BMKMANU S1000 prostorski transkriptom
Tehnična shema prostorskega transkriptoma BMKMANU S1000
Lastnosti
● Ločljivost: 5 µM
● Premer točke: 2,5 µM
● Število točk: približno 2 milijona
● 3 možni formati območja zajema: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm ali 15 mm * 20 mm
● Vsaka kroglica s črtno kodo je napolnjena s primerji, sestavljenimi iz 4 delov:
poli(dT) rep za pripravo mRNA in sintezo cDNA
Edinstveni molekularni identifikator (UMI) za popravljanje pristranskosti pomnoževanja
Prostorska črtna koda
Vezavno zaporedje začetnika sekvenciranja delnega branja 1
● H&E in fluorescentno barvanje rezin
● Možnost uporabetehnologija celične segmentacije: integracija H&E barvanja, fluorescentnega barvanja in sekvenciranja RNA za določitev meja vsake celice in pravilno dodelitev izražanja genov vsaki celici.
Prednosti BMKMANU S1000
●Podcelična ločljivost: Vsako območje zajema je vsebovalo > 2 milijona prostorskih črtno kodiranih točk s premerom 2,5 µm in razmikom 5 µm med središči točk, kar je omogočilo analizo prostorskega transkriptoma s podcelično ločljivostjo (5 µm).
●Večnivojska analiza ločljivosti:Prilagodljiva večnivojska analiza v razponu od 100 μm do 5 μm za razrešitev različnih tkivnih značilnosti pri optimalni ločljivosti.
●Možnost uporabe tehnologije segmentacije celic "Tri v enem diapozitivu":S kombiniranjem fluorescenčnega obarvanja, obarvanja s H&E in sekvenciranja RNA na enem diapozitivu naš algoritem za analizo "tri v enem" omogoča identifikacijo celičnih meja za kasnejšo transkriptomijo na osnovi celic.
●Združljivo z več platformami za zaporedje: Na voljo sta NGS in zaporedje dolgega branja.
●Prilagodljiva zasnova območja aktivnega zajemanja 1-8: Velikost območja zajema je prilagodljiva, možna je uporaba 3 formatov (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm in 15 mm * 20 mm)
●Storitev na enem mestu: Združuje vse korake, ki temeljijo na izkušnjah in veščinah, vključno s kriorezi, barvanjem, optimizacijo tkiva, prostorskim črtnim kodiranjem, pripravo knjižnice, sekvenciranjem in bioinformatiko.
●Celovita bioinformatika in uporabniku prijazna vizualizacija rezultatov:Paket vključuje 29 analiz in več kot 100 visokokakovostnih figur v kombinaciji z uporabo lastno razvite programske opreme za vizualizacijo in prilagajanje celjenja celic in združevanja na kraju samem.
●Analiza in vizualizacija podatkov po meri: na voljo za različne raziskovalne zahteve
●Visoko usposobljena tehnična ekipa: z izkušnjami pri več kot 250 vrstah tkiv in 100+ vrstah, vključno s človekom, mišmi, sesalci, ribami in rastlinami.
●Posodobitve v realnem času za celoten projekt: s popolnim nadzorom eksperimentalnega napredka.
●Izbirna skupna analiza z enoceličnim sekvenciranjem mRNA
Specifikacije storitve
|
Vzorec Zahteve
| Knjižnica |
Strategija zaporedja
| Priporočeni podatki | Kontrola kakovosti |
| Kriovzorci, vgrajeni v OCT, 3 bloki na vzorec | Knjižnica cDNA S1000 | Ilumina PE150 (na voljo tudi druge platforme) | 100K PE odčitkov na 100 uM (60-150 Gb) | RIN>7 |
Za več podrobnosti o navodilih za pripravo vzorcev in poteku storitev se obrnite na aBMKGENE strokovnjak
Potek storitvenega dela
V fazi priprave vzorca se izvede poskus začetne množične ekstrakcije RNA, da se zagotovi pridobitev visokokakovostne RNA. V fazi optimizacije tkiva so rezi obarvani in vizualizirani ter optimizirani so pogoji permeabilizacije za sproščanje mRNA iz tkiva. Optimizirani protokol se nato uporabi med gradnjo knjižnice, čemur sledita zaporedje in analiza podatkov.
Celoten tok dela storitve vključuje posodobitve v realnem času in potrditve odjemalcev za vzdrževanje odzivne povratne zanke, ki zagotavlja nemoteno izvajanje projekta.
Podatki, ki jih ustvari BMKMANU S1000, se analizirajo s programsko opremo »BSTMatrix«, ki jo je neodvisno zasnoval BMKGENE in ustvari matriko izražanja genov. Od tam se ustvari standardno poročilo, ki vključuje nadzor kakovosti podatkov, analizo notranjega vzorca in analizo med skupinami.
● Nadzor kakovosti podatkov:
Izhod podatkov in porazdelitev ocene kakovosti
Odkrivanje genov na mesto
Pokritost tkiva
● Analiza notranjega vzorca:
Gensko bogastvo
Združevanje točk, vključno z analizo zmanjšanih dimenzij
Analiza diferencialne ekspresije med grozdi: identifikacija markerskih genov
Funkcionalna označba in obogatitev markerskih genov
● Analiza med skupinami:
Ponovna kombinacija madežev iz obeh vzorcev (npr. bolnega in kontrolnega) in ponovna združitev
Identifikacija markerskih genov za vsako skupino
Funkcionalna označba in obogatitev markerskih genov
Diferencialni izraz iste gruče med skupinami
Poleg tega je BMKGENE razvil »BSTViewer«, ki je uporabniku prijazno orodje, ki uporabniku omogoča vizualizacijo izražanja genov in združevanje točk v različne ločljivosti.
BMKGene je razvil programsko opremo za uporabniku prijazno vizualizacijo
BSTViewer točkovno združevanje v večnivojsko ločljivost
BSTCellViewer: samodejno in ročno razdeljevanje celic
Analiza notranjega vzorca
Združevanje točk:
Identifikacija markerskih genov in prostorska porazdelitev:
Analiza med skupinami
Kombinacija podatkov iz obeh skupin in ponovne gruče:
Označevalni geni novih grozdov:
Raziščite napredek, ki ga omogočajo storitve prostorske transkriptomije BMKGene s tehnologijo BMKManu S1000 v tej predstavljeni publikaciji:
Song, X. et al. (2023) 'Prostorska transkriptomika razkriva svetlobno inducirane klorenhimske celice, ki sodelujejo pri spodbujanju regeneracije poganjkov v paradižnikovem kalusu',Zbornik Nacionalne akademije znanosti Združenih držav Amerike, 120(38), str. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Vi, Y. et al. (2023) „Sistematična primerjava prostorskih transkriptomskih metod, ki temeljijo na sekvenciranju“,bioRxiv, str. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
