BMKMANU S3000_Prostorski transkriptom
Tehnična shema prostorskega transkriptoma BMKMANU S3000
Lastnosti
- Ločljivost: 3,5 µM
- Premer točke: 2,5 µM
- Število točk: približno 4 milijone
- 3 možni formati območja zajema: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm ali 15 mm * 20 mm
- Vsaka kroglica s črtno kodo je napolnjena s primerji, sestavljenimi iz 4 delov:
• poli(dT) rep za pripravo mRNA in sintezo cDNA,
• Enolični molekularni identifikator (UMI) za popravljanje pristranskosti pomnoževanja
• Prostorska črtna koda
• Vezavno zaporedje začetnika sekvenciranja delnega branja 1
- H&E in fluorescenčno barvanje rezin
- Možnost uporabe tehnologije segmentacije celic: integracija H&E barvanja, fluorescentnega barvanja in sekvenciranja RNA za določitev meja vsake celice in pravilno dodelitev izražanja genov vsaki celici. Obdelava nizvodne analize prostorskega profiliranja, ki temelji na binu celic.
- Možno doseči večnivojsko analizo ločljivosti: Prilagodljiva večnivojska analiza v razponu od 100 um do 3,5 um za razrešitev različnih funkcij tkiva pri optimalni ločljivosti.
Prednosti BMKMANU S3000
-Podvojitev mest zajemanja na 4 milijone: z izboljšano ločljivostjo 3,5 uM, kar vodi do večjega odkrivanja genov in UMI na celico. Posledica tega je izboljšano združevanje celic v skupine na podlagi transkripcijskih profilov, z bolj finimi podrobnostmi, ki se ujemajo s strukturo tkiv.
- Podcelična ločljivost:Vsako območje zajemanja je vsebovalo > 2 milijona prostorskih črtno kodiranih točk s premerom 2,5 µm in razmikom 5 µm med središči točk, kar je omogočilo analizo prostorskega transkriptoma s podcelično ločljivostjo (5 µm).
-Analiza večnivojske ločljivosti:Prilagodljiva večnivojska analiza v razponu od 100 μm do 5 μm za razrešitev različnih tkivnih značilnosti pri optimalni ločljivosti.
-Možnost uporabe tehnologije segmentacije celic “Tri v enem diapozitivu”:s kombiniranjem fluorescenčnega barvanja, H&E barvanja in sekvenciranja RNA na enem diapozitivu naš algoritem za analizo "tri v enem" omogoča identifikacijo celičnih meja za kasnejšo celično transkriptomiko.
-Združljivo z več platformami za zaporedje: na voljo sta NGS in zaporedje dolgega branja.
-Prilagodljiva zasnova 1-8 aktivnih območij zajemanja: velikost območja zajema je prilagodljiva, možna je uporaba 3 formatov (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm in 15 mm * 20 mm)
-Storitev na enem mestu: združuje vse korake, ki temeljijo na izkušnjah in veščinah, vključno s krio rezi, barvanjem, optimizacijo tkiva, prostorskim črtnim kodiranjem, pripravo knjižnice, sekvenciranjem in bioinformatiko.
-Celovita bioinformatika in uporabniku prijazna vizualizacija rezultatov:Paket vključuje 29 analiz in več kot 100 visokokakovostnih figur v kombinaciji z uporabo lastno razvite programske opreme za vizualizacijo in prilagajanje celjenja celic in združevanja na kraju samem.
-Analiza in vizualizacija podatkov po meri: na voljo za različne raziskovalne zahteve
-Visoko usposobljena tehnična ekipa: z izkušnjami pri več kot 250 vrstah tkiv in 100+ vrstah, vključno s človekom, mišmi, sesalci, ribami in rastlinami.
-Posodobitve celotnega projekta v realnem času: s popolnim nadzorom eksperimentalnega napredka.
-Izbirna skupna analiza s sekvenciranjem enocelične mRNA
Specifikacije storitve
| Vzorčne zahteve | Knjižnica | Strategija zaporedja | Podatki Priporočeno | Kontrola kakovosti |
| Kriovzorci, vgrajeni v OCT (Optimalen premer: pribl. 6×6×6 mm³) 2 bloka na vzorec 1 za poskus, 1 za rezervo | Knjižnica cDNA S3000 | Ilumina PE150 | 160K PE branja na 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
Za več podrobnosti o navodilih za pripravo vzorcev in poteku storitev se obrnite na aBMKGENE strokovnjak
Potek storitvenega dela
V fazi priprave vzorca se izvede poskus začetne množične ekstrakcije RNA, da se zagotovi pridobitev visokokakovostne RNA. V fazi optimizacije tkiva so rezi obarvani in vizualizirani ter optimizirani so pogoji permeabilizacije za sproščanje mRNA iz tkiva. Optimizirani protokol se nato uporabi med gradnjo knjižnice, čemur sledita zaporedje in analiza podatkov.
Celoten tok dela storitve vključuje posodobitve v realnem času in potrditve odjemalcev za vzdrževanje odzivne povratne zanke, ki zagotavlja nemoteno izvajanje projekta.
Podatki, ki jih ustvari BMKMANU S3000, se analizirajo s programsko opremo »BSTMatrix«, ki jo je neodvisno zasnoval BMKGENE, ki ustvarja matriko genske ekspresije na ravni celice in večnivojski ločljivosti. Od tam se ustvari standardno poročilo, ki vključuje nadzor kakovosti podatkov, analizo notranjega vzorca in analizo med skupinami.
- Nadzor kakovosti podatkov:
- Izpis podatkov in porazdelitev ocene kakovosti
- Odkrivanje genov na mesto
- Pokritost tkiva
- Analiza notranjega vzorca:
- Gensko bogastvo
- Združevanje točk, vključno z analizo zmanjšanih dimenzij
- Analiza diferencialne ekspresije med grozdi: identifikacija markerskih genov
- Funkcionalna anotacija in obogatitev markerskih genov
- Analiza med skupinami
- Ponovna kombinacija madežev iz obeh vzorcev (npr. bolnega in kontrolnega) in ponovno združevanje
- Identifikacija markerskih genov za vsak grozd
- Funkcionalna anotacija in obogatitev markerskih genov
- Diferencialni izraz istega grozda med skupinami
Poleg tega je »BSTViewer«, ki ga je razvil BMKGene, uporabniku prijazno orodje, ki uporabniku omogoča vizualizacijo izražanja genov in opazovanje združevanja v različne ločljivosti.
BMKGene ponuja storitve prostorskega profiliranja pri natančni enocelični ločljivosti (temelji na celičnem binu ali večnivojskem kvadratnem binu od 100um do 3,5um).
Podatki o prostorskem profiliranju iz odsekov tkiva na stekelcu S3000 so bili uspešni kot spodaj.
Študija primera 1: Mišji možgani
Analiza odseka mišjih možganov s S3000 je povzročila identifikacijo ~94 000 celic, s srednjim zaporedjem ~ 2000 genov na celico. Izboljšana ločljivost 3,5 uM je povzročila zelo podrobno združevanje celic na podlagi transkripcijskih vzorcev, pri čemer grozdi celic posnemajo možganske diferencirane strukture. To je enostavno opaziti z vizualizacijo porazdelitve celic, združenih v oligodendrocite in celice mikroglije, ki se skoraj izključno nahajajo v sivi oziroma beli snovi.
Študija primera 2: Mišji zarodek
Analiza odseka mišjega zarodka s S3000 je povzročila identifikacijo ~ 2200 000 celic, s srednjim zaporedjem ~ 1600 genov na celico. Izboljšana ločljivost 3,5 uM je povzročila zelo podrobno združevanje celic na podlagi transkripcijskih vzorcev, z 12 grozdi v predelu očesa in 28 grozdi v predelu možganov.
Analiza notranjega vzorca Združevanje celic:
Identifikacija markerskih genov in prostorska porazdelitev:
- višja subcelična ločljivost: V primerjavi z diapozitivom S1000 je vsako območje zajemanja S3000 vsebovalo >4 milijone prostorskih črtno kodiranih točk s premerom 2,5 µm in razdaljo 3,5 µm med središči točk, kar je omogočilo analizo prostorskega transkriptoma z višjo podcelično ločljivostjo (kvadratni koš: 3,5 µm).
- Večja učinkovitost zajema: v primerjavi s S1000 diapozitivom se Median_UMI poveča s 30 % na 70 %, Median_Gene poveča s 30 % na 60 %
Shema čipa S1000:
Shema čipa S3000:
