16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Funkcije storitve
● Platforma za sekvenciranje: Illumina NovaSeq.
● Pomnoževanje kratkih regij 16S, 18S in ITS med drugimi tarčami pomnoževanja.
● Prilagodljive izbire amplikona.
● Prejšnje izkušnje s projekti z več tarčami ojačanja.
Prednosti storitve
●Brez izolacije:Hitra identifikacija mikrobne sestave v okoljskih vzorcih.
●Visoka ločljivost: V komponentah z nizko vsebnostjo v okoljskih vzorcih.
●Široko uporabna: Študije različnih mikrobnih skupnosti.
●Celovita bioinformatska analiza: Najnovejši paket QIIME2 (kvantitativni vpogled v mikrobno ekologijo) z raznolikimi analizami v smislu baze podatkov, anotacije, OTU/ASV.
●Obsežno strokovno znanje: S 150 tisoč projekti sekvenciranja amplikonov, izvedenih letno, BMKGENE prinaša več kot desetletje izkušenj, visoko usposobljeno analitično ekipo, celovito vsebino in odlično poprodajno podporo.
Specifikacije storitve
| Knjižnica | Strategija zaporedja | Priporočeni podatki |
| Amplikon | Ilumina PE250 | 50/100/300K oznak (branje parov) |
Zahteve za storitve
| Koncentracija (ng/µL) | Skupna količina (ng) | Prostornina (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Zemlja/blato: 1-2g
● Črevesna vsebina-žival: 0,5-2g
● Črevesna vsebina-žuželka: 0,1-0,25g
● Rastlinska površina (obogatena usedlina): 0,1-0,5g
● Fermentacijska brozga obogatena usedlina): 0,1-0,5 g
● Iztrebki (velike živali): 0,5-2g
● Iztrebki (miši): 3-5 zrn
● Pljučna alveolarna lavage tekočina: filter papir
● Vaginalni bris: 5-6 brisov
● Kožni/genitalni bris/slina/ustna mehka tkiva/faringealni bris/rektalni bris: 2-3 brisi
● Površinski mikroorganizmi: filtrirni papir
● Vodno telo/zrak/biofilm: filtrirni papir
● Endofiti: 1-2g
● Zobne obloge: 0,5-1g
Potek storitvenega dela
Dostava vzorcev
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Vključuje naslednjo analizo:
- Nadzor kakovosti neobdelanih podatkov
- OTU združevanje/odpravljanje hrupa (ASV)
- Opomba OTU
- Analiza alfa raznolikosti: več indeksov, vključno s Shannonom, Simpsonom in ACE.
- Analiza beta raznolikosti
- Analiza med skupinami
- Korelacijska analiza: med dejavniki okolja ter sestavo in raznolikostjo OUT
- Napoved funkcionalnega gena 16S
Histogram taksonomske porazdelitve
toplotni zemljevid taksonomske številčnosti
Analiza alfa raznovrstnosti: krivulja redčenja
analiza beta raznolikosti: NMDS
Analiza med skupinami: odkritje biomarkerja LEFSE
Raziščite napredek, ki ga omogočajo storitve sekvenciranja amplikonov BMKGene z Illumino prek izbrane zbirke publikacij.
Dong, C. et al. (2022) 'Sestava, jedro mikrobiote in delovanje mikrobiote rizosfere tal in lubja pri Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Sintetična bakterijska konzorcijska presaditev za zdravljenje bakterijske vaginoze, ki jo povzroča Gardnerella vaginalis pri miših', Microbiome, 11(1), str. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. in Liu, H. (2022) 'Mikrobiomi zračnega prahu, zbrani med zemeljskim zaprtim eksperimentom bioregenerativnega vzdrževanja življenja »Lunar Palace 365«', Okoljski mikrobiomi, 17(1), str. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/SLIKE/8.
Yin, S. et al. (2022) „Od surovine odvisna številčnost funkcionalnih genov, povezanih s transformacijo dušika, nadzorovana izguba dušika pri kompostiranju“, Bioresource Technology, 361, str. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
