Sekvenovanie prokaryotickej RNA
Funkcie
● Spracovanie vzorky RNA zahŕňalo depléciu RRNA, po ktorej nasledovalo prípravu smerovej knižnice RNA.
● Bioinformatická analýza založená na vyrovnaní s referenčným genómom
● Analýza zahŕňa génovú expresiu a DEGS, ale aj štruktúru transkriptu a analýzu SRNA
Výhody
●Prísna kontrola kvality: Implementujeme základné kontrolné body vo všetkých fázach, od prípravy vzorky a knižnice po sekvenovanie a bioinformatiku. Toto dôkladné monitorovanie zaisťuje dodanie neustále vysokokvalitných výsledkov.
●Sekvenčné údaje špecifické pre vlákien: Vzhľadom na to, že príprava knižnice RNA je smerová, čo umožňuje identifikáciu transkriptov anti-sense.
●Úplná analýza prispôsobená prokaryotickým transkriptom: Bioinformatický potrubie zahŕňa nielen analýzu génovej expresie, ale aj analýzu transkripčnej štruktúry vrátane identifikácie operónov, UTR a promótorov. Zahŕňa tiež analýzu SRNA, konkrétne anotáciu a predpoveď sekundárnej štruktúry a cieľov.
●Podpora po predaji: Náš záväzok presahuje dokončenie projektu s 3-mesačným obdobím po predaji. Počas tejto doby ponúkame následné opatrenia projektu, pomoc pri riešení problémov a relácie otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok týkajúcich sa výsledkov.
Požiadavky a dodanie vzorky
| Knižnica | Stratégia | Odporúčané údaje | Kontrola kvality |
| RRNA vyčerpaná smerová knižnica | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Vzorové požiadavky:
| Conc. (Ng/μl) | Množstvo (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,8-2,0 OD260/230 = 1,0-2,5 Obmedzená alebo žiadna kontaminácia proteínu alebo DNA znázornená na géli. | Výplach |
Odporúčané doručenie vzorky
Nádoba: 2 ml centrifugačná trubica (cínová fólia sa neodporúča)
Vzorové označovanie: skupina+replikujte EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásielka:
1. Suchý ľad: Vzorky musia byť zabalené do vreckov a zakorenené v suchom ľade.
2. RNASLABLE TRUE: Vzorky RNA sa môžu vysušiť v RNA stabilizačnej trubici (napr. RNASTABLE®) a dodávané v teplote miestnosti.
Pracovný tok služieb
Dodanie vzorky
Konštrukcia knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Služby po predaji
Pracovný tok bioinformatickej analýzy
Zahŕňa nasledujúcu analýzu:
● Spracované riadenie kvality údajov
● Zarovnanie s referenčným genómom
● Hodnotenie kvality knižnice: náhodnosť fragmentácie RNA, veľkosť vloženia a saturácia sekvenovania
● Funkčná anotácia predpovedaných kódovacích génov
● Analýza expresie: korelácia a analýza hlavných komponentov (PCA)
● Diferenciálna expresia génu (DEGS)
● Funkčná anotácia a obohatenie stupňov
● Analýza SRNA: predpoveď, anotácia, cieľ a predikcia sekundárnej štruktúry
● Analýza štruktúry transkriptu: operóny, štartovacie a koncové pozície, nepreložená oblasť (UTS), promótor a analýza SNP/Indel
Nasýtenie
Funkčná anotácia kódovacích génov
Korelácia medzi vzorkami
Analýza diferenciálnych exprimovaných génov (DEGS)
Analýza funkčného obohatenia
anotácia sRNA
Preskúmajte pokroky uľahčené spoločnosťou BMKGENE'S nanopore celovečerných služieb mRNA v tejto vystupovanej publikácii.
Guan, CP a kol. (2018) „Globálne zmeny transkriptómov v biofilme, ktorý tvoria Staphylococcus epidermidis reagujúca na celkové alkaloidy alopecuroidov Sophorea“,Poľský denník mikrobiológie, 67 (2), s. 223. Doi: 10,21307/PJM-2018-024.
