10x genomika visium prostorski transkript
Tehnična shema
Lastnosti
● Ločljivost: 100 µm
● Premer točke: 55 µm
● Število točk: 4992
● Območje zajemanja: 6,5 x 6,5 mm
● Vsako črtno kodirano mesto je naloženo s temeljnimi premazi, sestavljenimi iz 4 odsekov:
- Poli (DT) rep za mRNA in sintezo cDNA
- Edinstven molekularni identifikator (UMI) za popravljanje pristranskosti ojačanja
- Prostorska črtna koda
- vezavno zaporedje delnega branja 1 sekvenčni temeljni premaz
● H&E obarvanje odsekov
Prednosti
●Storitev na enem mestu: Vključuje vse izkušnje in korake, ki temeljijo na spretnosti, vključno s krio pregledom, obarvanjem, optimizacijo tkiv, prostorsko barkodiranjem, pripravo knjižnice, sekvenciranjem in bioinformatiko.
● visoko kvalificirana tehnična ekipa: z izkušnjami v več kot 250 tipih tkiv in 100+ vrstah, vključno s človeškimi, miškimi, sesalci, ribami in rastlinami.
●Posodobitev v realnem času za celoten projekt: s popolnim nadzorom eksperimentalnega napredka.
●Celovita standardna bioinformatika:Paket vključuje 29 analiz in 100+ kakovostnih številk.
●Prilagojena analiza podatkov in vizualizacija: Na voljo za različne zahteve za raziskave.
●Neobvezna skupna analiza z enoceličnim zaporedjem mRNA
Specifikacije
| Vzorčne zahteve | Knjižnica | Strategija zaporedja | Priporočeni podatki | Nadzor kakovosti |
| Oktobrski krio vzorci (Optimalni premer: približno 6x6x6 mm³) 2 bloka na vzorec | 10X Knjižnica cDNA Visium | Illumina PE150 | 50k PE odčitavanje na mestu (60 GB) | Rin> 7 |
Za več podrobnosti o vzorčnih napotih za pripravo in potek dela se lahko pogovorite z aBMKGENE STROKOVNI
Storitveni potek
V fazi priprave vzorca se izvede začetno preskušanje ekstrakcije RNA v razsutem stanju, da se zagotovi kakovostna RNA. V fazi optimizacije tkiv se odseki obarvajo in vizualizirajo, pogoji permeabilizacije za sproščanje mRNA iz tkiva pa se optimizirajo. Optimizirani protokol se nato uporabi med gradnjo knjižnice, ki mu sledi zaporedje in analiza podatkov.
Celoten potek dela vključuje posodobitve v realnem času in potrditve strank za vzdrževanje odzivne povratne zanke, kar zagotavlja nemoteno izvedbo projekta.
Vključuje naslednjo analizo:
Nadzor kakovosti podatkov:
o Podatki o izhodu in porazdelitvi ocen kakovosti
o Zaznavanje genov na mesto
o pokritost tkiva
Analiza notranjega vzorca:
O bogastvo genov
o Spot združevanje, vključno z analizo zmanjšane dimenzije
o Diferencialna analiza izražanja med grozdi: identifikacija markerjev genov
o Funkcionalna pripomba in obogatitev markerjev genov
Med skupinami analize
o Ponovna kombinacija točk iz obeh vzorcev (npr. Bolezni in nadzor) in ponovno grozljivka
o Identifikacija markerjev genov za vsak grozd
o Funkcionalna pripomba in obogatitev markerjev genov
o Diferencialni izraz iste skupine med skupinami
Analiza notranjega vzorca
Točka grozd
Identifikacija genov označevalcev in prostorska porazdelitev
Med skupinami analize
Kombinacija podatkov iz obeh skupin in ponovno grozljivka
Marker geni novih grozdov
Raziščite napredek, ki ga je v teh predstavljenih publikacijah olajšala BMKGenejeva storitev prostorske transkriptomike z 10x Visium:
Chen, D. et al. (2023) „MTHL1, potencialni homolog Drosophila pri adhezijskih GPCR sesalcev, je vključen v protitumorske reakcije na injicirane onkogene celice v muhah“,Zbornik Nacionalne akademije znanosti Združenih držav Amerike, 120 (30), str. E2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) „Jeklo omogoča razmejitev z visoko ločljivostjo prostorskotemporalnih transkriptomičnih podatkov“,Navodi v bioinformatiki, 24 (2), str. 1–10. doi: 10.1093/bib/bbad068.
Liu, C. et al. (2022) „prostorskotemporalni atlas organogeneze pri razvoju orhidejnih cvetov“,Raziskave nukleinskih kislin, 50 (17), str. 9724–9737. doi: 10.1093/nar/gkac773.
Wang, J. et al. (2023) „Vključevanje prostorske transkriptomike in zaporedja RNA z enim nukleusom razkriva potencialne terapevtske strategije za maternični leiomiom“,International Journal of Biological Sciences, 19 (8), str. 2515–2530. doi: 10.7150/ijbs.83510.
