Mapa
Nástroj HeatMap akceptuje dátový súbor matrice ako vstup a umožňuje používateľom filtrovať, normalizovať a klastrovať údaje. Prípad primárneho použitia pre tepelné mapy je klastrová analýza hladiny génovej expresie medzi rôznymi vzorkami.
Anotácia génu
Nástroj na anotáciu génov vykonáva génovú anotáciu založenú na vyrovnaní sekvencií vstupných súborov FASTA proti rôznym databázam.
Základný nástroj na vyhľadávanie miestneho zarovnania (BLAST)
Nástroj BLAST je integrovaná verzia BMKCloud integrovanej verzie NCBI BLAST a dá sa použiť na vykonávanie rovnakých funkcií pomocou údajov odovzdaných do účtu BMKCloud.
Predpoveď CDS_UTR
Predikčný nástroj CDS_UTR je navrhnutý tak, aby predpovedal kódovacie oblasti (CDS) a nekódujúce oblasti (UTR) v daných transkripčných sekvenciách založených na výsledkoch BLAST proti známym proteínovým databázam a výsledkom predikcie ORF.
Manhattanský pozemok
Nástroj na pozemok na Manhattane umožňuje zobrazovanie vysokých experimentov so vzorkami a bežne sa používa v asociačných štúdiách celého genómu (GWAS).
Cirosársky diagram
Nástroj Circos Diagram poskytuje účinnú vizualizáciu toho, ako sa genomická funkcia distribuuje v celom genóme. Medzi bežné vlastnosti patria kvantitatívne lokusy, SNP, indely, varianty štrukturálnych a kópií.
Obohatenie génovej ontológie (GO)
Nástroj na obohatenie GO poskytuje funkčnú analýzu obohatenia. Primárnym softvérom v tomto nástroji je balík TopGO-Bioconductor, ktorý zahŕňa analýzu diferenciálnej expresie, analýzu obohatenia GO a vizualizáciu výsledkov.
Analýza siete s váženou génom (WGCNA)
WGCNA je široko používaná metóda ťažby údajov na objavovanie modulov génovej koexpresie. Použije sa na rôzne expresné údaje o expresii vrátane údajov o expresii génov microarray a NGS.
Interprocan
Nástroj Interposcan poskytuje analýzu a klasifikáciu Interpro proteínových sekvencií.
Obohatiť sa
Nástroj na obohatenie GO KEGG je návrh na generovanie histogramu obohatenia GO, histogramu obohatenia KEGG a dráhy obohatenia KEGG na základe poskytnutej génovej sady a zodpovedajúcej anotácie.