PACBIO pre transkriptóm s plným dĺžkou

Sekvenovanie transkriptómového transkriptómu PacBIO, ISOSOSEQ, umožňuje presnú identifikáciu transkripčných izoforiem, objasňuje svetlo na alternatívnu polyadenyláciu a zostrih a vedie k presnejšej analýze génovej expresie. Transcriptomo-potrubie BMKCloud PACBIO je navrhnuté tak, aby analyzovali knižnice cDNA sekvenované v režime kruhového konsenzuálneho sekvenovania (CCS) a identifikuje plne-dĺžkovú novo-chimérnu (FLNC) sekvencie, ktoré sa potom zoskupujú do neredundantných transkriptov. Následná analýza Busco hodnotí úplnosť zostavy prepisu. Zo zostaveného transkriptómu sa vykonáva viac analýz: alternatívne zostrihovanie, jednoduché sekvenčné opakovanie (SSR), predikcia LNCRNA a zodpovedajúce cieľové gény, predikcia nových génov, analýza génovej rodiny, analýza transkripčných faktorov a funkčná anotácia transkriptov.