Sekvenovanie celého genómu rastlín/zvierat
Servisné funkcie
● Príprava knižnice môže byť štandardná alebo bez PCR
● Dostupné v 4 sekvenčných platformách: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promtition P48 alebo PacBio Revio.
● Bioinformatická analýza zameraná na detekciu variantov: SNP, Indel, SV a CNV
Výhody
●Rozsiahle odborné znalosti a záznamy o publikácii: Akumulované skúsenosti so sekvenovaním genómu pre viac ako 1 000 druhov viedli k viac ako 1 000 publikovaných prípadov s kumulatívnym faktorom nárazu viac ako 5 000.
●Komplexná bioinformatická analýza: Vrátane anotácie variácie volania a funkcie.
● Podpora po predaji:Náš záväzok presahuje dokončenie projektu s 3-mesačným obdobím po predaji. Počas tejto doby ponúkame následné opatrenia projektu, pomoc pri riešení problémov a relácie otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok týkajúcich sa výsledkov.
●Komplexná anotácia: Na funkčné anotácie génov s identifikovanými variáciami používame viacero databáz a vykonávame zodpovedajúcu analýzu obohatenia a poskytuje informácie o viacerých výskumných projektoch.
Špecifikácia služieb
| Varianty, ktoré sa majú identifikovať | Stratégia | Odporúčaná hĺbka |
| SNP a Indel | Illumina Novaseq PE150 alebo mgi t7 | 10x |
| SV a CNV (menej presné) | 30x | |
| SV a CNV (presnejšie) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV a CNV | Pacbio Revio | 10x |
Vzorové požiadavky
| Tkanivo alebo extrahované nukleové kyseliny | Illumina/mgi | Nanopore | Pacbio
| ||
| Zvierat | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Zvierací sval | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Krv cicavcov | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Hydina/rybia krv | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Čerstvý list | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Kultivované bunky |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Hmyz mäkké tkanivo/jednotlivec | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Extrahovaná DNA
| Koncentrácia: ≥ 1 ng/ µl Suma: ≥ 30 ng Obmedzené alebo žiadne degradácia alebo kontaminácia
| Koncentrácia Výška
OD260/280
OD260/230
Obmedzené alebo žiadne degradácia alebo kontaminácia
| ≥ 40 ng/ µl 4 µg/prietoková bunka/vzorka
1,7-2.2
≥1,5 | Koncentrácia Výška
OD260/280
OD260/230
Obmedzené alebo žiadne degradácia alebo kontaminácia | ≥ 50 ng/ µl 10 µg/prietoková bunka/vzorka
1,7-2.2
1,8-2.5 |
| Príprava knižnice bez PCR: Koncentrácia ≥ 40 ng/ µl Množstvo 500 ng | |||||
Pracovný tok služieb
Dodanie vzorky
Extrakcia DNA
Konštrukcia knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Poskytovanie údajov
Zahŕňa nasledujúcu analýzu:
- Riadenie kvality nespracovaných údajov
- Štatistika zarovnania na referenčný genóm
- Identifikácia variantu: SNP, Indel, SV a CNV
- Funkčná anotácia variantov
Štatistika zarovnania na referenčný genóm - rozdelenie hĺbky sekvenovania
SNP volá medzi viacerými vzorkami
Identifikácia indelu-Štatistika dĺžky indelu v oblasti CDS a regiónu celého genómu
Distribúcia variantov v celom genóme - Circos Destrote
Funkčná anotácia génov s identifikovanými variantmi - génová ontológia
Chai, Q. a kol. (2023) „Glutatión S -Transferáza GHTT19 určuje pigmentáciu kvetinových okvetných lístkov prostredníctvom regulácie akumulácie antokyánu v bavlne“, Plant Biotechnology Journal, 21 (2), s. 433. Doi: 10,111/pBI.13965.
Cheng, H. a kol. (2023) „Genóm divokej Hevea Brasiliensis na úrovni chromozómov poskytuje nové nástroje pre šľachtenie asistované genómami a hodnotné lokusy na zvýšenie výnosu gumy“, Journal Plant Biotechnology Journal, 21 (5), s. 1058–1072. doi: 10.1111/pBI.14018.
Li, A. a kol. (2021) „Genóm ústí úst ustríc poskytuje pohľad na klimatický dopad a adaptívnu plasticitu“, komunikačná biológia 2021 4: 1, 4 (1), s. 1–12. doi: 10,1038/S42003-021-02823-6.
Zeng, T. a kol. (2022) „Analýza zmien genómu a metylácie v čínskych domorodých kurčatách v priebehu času poskytuje pohľad na ochranu druhov“, komunikačná biológia, 5 (1), s. 1–12. doi: 10,1038/S42003-022-03907-7.
