za identifikacijo kandidatne regije. Na naslednji sliki
Os x: številka kromosoma; Vsaka pika predstavlja ED vrednost SNP. Črna črta ustreza vgrajeni vrednosti ED. Višja vrednost ED kaže na pomembnejšo povezavo med mestom in fenotipom. Rdeča črta predstavlja prag pomembne povezave.
2. Analiza analize, ki temelji na SNP-Indexu
Os x: številka kromosoma; Vsaka pika predstavlja vrednost SNP-Index. Črna črta pomeni nameščeno vrednost SNP-Index. Večja kot je vrednost, pomembnejša je povezava.
BMK primer
Glavni učinek kvantitativni lokus lastnosti fnl7.1 kodira pozno embriogenezo obilno beljakovine, povezane s sadjem dolžino vratu v kumari
Objavljeno: Časopis za rastlinsko biotehnologijo, 2020
Strategija zaporedja:
Starši (JIN5-508, YN): Celoten genom Resekvenciranje za 34 × in 20 ×.
DNK bazeni (50 dolgih vrat in 50 kratkih vrat): Resekvenciranje za 61 × in 52 ×
Ključni rezultati
V tej študiji je bila ločena populacija (F2 in F2: 3) ustvarjena s prečkanjem dolgega vratu kumare linije Jin5-508 in kratkega vratu YN. Dva bazena DNK je bila zgrajena s 50 ekstremnimi posamezniki z dolgimi vratom in 50 skrajnih posameznikov s kratkim vratom. QTL za glavni učinek je bil na Chr07 identificiran z analizo BSA in tradicionalnim QTL preslikavo. Področje kandidata je bilo še bolj zoženo s fino preslikavo, kvantifikacijo genske ekspresije in transgenimi poskusi, ki so pokazali ključni gen pri nadzoru dolžine vratu, CSFNL7.1. Poleg tega je bilo ugotovljeno, da je polimorfizem v promotorskem območju CSFNL7.1 povezan z ustreznim izražanjem. Nadaljnja filogenetska analiza je pokazala, da lokus FNL7.1 zelo verjetno izvira iz Indije.
 QTL-preslikava v analizi BSA za identifikacijo kandidatne regije, povezane z dolžino vratu kumare |  LOD profili QTL, ki je bil identificiran na CHR07 |
Xu, X., et al. "Glavni učinek kvantitativni lokus lastnosti fnl7.1 kodira pozno embriogenezo obilno beljakovine, povezane z dolžino sadnega vratu v kumarah." Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).
