Redukované zastúpenie bisulfitového sekvenovania (RRBS)
Bisulfitové sekvenovanie so zníženým zastúpením (RRBS) sa ukázalo ako nákladovo efektívna a efektívna alternatíva k bisulfitovému sekvenovaniu celého genómu (WGBS) vo výskume metylácie DNA. Zatiaľ čo WGBS poskytuje komplexný prehľad skúmaním celého genómu pri rozlíšení jednej bázy, jeho vysoká cena môže byť limitujúcim faktorom. RRBS strategicky zmierňuje túto výzvu selektívnou analýzou reprezentatívnej časti genómu. Táto metodológia sa spolieha na obohatenie oblastí bohatých na CpG ostrovy štiepením MspI, po ktorom nasleduje selekcia veľkosti 200-500/600 bps fragmentov. V dôsledku toho sa sekvenujú iba oblasti proximálne k ostrovom CpG, zatiaľ čo oblasti so vzdialenými ostrovmi CpG sú z analýzy vylúčené. Tento proces v kombinácii s bisulfitovým sekvenovaním umožňuje detekciu metylácie DNA s vysokým rozlíšením a sekvenčný prístup PE150 sa zameriava špecificky na konce inzertov a nie na stred, čím sa zvyšuje účinnosť profilovania metylácie. RRBS je neoceniteľný nástroj, ktorý umožňuje nákladovo efektívny výskum metylácie DNA a posúva poznatky o epigenetických mechanizmoch.
Funkcie služby
● Vyžaduje referenčný genóm.
● Lambda DNA sa používa na monitorovanie účinnosti konverzie bisulfitu.
● Monitoruje sa aj účinnosť trávenia MspI.
● Dvojité trávenie enzýmov pre vzorky rastlín.
● Sekvenovanie na Illumina NovaSeq.
Výhody služby
●Nákladovo efektívna a efektívna alternatíva k WGBS: umožnenie vykonania analýzy pri nižších nákladoch a s nižšími požiadavkami na vzorky.
●Kompletná platforma:poskytovať vynikajúce služby na jednom mieste od spracovania vzoriek, konštrukcie knižnice a sekvenovania až po bioinformatickú analýzu.
●Rozsiahla odbornosť: vďaka úspešne dokončeným projektom sekvenovania RRBS v rámci rôznych druhov, BMKGENE prináša viac ako desaťročné skúsenosti, vysoko kvalifikovaný analytický tím, komplexný obsah a vynikajúcu popredajnú podporu.
Špecifikácie služby
| Knižnica | Stratégia sekvenovania | Odporúčaný výstup údajov | Kontrola kvality |
| Knižnica štiepená MspI a spracovaná bisulfitom | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85 % Konverzia bisulfitu > 99 % Účinnosť rezania MspI > 95 % |
Vzorové požiadavky
| Koncentrácia (ng/µL) | Celkové množstvo (µg) |
| |
| Genomická DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Obmedzená degradácia alebo kontaminácia |
Tok servisných prác
Doručenie vzorky
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Popredajné služby
Zahŕňa nasledujúcu analýzu:
● Kontrola kvality surového sekvenovania;
● mapovanie na referenčný genóm;
● Detekcia 5mC metylovaných báz a identifikácia motívu;
● Analýza distribúcie metylácie a porovnanie vzoriek;
● Analýza diferenciálne metylovaných oblastí (DMR);
● Funkčná anotácia génov spojených s DMR.
Kontrola kvality: účinnosť trávenia (pri mapovaní genómu)
Kontrola kvality: konverzia bisulfitu (v extrakcii metylačných informácií)
Metylačná mapa: 5mC metylačná distribúcia v celom genóme
Porovnanie vzorky: Analýza hlavných komponentov
Analýza diferenciálne metylovaných oblastí (DMR): teplotná mapa
Preskúmajte pokroky vo výskume uľahčené službami bisulfitového sekvenovania celého genómu BMKGene prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií.
Li, Z. a kol. (2022) „Preprogramovanie s vysokou presnosťou na bunky podobné Leydigovi aktiváciou CRISPR a parakrinnými faktormi“,PNAS Nexus1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. a kol. (2023) „Celogenómová analýza metylácie DNA zloženia tela u čínskych jednovaječných dvojčiat“,European Journal of Clinical Investigation53(11), str. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. a kol. (2022) „Metylácia DNA a pomer pásu k bokom: štúdia asociácie v rámci celého epigenómu u čínskych monozygotných dvojčiat“,Journal of Endocrinological Investigation, 45 (12), s. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
