Nereferenčné sekvenovanie mRNA-NGS
Vlastnosti
● Zachytenie poly mRNA pred prípravou knižnice
● Nezávislé od akéhokoľvek referenčného genómu: založené na de novo zostavení transkriptov, generovanie zoznamu unigénov, ktoré sú anotované viacerými databázami (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Komplexná bioinformatická analýza génovej expresie a štruktúry transkriptov
Výhody služby
●Rozsiahla odbornosť: so záznamom spracovania viac ako 600 000 vzoriek v BMKGENE, ktoré zahŕňajú rôzne typy vzoriek, ako sú bunkové kultúry, tkanivá a telesné tekutiny, náš tím prináša do každého projektu bohaté skúsenosti. Úspešne sme uzavreli viac ako 100 000 projektov mRNA-Seq v rôznych oblastiach výskumu.
●Prísna kontrola kvality: implementujeme kľúčové kontrolné body vo všetkých fázach, od prípravy vzorky a knižnice až po sekvenovanie a bioinformatiku. Toto starostlivé monitorovanie zaisťuje neustále vysokokvalitné výsledky.
● Komplexná anotácia: používame viaceré databázy na funkčnú anotáciu diferenciálne vyjadrených génov (DEG) a na vykonanie zodpovedajúcej analýzy obohatenia, ktorá poskytuje pohľad na bunkové a molekulárne procesy, ktoré sú základom transkriptómovej odpovede.
●Podpora po predaji: náš záväzok presahuje dokončenie projektu s 3-mesačným obdobím popredajného servisu. Počas tohto obdobia ponúkame sledovanie projektu, pomoc pri riešení problémov a stretnutia otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok súvisiacich s výsledkami.
Vzorové požiadavky a doručenie
| Knižnica | Stratégia sekvenovania | Odporúčané údaje | Kontrola kvality |
| Obohatené o Poly A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30 ≥ 85 % |
Vzorové požiadavky:
Nukleotidy:
| Konc. (ng/μl) | množstvo (μg) | Čistota | bezúhonnosť |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Obmedzená alebo žiadna kontaminácia proteínmi alebo DNA na géli. | Pre rastliny: RIN≥4,0; Pre zvieratá: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; obmedzená alebo žiadna základná elevácia |
● Rastliny:
Koreň, stonka alebo okvetný lístok: 450 mg
List alebo semená: 300 mg
Ovocie: 1,2 g
● Zviera:
SRDCE alebo črevo: 300 mg
Vnútornosti alebo mozog: 240 mg
Sval: 450 mg
Kosti, vlasy alebo pokožka: 1 g
● Článkonožce:
Hmyz: 6 g
Kôrovce: 300 mg
● Plná krv: 1 trubica
● Bunky: 106 bunky
Odporúčané doručenie vzorky
Nádoba: 2 ml centrifugačná skúmavka (neodporúča sa cínová fólia)
Označenie vzoriek: Skupina+replikácia napr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásielka:
1. Suchý ľad: Vzorky je potrebné zabaliť do vrecúšok a zakopať do suchého ľadu.
2. Skúmavky RNAstable: Vzorky RNA možno vysušiť v skúmavke na stabilizáciu RNA (napr. RNAstable®) a odoslať pri izbovej teplote.
Tok servisných prác
Dizajn experimentu
Doručenie vzorky
Extrakcia RNA
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Popredajné služby
Bioinformatika
Zostavenie transkriptómu a výber unigénov
Unigénna anotácia
Korelácia vzoriek a hodnotenie biologických replikátov
Rozdielne vyjadrené gény (DEGs)
Funkčná anotácia stupňov
Funkčné obohatenie stupňov
Preskúmajte pokroky, ktoré umožňujú eukaryotické služby sekvenovania mRNA NGS od BMKGene prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií.
Shen, F. a kol. (2020) 'De novo zostavenie transkriptómu a expresia génov ovplyvnená pohlavím v pohlavných žľazách sumca Amurského (Silurus asotus)', Genomics, 112 (3), str. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. a kol. (2016) „Analýza transkriptomu metabolizmu sacharózy počas opuchu cibule a vývoja cibule (Allium cepa L.)“, Frontiers in Plant Science, 7 (september), s. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. a kol. (2017) „De novo zostavenie, charakterizácia a anotácia pre transkriptóm Sarcocheilichthys sinensis“, PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. a kol. (2021) „De novo transkriptómová analýza poskytuje pohľad na toleranciu soli Podocarpus macrophyllus pri strese zo slanosti“, BMC Plant Biology, 21 (1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
