Celodĺžkové transkriptómové sekvenovanie založené na nanopóroch
Sekvenovanie nanoporov sa odlišuje od iných sekvenčných platforiem tým, že nukleotidy sa čítajú priamo bez syntézy DNA a generujú dlhé čítania v desiatkach kilobáz. To umožňuje priame čítanie prepisov v plnej dĺžke a riešenie problémov v transkriptomických štúdiách.
√ Nízka odchýlka špecifická pre sekvenciu
√ Odčítanie cDNA v plnej dĺžke na štúdie génovej štruktúry
√ Menej údajov potrebných na pokrytie rovnakého počtu prepisov
√ Identifikácia viacerých izoforiem na gén
√ Kvantifikácia expresie na úrovni izoforiem
Typický bioinformatický kanál
Najnovšie úspešné prípady s technológiami Biomarker
1. Porovnávacie analýzy transkriptómov plnej dĺžky odhaľujú dynamiku vývoja kmeňa Gnetum luofuense
Časopis: Frontiers in Genetics
Zverejnené: marec 2021
Kľúčové slová: MinION | Alternatívne spájanie | APA | lncRNA | Rozdielne vyjadrené transkripty
Prečítajte si celý text
2. Jednosmerný pohyb malých RNA z výhonkov ku koreňom v medzidruhových heterograftoch
Časopis: Nature Plants
Zverejnené: január 2021
Kľúčové slová: Nanopore | Illumina | detekcia mobilnej mRNA v plnej dĺžke
3. Kompletná transkriptómová analýza koreňov špargle odhaľuje molekulárny mechanizmus tolerancie soli vyvolanej arbuskulárnymi mykoríznymi hubami
Časopis: Environmentálna a experimentálna botanika
Zverejnené: január 2021
Kľúčové slová: MinION | Rozdielne vyjadrené prepisy | Transkripčné faktory | Alternatívne spájanie
4. Fyziologické charakteristické zmeny a úplný transkriptóm koreňov a listov ruže (Rosa chinensis) v reakcii na stres zo sucha
Časopis: Fyziológia rastlín a buniek
Zverejnené: október 2020
Kľúčové slová: PromethION | Rozdielne vyjadrené prepisy | Funkčná predpoveď | Zostrihané izoformy | TF a lncRNA
5. Analýza a komplexné porovnanie PacBio a nanopórového sekvenovania RNA transkriptómu Arabidopsis
Časopis: Plant Method
Zverejnené: apríl 2020
Kľúčové slová: GridION | PromethION | PacBio pokračovanie | Illumina NovaSeq | Zarovnanie genómu | Identifikácia prepisu | Alternatívne spájanie | SSR | LncRNA | Kvantifikácia izoforiem
Novinky a najvýznamnejšie udalosti sa zameriava na zdieľanie najnovších úspešných prípadov s Biomarker Technologies, zachytávanie nových vedeckých úspechov, ako aj významných techník použitých počas štúdie.
Čas odoslania: Jan-08-2022