Nanopore Transkriptóm plnej dĺžky

Sekvenovanie transkriptómu Nanopore je výkonná metóda na sekvenovanie cDNA s plnou dĺžkou, presnú identifikáciu a kvantifikáciu izoforiem transkriptu. BMKCloud Nanopore Full-Length Transscriptome Pipeline je navrhnutý tak, aby analyzoval údaje RNA-Seq generované na platforme Nanopore oproti vysokokvalitnému dobre anotovanému referenčnému genómu, pričom poskytuje kvalitatívnu a kvantitatívnu analýzu na úrovni génu aj transkriptu. Po kontrole kvality sa získajú nechimérne (FLNC) sekvencie s plnou dĺžkou a konsenzuálne sekvencie sa namapujú na referenčný genóm, aby sa odstránili nadbytočné transkripty. Z tohto súboru transkriptov je kvantifikovaná expresia a odlišne exprimované gény a transkripty sú identifikované a funkčne anotované. Potrubie tiež zahŕňa alternatívnu polyadenyláciu (APA), analýzu alternatívneho zostrihu, analýzu opakovania jednoduchej sekvencie (SSR), predikciu lncRNA a zodpovedajúcich cieľov, predikciu kódujúcich sekvencií (CDS), analýzu génovej rodiny, analýzu transkripčných faktorov, predikciu nových génov a funkčná anotácia prepisov.