Sekvenciranje amplikona (16S/18S/ITS)

Sekvenciranje amplikona (16S/18S/ITS) z Illumino je metoda analiziranja mikrobne raznolikosti z identifikacijo mikrobnih profilov glede na njihova zaporedja in nato poskusom dešifriranja bogastva in raznolikosti skupnosti znotraj vsakega vzorca in med vzorci. Cevovod BMKCloud Amplicon (NGS) omogoča analizo 16S, 18S, ITS in več funkcionalnih genov. Začne se z obrezovanjem branja, sestavljanjem branja na seznanjenem koncu in oceno kakovosti, čemur sledi združevanje podobnih branj v skupine za ustvarjanje operativnih taksonomskih enot (OTU), ki se uporabljajo v šestih različnih odsekih analize. Taksonomska opomba zagotavlja informacije o relativni številčnosti in sestavi vsakega vzorca, medtem ko se analize alfa in beta raznolikosti osredotočajo na mikrobno raznolikost znotraj in med vzorci. Diferencialna analiza med skupinami najde OTU, ki se razlikujejo z uporabo parametričnih in neparametričnih testov, korelacijska analiza pa te razlike poveže z okoljskimi dejavniki. Končno je številčnost funkcionalnega gena predvidena na podlagi številčnosti markerskega gena, kar zagotavlja vpogled v funkcijo in ekologijo v vsakem vzorcu.