Špecifické sekvenovanie fragmentu amplifikovaného lokusu (SLAF-seq)
Pracovný tok
Technická schéma
Servisné funkcie
● Sekvenovanie na Novaseq s PE150.
● Príprava knižnice s dvojitým čiarovou kódovaním, ktorá umožňuje združovanie viac ako 1 000 vzoriek.
● Táto technika sa môže použiť s referenčným genómom alebo bez nich, s rôznymi bioinformatickými potrubím pre každý prípad:
S referenčným genómom: SNP a Indel Discovery
Bez referenčného genómu: Zhlukovanie vzoriek a objav SNP
● Vv kremíkuPred dizajnom Stagn Stage Viacnásobné reštrikčné kombinácie enzýmov sa premietajú, aby sa našli tie, ktoré generujú rovnomernú distribúciu značiek SLAF pozdĺž genómu.
● Počas predbežného experimentu sa v 3 vzorkách testujú tri kombinácie enzýmov na generovanie 9 knižníc SLAF, a tieto informácie sa používajú na výber optimálnej kombinácie enzýmov optimálnej reštrikcie pre projekt.
Výhody
●Vysoký zisk genetických markerov: Integrácia vysoko výkonného systému s dvojitým čiarovým kódom umožňuje súčasné sekvenovanie veľkých populácií a zosilnenie špecifická pre lokus zvyšuje účinnosť, čím sa zabezpečí, aby čísla značiek spĺňali rôzne požiadavky rôznych výskumných otázok.
● Nízka závislosť od genómu: Môže sa aplikovať na druhy s referenčným genómom alebo bez nich.
●Flexibilný návrh schémy: Jeden-enzým, duálny enzým, trávenie viacerých enzýmov a rôzne typy enzýmov môžu byť vybrané tak, aby vyhovovali rôznym výskumným cieľom alebo druhom. Tenv kremíkuUskutočňuje sa pred nami, aby sa zaistil optimálny návrh enzýmov.
● Vysoká účinnosť enzymatického trávenia: Vedeniev kremíkupred dizajnom a predbežným experimentom zaistený optimálny dizajn s rovnomernou distribúciou značiek SLAF na chromozóme (1 SLAF TAG/4KB) a zníženou opakovanou sekvenciou (<5%).
●Rozsiahla odbornosť: Náš tím prináša do každého projektu množstvo skúseností, pričom výsledky sa zatvoria viac ako 5 000 projektov SLAF-SQ na stovky druhov vrátane rastlín, cicavcov, vtákov, hmyzu a vodných organizmov.
● Samostatne vyvinutý bioinformatický pracovný postup: BMKGene vyvinula integrovaný bioinformatický pracovný postup pre SLAF-seq, aby sa zabezpečila spoľahlivosť a presnosť konečného výstupu.
Špecifikácia služieb
| Typ analýzy | Odporúčaná stupnica populácie | Stratégia | |
| Hĺbka sekvenovania značiek | Číslo značky | ||
| Genetické mapy | 2 rodičia a> 150 potomkov | Rodičia: 20x WGS Offsping: 10x | Veľkosť genómu: <400 MB: Odporúča sa WGS <1 GB: 100 000 značiek 1-2 GB :: 200k značky > 2 GB: 300K značky Max 500k značky |
| Štúdie asociácie pre celú genóm (GWAS) | ≥ 200 vzoriek | 10x | |
| Genetický vývoj | ≥ 30 vzoriek, s> 10 vzorkami z každej podskupiny | 10x | |
Požiadavky
Koncentrácia ≥ 5 ng/µl
Celková suma ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5
Agarózový gél: žiadna alebo obmedzená degradácia alebo kontaminácia
Odporúčané doručenie vzorky
Nádoba: 2 ml centrifuge trubica
(Pre väčšinu vzoriek odporúčame nezachovať v etanole)
Vzorové označovanie: Vzorky musia byť jasne označené a identické s odoslaným formulárom o vzorke.
Zásielka: Suchý ľad: Vzorky sa musia najskôr zabaliť do vriec a zakopané v suchom ľade.
Pracovný tok služieb
Vzorka QC
Experiment
Experiment SLAF
Príprava knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Služby po predaji
Zahŕňa nasledujúcu analýzu:
- Sekvenčné údaje QC
- Vývoj značky SLAF
Mapovanie na referenčný genóm
Bez referenčného genómu: zoskupovanie
- Analýza značiek SLAF.: Štatistika, distribúcia v celom genóme
- Objavenie značky: SNP, Indel, SNV, CV volanie a anotácia
Distribúcia značiek SLAF na chromozómoch:
Distribúcia SNP na chromozómoch:
Anotácia SNP
| Rok | Časopis | IF | Názov | Žiadosti |
| 2022 | Prírodná komunikácia | 17.694 | Genomický základ giga-chromozómov a giga-genome stromovej pivony Paeonia ostii | Slaf-gwas |
| 2015 | Nový fylóg | 7,433 | Domestifikačné stopy zakotvené genomické regióny agronomického významu v sójové bôby | Slaf-gwas |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12,822 | Genómové umelé introgresie gossypium barbadense do G. hirsutum Odhaľte vynikajúce lokusy pre súčasné zlepšenie kvality a výnosu z bavlnených vlákien vlastnosti | SLAF-evolučná genetika |
| 2019 | Molekulárna rastlina | 10.81 | Populačná genomická analýza a de novo zhromaždenie odhaľujú pôvod buriny Ryža ako evolučná hra | SLAF-evolučná genetika |
| 2019 | Genetika prírody | 31.616 | Genómová sekvencia a genetická diverzita spoločného kapra, Cyprinus carpio | Mapa SLAF |
| 2014 | Genetika prírody | 25,455 | Genóm kultivovaného arašidu poskytuje pohľad na strukovinové karyotypy, polyploid Vývoj a plodina domestikácie. | Mapa SLAF |
| 2022 | Biotechnologický časopis | 9,803 | Identifikácia ST1 odhaľuje výber zahŕňajúci stopovanie morfológie semien a obsah oleja počas domestikácie sóje | Rozvoj SLAF-Marker |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Identifikácia a vývoj markerov DNA pre pšenicu-leymus mollis 2ns (2d) Nahradenie disomického chromozómu | Rozvoj SLAF-Marker |
| Rok | Časopis | IF | Názov | Žiadosti |
| 2023 | Hranice vo vede rastlín | 6.735 | Mapovanie QTL a transkriptómová analýza obsahu cukru počas dozrievania ovocia pyrus pyrifolia | Genetická mapa |
| 2022 | Biotechnologický časopis | 8.154 | Identifikácia ST1 odhaľuje výber zahŕňajúci stopovanie morfológie semien a obsahu oleja počas domestikácie sóje
| Volanie SNP |
| 2022 | Hranice vo vede rastlín | 6.623 | Mapovanie asociácie genómu bez rukuje sotva fenotypy v prostredí sucha.
| Gwas |
