Sekvenovanie celého transkriptómu - Illumina
Funkcie
● Duálna knižnica na sekvenciu úplného transkriptu: RRNA vyčerpanie, po ktorej nasleduje príprava knižnice PE150 a výber veľkosti, po ktorej nasleduje príprava knižnice SE50
● Kompletná bioinformatická analýza mRNA, lncRNA, circRNA a miRNA v samostatných bioinformatických správach
● Spoločná analýza všetkej expresie RNA v kombinovanej správe vrátane analýzy sietí CERNA.
Výhody
●Hĺbková analýza regulačných sietí: Analýza siete Cerna je umožnená spoločným sekvenovaním mRNA, lncRNA, circRNA a miRNA a vyčerpávajúcim bioinformatickým pracovným tokom.
●Komplexná anotácia: Používame viac databáz na funkčné anotácie diferencovane exprimovaných génov (DEGS) a vykonávanie zodpovedajúcej analýzy obohatenia, čo poskytuje pohľad na bunkové a molekulárne procesy, ktoré sú základom transkriptómovej odpovede.
●Rozsiahla odbornosť: S výsledkom úspešného zatvorenia viac ako 2100 celých prepisu v rôznych výskumných doménach náš tím prináša do každého projektu množstvo skúseností.
●Prísna kontrola kvality: Implementujeme základné kontrolné body vo všetkých fázach, od prípravy vzorky a knižnice po sekvenovanie a bioinformatiku. Toto dôkladné monitorovanie zaisťuje dodanie neustále vysokokvalitných výsledkov.
●Podpora po predaji: Náš záväzok presahuje dokončenie projektu s 3-mesačným obdobím po predaji. Počas tejto doby ponúkame sledovanie projektu, pomoc pri riešení problémov a relácie otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok týkajúcich sa výsledkov
Požiadavky a dodanie vzorky
| Knižnica | Stratégia | Odporúčané údaje | Kontrola kvality |
| rRNA vyčerpaná | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
| Vybraný | Illumina SE50 | 10-20M číta |
Vzorové požiadavky:
Nukleotidy:
| Conc. (Ng/μl) | Množstvo (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Obmedzená alebo žiadna kontaminácia proteínu alebo DNA znázornená na géli. | Výplach 5,0≥28s/18s≥1,0; obmedzené alebo žiadne základné vyvýšenie |
Odporúčané doručenie vzorky
Nádoba: 2 ml centrifugačná trubica (cínová fólia sa neodporúča)
Vzorové označovanie: skupina+replikujte EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásielka:
1. Suchý ľad: Vzorky musia byť zabalené do vreckov a zakorenené v suchom ľade.
2. RNASLABLE TRUE: Vzorky RNA sa môžu vysušiť v RNA stabilizačnej trubici (napr. RNASTABLE®) a dodávané pri teplote miestnosti.
Pracovný tok služieb
Experimentálny návrh
Dodanie vzorky
Extrakcia RNA
Konštrukcia knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Služby po predaji
Bioinformatika
Prehľad expresie RNA
Diferenčne exprimované gény
analýza Cerna
Diferenciálne exprimované miRNA a súvisiace RNA
Preskúmajte výskumné pokroky uľahčené spoločnosťou BMKGENE 'CELÉ SLUŽBY TRANSPRIPTOME SECENCENCOVANIA prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií.
Dai, Y. a kol. (2022) „Komplexné profily expresie mRNA, lncRNA a miRNA pri kašin-beckovej chorobe identifikované RNA sekvencovaním“, Molecular OMICS, 18 (2), s. 154–166. doi: 10,1039/d1mo00370d.
Liu, N. Nan a kol. (2022) „Analýza transkriptov v plnej dĺžke za studena Apis Cerrana v horách Changbai počas obdobia prezimovania.“, Gene, 830, s. 146503–146503. doi: 10.1016/j.gene.2022.146503.
Wang, XJ a kol. (2022) „Priority priorít konkurenčných endogénnych regulačných sietí RNA založené na integrácii viacerých spôsobov integrácie pri rakovine pľúc malých buniek: molekulárne charakteristiky a kandidáti na lieky“, hranice v onkológii, 12, s. 904865. DOI: 10,3389/fonc.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. a kol. (2022) „Integrovaná analýza expresných profilov LNCRNA/CircRNA-miRNA-mRNA odhaľuje nové poznatky o potenciálnych mechanizmoch v reakcii na nematódy koreňov v arašidoch“, BMC Genomics, 23 (1), s. 1-12. doi: 10.1186/s12864-022-08470-3/figures/7.
Yan, Z. a kol. (2022) „Sekvenovanie celej transcriptome RNA zdôrazňuje molekulárne mechanizmy spojené s udržiavaním kvality poloharvestu v brokolicich červeným ožarovaním“, Biológia a technológia PostHarvest, 188, s. 111878. Doi: 10.1016/j.postharvbio.2022.111878.
