16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Funkcije storitve
● Platforma za sekvenciranje: PacBio Revio
● Način zaporedja: CCS (HiFi branje)
● Ojačitev ciljne regije, ki ji sledi tandemsko povezovanje amplikonov pred pripravo knjižnice zvoncev HiFi SMRT
Prednosti storitve
●Višja taksonomska ločljivost: Than sekvenciranje kratkega amplikona,omogočanje višjih stopenj klasifikacije OTU na ravni vrste.
●Zelo natančno osnovno klicanje: Zaporedje načina PacBio CCS (HiFi branje).
●Brez izolacije: Hitra identifikacija mikrobne sestave v okoljskih vzorcih.
●Široko uporaben: Študije različnih mikrobnih skupnosti.
●Celovita bioinformatska analiza: Najnovejši paket QIIME2 (kvantitativni vpogled v mikrobno ekologijo) z raznolikimi analizami v smislu baze podatkov, anotacije, OTU/ASV.
●Obsežno strokovno znanje: S tisoči projektov sekvenciranja amplikonov, izvedenih letno, BMKGENE prinaša več kot desetletje izkušenj, visoko usposobljeno analitično ekipo, celovito vsebino in odlično poprodajno podporo.
Specifikacije storitve
| Knjižnica | Strategija zaporedja | Priporočeni podatki |
| Amplikon | PacBio Revio | 10/30/50 K oznake (CCS) |
Vzorčne zahteve
| Koncentracija (ng/µL) | Skupna količina (µg) | Prostornina (µL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Priporočena dostava vzorcev
Zamrznite vzorce v tekočem dušiku za 3-4 ure in jih shranite v tekočem dušiku ali -80 stopinj za dolgoročno rezervacijo. Zahtevano je pošiljanje vzorcev s suhim ledom.
Potek storitvenega dela
Dostava vzorcev
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Vključuje naslednjo analizo:
● Nadzor kakovosti neobdelanih podatkov
● OTU združevanje/de-noise (ASV)
● Opomba OTU
● Analiza alfa raznolikosti: več indeksov, vključno s Shannonom, Simpsonom in ACE.
● Beta analiza raznolikosti
●Medskupinska analiza
● Korelacijska analiza: med dejavniki okolja ter sestavo in raznolikostjo OUT
● Predvidevanje funkcionalnega gena 16S
Histogram taksonomske porazdelitve
Filogenetsko drevo distribucije skupnosti
Analiza alfa raznolikosti: ACE
kazalo
Analiza beta raznolikosti: PCoA
Analiza med skupinami: ANOVA
Raziščite napredek, ki ga omogočajo storitve sekvenciranja amplikonov BMKGene s PacBio prek izbrane zbirke publikacij.
Gao, X. in Wang, H. (2023) „Primerjalna analiza profilov in funkcij semenskih bakterij med prilagajanjem na različno fenologijo (zeleno v primerjavi s travnato) pri alpskih merino ovcah z dvema stopnjama rasti na alpskem travniku“, Fermentacija, 9( 1), str. 16. doi: 10.3390/FERMENTACIJA9010016/S1.
Li, S. et al. (2023) „Zajem mikrobne temne snovi v puščavskih tleh z uporabo metagenomike, ki temelji na kulturomiki, in analize visoke ločljivosti“, npj Biofilmi in mikrobiomi 2023 9:1, 9(1), str. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) 'Učinki soli maščobnih kislin na značilnosti fermentacije, bakterijsko raznolikost in aerobno stabilnost mešane silaže, pripravljene z lucerno, riževo slamo in pšeničnimi otrobi', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), str. 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. et al. (2023) „Interakcija med biomarkerji oksidativnega stresa in črevesno mikrobioto pri antioksidativnih učinkih izvlečkov iz Sonchus brachyotus DC. v Črevesnem oksidativnem stresu, povzročenem z oksazolonom pri odraslih cebricah', Antioksidanti 2023, letnik. 12, stran 192, 12(1), str. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
