-
BMKMANU S3000_Priestorový prepis
Priestorová transkriptomika stojí v popredí vedeckých inovácií a umožňuje výskumníkom ponoriť sa do zložitých vzorcov génovej expresie v tkanivách pri zachovaní ich priestorového kontextu. Uprostred rôznych platforiem spoločnosť BMKGene vyvinula čip BMKManu S3000 Spatial Transscriptome Chip, ktorý sa môže pochváliť vylepšeným rozlíšením 3,5 µm, ktorý dosahuje subcelulárny rozsah a umožňuje nastavenie viacerých úrovní rozlíšenia. Čip S3000 s približne 4 miliónmi škvŕn využíva mikrojamky navrstvené guľôčkami naplnenými priestorovými zachytávacími sondami s čiarovým kódom. Z čipu S3000 je pripravená knižnica cDNA obohatená o priestorové čiarové kódy a následne sekvenovaná na platforme Illumina NovaSeq. Kombinácia priestorovo kódovaných vzoriek a UMI zaisťuje presnosť a špecifickosť generovaných údajov. Čip BMKManu S3000 je mimoriadne všestranný a ponúka viacúrovňové nastavenia rozlíšenia, ktoré možno jemne doladiť pre rôzne tkanivá a požadovanú úroveň detailov. Táto prispôsobivosť predstavuje čip ako vynikajúcu voľbu pre rôzne štúdie priestorovej transkriptomiky, čím sa zabezpečuje presné priestorové zoskupovanie s minimálnym šumom. Použitie technológie bunkovej segmentácie s BMKManu S3000 umožňuje ohraničenie transkripčných údajov k hraniciam buniek, výsledkom čoho je analýza, ktorá má priamy biologický význam. Okrem toho vylepšené rozlíšenie S3000 vedie k vyššiemu počtu génov a UMI detegovaných na bunku, čo umožňuje oveľa presnejšiu analýzu priestorových transkripčných vzorov a zhlukovanie buniek.
-
Jednojadrové sekvenovanie RNA
Vývoj techník zachytávania jednej bunky a vlastnej konštrukcie knižníc spolu s vysoko výkonným sekvenovaním spôsobil revolúciu v štúdiách génovej expresie na bunkovej úrovni. Tento prielom umožňuje hlbšiu a komplexnejšiu analýzu komplexných bunkových populácií, prekonávajúc obmedzenia spojené s priemerovaním génovej expresie vo všetkých bunkách a zachovávajúc skutočnú heterogenitu v rámci týchto populácií. Zatiaľ čo jednobunkové sekvenovanie RNA (scRNA-seq) má nepopierateľné výhody, naráža na problémy v určitých tkanivách, kde sa vytvorenie jednobunkovej suspenzie ukazuje ako ťažké a vyžaduje čerstvé vzorky. V BMKGene riešime túto prekážku tým, že ponúkame jednojadrové sekvenovanie RNA (snRNA-seq) pomocou najmodernejšej technológie 10X Genomics Chromium. Tento prístup rozširuje spektrum vzoriek vhodných na transkriptómovú analýzu na úrovni jednej bunky.
Izolácia jadier sa dosahuje pomocou inovatívneho čipu 10X Genomics Chromium, ktorý obsahuje osemkanálový mikrofluidný systém s dvojitým krížením. V rámci tohto systému sú gélové guľôčky obsahujúce čiarové kódy, priméry, enzýmy a jedno jadro zapuzdrené do olejových kvapiek s veľkosťou nanolitrov, čím sa vytvorí gélová guľôčka v emulzii (GEM). Po vytvorení GEM dochádza v každom GEM k lýze buniek a uvoľneniu čiarového kódu. Následne sa molekuly mRNA podrobia reverznej transkripcii do cDNA, zahŕňajúcej 10X čiarové kódy a jedinečné molekulárne identifikátory (UMI). Tieto cDNA sa potom podrobia konštrukcii štandardnej sekvenčnej knižnice, čo uľahčuje robustný a komplexný prieskum profilov génovej expresie na úrovni jednej bunky.
Platforma: 10× Genomics Chromium a platforma Illumina NovaSeq
-
10x priestorový transkriptóm Genomics Visium
Priestorová transkriptomika je špičková technológia, ktorá umožňuje výskumníkom skúmať vzory génovej expresie v tkanivách pri zachovaní ich priestorového kontextu. Jedna výkonná platforma v tejto doméne je 10x Genomics Visium spojená so sekvenovaním Illumina. Princíp 10X Visium spočíva na špecializovanom čipe s určenou záchytnou oblasťou, kde sa umiestňujú tkanivové rezy. Táto oblasť zachytávania obsahuje body s čiarovým kódom, z ktorých každý zodpovedá jedinečnému priestorovému umiestneniu v tkanive. Zachytené molekuly RNA z tkaniva sú potom počas procesu reverznej transkripcie označené jedinečnými molekulárnymi identifikátormi (UMI). Tieto čiarové kódy a UMI umožňujú presné priestorové mapovanie a kvantifikáciu génovej expresie v jednobunkovom rozlíšení. Kombinácia priestorovo kódovaných vzoriek a UMI zaisťuje presnosť a špecifickosť generovaných údajov. Pomocou tejto technológie priestorovej transkriptomiky môžu výskumníci získať hlbšie pochopenie priestorovej organizácie buniek a komplexných molekulárnych interakcií vyskytujúcich sa v tkanivách, čo ponúka neoceniteľný pohľad na mechanizmy, ktoré sú základom biologických procesov vo viacerých oblastiach, vrátane onkológie, neurovedy, vývojovej biológie, imunológie. a botanické štúdie.
Platforma: 10X Genomics Visium a Illumina NovaSeq
