De novo bakterijski genom
Ponujamo popolno storitev sestavljanja bakterijskih genomov, ki zagotavlja 0 vrzeli. To je mogoče z vključevanjem tehnologij za sekvenciranje z dolgo branjem, kot sta nanopore in pacbio za montažo in sekvenciranje s kratkim branjem z Illumino za validacijo montaže in popravljanje napak na odčitkih ONT. Naša storitev ponuja celoten bioinformatični potek dela iz montaže, funkcionalne opombe in napredne bioinformacijske analize, ki izpolnjuje posebne raziskovalne cilje. Ta storitev omogoča razvoj natančnih referenčnih genomov za različne genetske in genomske študije. Poleg tega je osnova za aplikacije, kot so optimizacija sevov, genetski inženiring in razvoj mikrobne tehnologije, ki zagotavlja zanesljive in brez vrzeli ključne za napredovanje znanstvenih vpogledov in biotehnoloških inovacij.
Servisne funkcije
● Z dvema možnima možnostima, ki jih lahko izbirate, odvisno od želene stopnje popolnosti genoma.
● Možnost osnutka genoma: kratko bralno zaporedje z Illumina Novaseq PE150.
● Izpolnite 0 vrzeli.
● Dolgo branje zaporedja na nanopore Promethion 48 ali Pacbio Revio za sestavljanje genoma.
● Kratko bralno sekvenciranje na Illumina Novaseq za validacijo genoma in popravljanje napak (nanopore) ali za ustvarjanje osnutka genoma.
Prednosti storitev
●Zajamčen genom z ničelnimi vrzeli: To je posledica integracije sekvenciranja Illumina z dolgim branjem zaporedja (nanopore ali pacbio).
●Popoln bioinformatični potek:To vključuje sestavljanje genoma in napovedovanje več genomskih elementov, funkcionalno pripisovanje genov in vizualizacijo genoma, kot je cirsos ploskev.
●Obsežno strokovno znanje: Zbrani z več kot 20.000 mikrobnimi genomi BMKGENE prinaša več kot desetletje izkušenj, visoko kvalificirano skupino za analizo, celovito vsebino in odlično podporo po prodaji.
●Podpora po prodaji:Naša zaveza se presega zaključek projekta s trimesečnim poprodajnim obdobjem. V tem času ponujamo nadaljnje spremljanje projektov, odpravljanje pomoči in vprašanj in vprašanj za reševanje vseh poizvedb, povezanih z rezultati.
●Na voljo več strategij zaporedja:Za različne raziskovalne cilje in zahteve popolnosti genoma.
Specifikacije storitev
| Postrežba | Strategija zaporedja |
| Osnutek genoma | Illumina PE150 100x |
| 0 vrzel genom | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HIFI 30X + Illumina PE150 100X (neobvezno) |
Vzorčne zahteve:
| Koncentracija (ng/µl) | Skupna količina (µg) | Prostornina (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakterije: ≥3,5x1010 celice
Servisni delovni tok
Dostava vzorca
Konstrukcija knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Po prodajnih storitvah
Vključuje naslednjo analizo:
● Zaporedje nadzora kakovosti podatkov
● Sklop genoma
● Analiza komponent genoma: napovedovanje CD -jev in več genomskih elementov
● Funkcionalna opomba z več splošnimi bazami podatkov (GO, KEGG itd.) In naprednimi bazami podatkov (kartica, VFDB itd.)
● Vizualizacija genoma
Genom zagotavljamo v hitro dostopni obliki FASTA in datoteke z zapisovanjem genoma (GFF).
GENA OBVESTILO - POJDI
GENE OBVESTILO - CAZY ogljikovi hidrati
Vizualizacija genoma - cirsos ploskev
Raziščite napredek, ki ga omogočajo BMKGenejeve storitve sestavljanja bakterijskih genomov s pomočjo kurirane zbirke publikacij.
Dai, W. et al. "International Journal of Molecular Sciences, 24 (19), str. 14669. DOI: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) „Več-odporne izolati Proteus mirabilis, ki nosijo Blaoxa-1 in Blandm-1 iz prostoživečih živali na Kitajskem: povečanje tveganja za javno zdravje“,Integrativna zoologija, 16 (6), str. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, Tt in sod. "Časopis za biotehnologijo, 260, str. 38–41. doi: 10.1016/j.jbiotec.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) „Plazmidi Klebsiella z večkratnimi replikami posredujejo obsežno razširjanje protimikrobnih genov“,Meje v mikrobiologiji, 12, str. 754931. Doi: 10.3389/fmicb.2021.754931/bibtex.
