Bisulfitové sekvenovanie celého genómu (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) predstavuje zlatý štandard metodológie pre hĺbkové skúmanie metylácie DNA, konkrétne piatej pozície v cytozíne (5-mC), kľúčovom regulátore génovej expresie a bunkovej aktivity. Princíp, ktorý je základom WGBS, zahŕňa bisulfitové ošetrenie, ktoré vyvoláva konverziu nemetylovaných cytozínov na uracil (C na U), pričom metylované cytozíny zostávajú nezmenené. Táto technika ponúka rozlíšenie na jednej báze, čo umožňuje výskumníkom komplexne skúmať metylóm a odhaliť abnormálne metylačné vzorce spojené s rôznymi stavmi, najmä rakovinou. Využitím WGBS môžu vedci získať bezkonkurenčné poznatky o metylačných krajinách v rámci celého genómu, čo poskytuje nuansované pochopenie epigenetických mechanizmov, ktoré sú základom rôznych biologických procesov a chorôb.
Funkcie služby
● Vyžaduje referenčný genóm.
● Lambda DNA sa pridáva na monitorovanie účinnosti konverzie bisulfitu.
● Sekvenovanie na Illumina NovaSeq.
Výhody služby
●Zlatý štandard pre výskum metylácie DNA: Táto vyspelá technológia spracovania metylačnej konverzie má vysokú presnosť a dobrú reprodukovateľnosť.
●Široké pokrytie a rozlíšenie jednej základne:detekcia metylačných miest na úrovni celého genómu.
●Kompletná platforma:poskytovať vynikajúce služby na jednom mieste od spracovania vzoriek, konštrukcie knižnice, sekvenovania až po bioinformatickú analýzu.
●Rozsiahla odbornosť: vďaka úspešne dokončeným projektom sekvenovania WGBS v rámci rôznych druhov, BMKGENE prináša viac ako desaťročné skúsenosti, vysoko kvalifikovaný analytický tím, komplexný obsah a vynikajúcu popredajnú podporu.
●Možnosť pripojiť sa k analýze transkriptomiky: umožňujúce integrovanú analýzu WGBS s inými omickými údajmi, ako je RNA-seq.
Vzorové špecifikácie
| Knižnica | Stratégia sekvenovania | Odporúčaný výstup údajov | Kontrola kvality |
| Ošetrené bisulfitom | Illumina PE150 | 30x hĺbka | Q30 ≥ 85 % Konverzia bisulfitu > 99 % |
Vzorové požiadavky
| Koncentrácia (ng/µL) | Celkové množstvo (µg) | Ďalšie požiadavky | |
| Genomická DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Obmedzená degradácia alebo kontaminácia |
Tok servisných prác
Doručenie vzorky
Extrakcia DNA
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Doručovanie údajov
Zahŕňa nasledujúcu analýzu:
● Kontrola kvality surového sekvenovania;
● mapovanie na referenčný genóm;
● Detekcia 5mC metylovaných báz;
● Analýza distribúcie a anotácie metylácie;
● Analýza diferenciálne metylovaných oblastí (DMR);
● Funkčná anotácia génov spojených s DMR.
Detekcia metylácie 5mC: typy metylovaných miest
Metylačná mapa. 5mC metylačná distribúcia v celom genóme
Anotácia vysoko metylovaných oblastí
Diferenciálne metylované oblasti: asociované gény
Diferenciálne metylované oblasti: anotácia asociovaných génov (génová ontológia)
Preskúmajte pokroky vo výskume uľahčené službami bisulfitového sekvenovania celého genómu BMKGene prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií.
Fan, Y. a kol. (2020) „Analýza profilov metylácie DNA počas vývoja kostrového svalstva oviec pomocou bisulfitového sekvenovania celého genómu“,BMC Genomics, 21(1), s. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. a kol. (2022) „Nové poruchy metylácie deoxyribonukleovej kyseliny u pracovníkov vystavených vinylchloridu“,Toxikológia a priemyselné zdravie38(7), s. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. a kol. (2020) „Vzťahy medzi metyláciou genómu, hladinami nekódujúcich RNA, mRNA a metabolitov v dozrievajúcich plodoch paradajok“,The Plant Journal, 103 (3), s. 980-994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
