mRNA-seq (NGS) s referenčným genómom

mRNA-seq (NGS) s referenčným genómom

RNA-seq je štandardný nástroj naprieč vedami o živote a plodinách, ktorý premosťuje priepasť medzi genómami a proteómami. Jeho sila spočíva v objavovaní nových transkriptov a kvantifikácii ich expresie v jednom teste. Široko sa používa na porovnávacie transkriptomické štúdie, ktoré objasňujú gény súvisiace s rôznymi znakmi alebo fenotypmi, ako je porovnávanie mutantov s divokými typmi alebo odhaľovanie génovej expresie za špecifických podmienok. BMKCloud mRNA(Reference) APP integruje kvantifikáciu expresie, analýzu diferenciálnej expresie (DEG) a analýzy sekvenčnej štruktúry do bioinformatického potrubia mRNA-seq (NGS) a spája silné stránky podobného softvéru, čím zaisťuje pohodlie a užívateľskú prívetivosť. Používatelia môžu nahrať svoje údaje RNA-seq do cloudu, kde aplikácia ponúka komplexné riešenie bioinformatickej analýzy na jednom mieste. Okrem toho uprednostňuje skúsenosti zákazníkov a ponúka personalizované operácie prispôsobené špecifickým potrebám používateľov. Používatelia môžu sami nastaviť parametre a odoslať misiu potrubia, skontrolovať interaktívnu správu, prezerať údaje/diagramy a kompletné získavanie údajov, ako napríklad: výber cieľového génu, funkčné zoskupovanie, vytváranie diagramov atď.

Demo výsledky

Dolovanie dát

Požiadavka na dovoz

Hlavná analýza

Odkaz

Demo výsledky

Dolovanie dát

Požiadavka na dovoz

Platforma:Illumina, MGI
Stratégia:RNA-Seq
Rozloženie: Párované, čisté dáta.
Typ knižnice:fr-unstranded, fr-firststrand alebo fr-second strand
Dĺžka čítania:150 bp
Typ súboru:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz alebo *.fq.gz. Systém budeautomaticky spárovať súbory .fastq podľa názvov súborov,napr. *_1.fastq spárované s *._2.fastq.
Počet vzoriek:Neexistujú žiadne obmedzenia týkajúce sa počtuvzoriek, ale čas analýzy sa bude zvyšovať s počtomvzorky rastú.
Odporúčané množstvo údajov:6G na vzorku

Hlavná analýza

Hlavné analytické a bioinformatické nástroje mRNA-seq (Referencia)potrubie je nasledovné:

1. Kontrola kvality nespracovaných údajov:

•Odstránenie sekvencií nízkej kvality, sekvencií adaptérov,atď.;

•Nástroje: interne vyvinuté potrubie;

2. Zarovnanie údajov s referenčným genómom:

•Zarovnanie čítaní pomocou algoritmu s vedomím o spájaní sreferenčný genóm.

•Nástroje:HISAT2, samtools

3. Analýza kvality knižnice:

• Analýza dĺžky vloženia, analýza saturácie sekvencie atď.;

•Nástroje:samtools;

4. Analýza sekvenčnej štruktúry:

• Alternatívna zostrihová analýza, optimalizácia génovej štruktúry,predikcia nových génov atď.;

•Nástroje:StringTie, gffcompare, GATK,DIAMANT, InterProScan, aHMMER.

5. Diferenciálna expresná analýza:

•DEG skríning, analýza vzťahov, funkčnýobohacovanie;

•Rôzne výsledky vizualizácie;

•RsSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq

Odkaz

1. Kim, Daehwan a kol. „Zarovnanie genómu na základe grafu agenotypovanie pomocou HISAT2 a HISAT-genotypu.PrírodaBiotechnológia37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron a kol. „Súprava nástrojov analýzy genómu: aRámec MapReduce na analýzu DNA novej generáciesekvenčné údaje“.Výskum genómu209 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng a kol. „Formát Sequence Alignment/Map andSAMtools.”Bioinformatika25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perțea, Mihaela a kol. „StringTie umožňuje vylepšenierekonštrukcia transkriptómu z čítaní RNA-seq.PrírodaBiotechnológia33 (2015): 290-295.

5. Láska, Michael I. a spol. „Umiernený odhad násobnej zmeny adisperzia pre údaje RNA-seq s DESeq2.genómBiológia15 (2014): č. pag.

6. Eddy, Sean R.. „Zrýchlené vyhľadávanie profilu HMM.“PLoS Výpočtová biológia7 (2011): č. pag.

mRNA-seq (NGS) s referenčným genómom

mRNA-seq (NGS) s referenčným genómom

získať cenovú ponuku

Pošlite nám svoju správu: