-
Hi-C založená chromatínová interakcia
Hi-C je metóda navrhnutá na zachytenie genómovej konfigurácie kombináciou sondovania interakcií založených na blízkosti a vysoko výkonného sekvenovania. Metóda je založená na zosieťovaní chromatínu s formaldehydom, po ktorom nasleduje štiepenie a opätovná ligácia takým spôsobom, že len fragmenty, ktoré sú kovalentne spojené, vytvoria produkty ligácie. Sekvenovaním týchto ligačných produktov je možné študovať 3D organizáciu genómu. Hi-C umožňuje študovať distribúciu častí genómu, ktoré sú ľahko zbalené (kompartmenty A, euchromatín) a s väčšou pravdepodobnosťou sú transkripčne aktívne, a oblasti, ktoré sú tesnejšie zbalené (kompartmenty B, heterochromatín). Hi-C možno použiť aj na určenie topologicky asociovaných domén (TAD), oblastí genómu, ktoré majú zložené štruktúry a pravdepodobne majú podobné vzory expresie, a na identifikáciu chromatínových slučiek, oblastí DNA, ktoré sú navzájom ukotvené proteínmi a ktoré sú často obohatené o regulačné prvky. Služba sekvenovania Hi-C od BMKGene umožňuje výskumníkom preskúmať priestorové dimenzie genomiky, čím sa otvárajú nové cesty na pochopenie regulácie genómu a jej dôsledkov na zdravie a choroby.
-
Chromatínové imunoprecipitačné sekvenovanie (ChIP-seq)
Chromatínová imunoprecipitácia (CHIP) je technika, ktorá využíva protilátky na selektívne obohatenie proteínov viažucich DNA a ich zodpovedajúcich genomických cieľov. Jeho integrácia s NGS umožňuje profilovanie DNA cieľov v celom genóme spojených s modifikáciou histónov, transkripčnými faktormi a inými proteínmi viažucimi DNA. Tento dynamický prístup umožňuje porovnávanie väzbových miest v rôznych typoch buniek, tkanivách alebo podmienkach. Aplikácie ChIP-Seq siahajú od štúdia transkripčnej regulácie a vývojových dráh až po objasnenie mechanizmov chorôb, vďaka čomu je nevyhnutným nástrojom na pochopenie oblastí genómovej regulácie a pokrok v terapeutických poznatkoch.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Bisulfitové sekvenovanie celého genómu (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) predstavuje zlatý štandard metodológie pre hĺbkové skúmanie metylácie DNA, konkrétne piatej pozície v cytozíne (5-mC), kľúčovom regulátore génovej expresie a bunkovej aktivity. Princíp, ktorý je základom WGBS, zahŕňa bisulfitové ošetrenie, ktoré vyvoláva konverziu nemetylovaných cytozínov na uracil (C na U), pričom metylované cytozíny zostávajú nezmenené. Táto technika ponúka rozlíšenie na jednej báze, čo umožňuje výskumníkom komplexne skúmať metylóm a odhaliť abnormálne metylačné vzorce spojené s rôznymi stavmi, najmä rakovinou. Využitím WGBS môžu vedci získať bezkonkurenčné poznatky o metylačných krajinách v rámci celého genómu, čo poskytuje nuansované pochopenie epigenetických mechanizmov, ktoré sú základom rôznych biologických procesov a chorôb.
-
Test na chromatín prístupný transpozázou s vysokovýkonným sekvenovaním (ATAC-seq)
ATAC-seq je vysokovýkonná sekvenačná technika používaná na analýzu dostupnosti chromatínu v celom genóme. Jeho použitie poskytuje hlbšie pochopenie zložitých mechanizmov globálnej epigenetickej kontroly génovej expresie. Metóda využíva hyperaktívnu Tn5 transpozázu na súčasné fragmentovanie a označenie otvorených chromatínových oblastí vložením sekvenčných adaptérov. Následná PCR amplifikácia vedie k vytvoreniu sekvenačnej knižnice, ktorá umožňuje komplexnú identifikáciu otvorených chromatínových oblastí za špecifických časopriestorových podmienok. ATAC-seq poskytuje holistický pohľad na dostupné chromatínové krajiny, na rozdiel od metód, ktoré sa zameriavajú výlučne na väzbové miesta transkripčného faktora alebo špecifické histónom modifikované oblasti. Sekvenovaním týchto otvorených chromatínových oblastí ATAC-seq odhaľuje oblasti s väčšou pravdepodobnosťou aktívnych regulačných sekvencií a potenciálnych väzbových miest transkripčného faktora, čo ponúka cenné poznatky o dynamickej modulácii génovej expresie v genóme.
-
Redukované zastúpenie bisulfitového sekvenovania (RRBS)
Bisulfitové sekvenovanie so zníženým zastúpením (RRBS) sa ukázalo ako nákladovo efektívna a efektívna alternatíva k bisulfitovému sekvenovaniu celého genómu (WGBS) vo výskume metylácie DNA. Zatiaľ čo WGBS poskytuje komplexný prehľad skúmaním celého genómu pri rozlíšení jednej bázy, jeho vysoká cena môže byť limitujúcim faktorom. RRBS strategicky zmierňuje túto výzvu selektívnou analýzou reprezentatívnej časti genómu. Táto metodológia sa spolieha na obohatenie oblastí bohatých na CpG ostrovy štiepením MspI, po ktorom nasleduje selekcia veľkosti 200-500/600 bps fragmentov. V dôsledku toho sa sekvenujú iba oblasti proximálne k ostrovom CpG, zatiaľ čo oblasti so vzdialenými ostrovmi CpG sú z analýzy vylúčené. Tento proces v kombinácii s bisulfitovým sekvenovaním umožňuje detekciu metylácie DNA s vysokým rozlíšením a sekvenčný prístup PE150 sa zameriava špecificky na konce inzertov a nie na stred, čím sa zvyšuje účinnosť profilovania metylácie. RRBS je neoceniteľný nástroj, ktorý umožňuje nákladovo efektívny výskum metylácie DNA a posúva poznatky o epigenetických mechanizmoch.
