Small RNA Sequencing-Illumina
Vlastnosti
● Príprava knižnice zahŕňa krok výberu veľkosti
● Bioinformatická analýza zameraná na predikciu miRNA a jej cieľov
Výhody služby
●Komplexná bioinformatická analýza:Umožnenie identifikácie známych aj nových miRNA, identifikácie cieľov miRNA a zodpovedajúcej funkčnej anotácie a obohatenia o viaceré databázy (KEGG, GO)
●Prísna kontrola kvality: Implementujeme základné kontrolné body vo všetkých fázach, od prípravy vzorky a knižnice až po sekvenovanie a bioinformatiku. Toto starostlivé monitorovanie zaisťuje neustále vysokokvalitné výsledky.
●Podpora po predaji: Náš záväzok presahuje dokončenie projektu s 3-mesačným obdobím popredajného servisu. Počas tohto obdobia ponúkame sledovanie projektu, pomoc pri riešení problémov a stretnutia otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok súvisiacich s výsledkami.
●Rozsiahla odbornosť: Vďaka záznamom o úspešnom uzavretí viacerých projektov sRNA pokrývajúcich viac ako 300 druhov v rôznych oblastiach výskumu náš tím prináša do každého projektu bohaté skúsenosti.
Vzorové požiadavky a doručenie
| Knižnica | Platforma | Odporúčané údaje | Dáta QC |
| Zvolená veľkosť | Illumina SE50 | 10M-20M čítaní | Q30 ≥ 85 % |
Vzorové požiadavky:
Nukleotidy:
| Konc. (ng/μl) | množstvo (μg) | Čistota | bezúhonnosť |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Obmedzená alebo žiadna kontaminácia proteínmi alebo DNA na géli. | RIN > 6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; obmedzená alebo žiadna základná elevácia |
● Rastliny:
Koreň, stonka alebo okvetný lístok: 450 mg
List alebo semená: 300 mg
Ovocie: 1,2 g
● Zviera:
Srdce alebo črevo: 450 mg
Vnútornosti alebo mozog: 240 mg
Sval: 600 mg
Kosti, vlasy alebo koža: 1,5 g
● Článkonožce:
Hmyz: 9 g
Kôrovce: 450 mg
● Plná krv: 2 rúrky
● Bunky: 106 bunky
● Sérum a plazma:6 ml
Odporúčané doručenie vzorky
Nádoba: 2 ml centrifugačná skúmavka (neodporúča sa cínová fólia)
Označenie vzoriek: Skupina+replikácia napr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásielka:
1. Suchý ľad: Vzorky je potrebné zabaliť do vrecúšok a zakopať do suchého ľadu.
2. Skúmavky RNAstable: Vzorky RNA možno vysušiť v skúmavke na stabilizáciu RNA (napr. RNAstable®) a odoslať pri izbovej teplote.
Tok servisných prác
Dizajn experimentu
Doručenie vzorky
Extrakcia RNA
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Popredajné služby
Bioinformatika
● Kontrola kvality nespracovaných údajov
● klasifikácia sRNA
● Zarovnanie s referenčným genómom
● Identifikácia známej a novej miRNA
● Diferenciálna analýza expresie miRNA
● Funkčná anotácia cieľov miRNA
Identifikácia miRNA: štruktúra a hĺbka
Diferenciálna expresia miRNA – hierarchické zhlukovanie
Funkčná anotácia cieľa rozdielne exprimovaných miRNA
Preskúmajte pokroky vo výskume, ktoré umožňujú služby sekvenovania sRNA BMKGene prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií.
Chen, H. a kol. (2023) 'Vírusové infekcie inhibujú biosyntézu a fotosyntézu saponínov v Panax notoginseng', Plant Physiology and Biochemistry, 203, s. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. a kol. (2023) „Proteín FREE1 obsahujúci rastlinnú doménu FYVE sa spája s mikroprocesorovými komponentmi na potlačenie biogenézy miRNA“, uvádza EMBO, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. a kol. (2023) „MicroRNA Ame-Bantam-3p kontroluje vývoj kukly lariev zacielením génu 8 domén podobných epidermálnym rastovým faktorom (megf8) v včele medonosnej, Apis mellifera“, International Journal of Molecular Sciences, 24(6), s. . 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. a kol. (2018) „Integrovaná analýza MiRNA a génov spojených s kvalitou mäsa odhaľuje, že Gga-MiR-140-5p ovplyvňuje intramuskulárne ukladanie tuku u kurčiat“, Bunková fyziológia a biochémia, 46 (6), s. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
