mRNA-seq (NGS) – De novo

Sekvenovanie mRNA umožňuje profilovanie všetkých transkriptov mRNA v bunkách za špecifických podmienok a je široko používanou technológiou v rôznych oblastiach výskumu. Potrubie BMKCloud De novo mRNA-seq je navrhnuté tak, aby analyzovalo sekvenčné knižnice obohatené o poly-A, keď nie je k dispozícii žiadny referenčný genóm. Potrubie začína kontrolou kvality, po ktorej nasledujede novozostavenie prepisu a výber unigénnej množiny. Unigénová štruktúrna analýza predpovedá kódujúcu sekvenciu (CDS) a jednoduché sekvenčné opakovania (SSR). Následne analýza diferenciálnej expresie nájde medzi testovanými podmienkami rozdielne exprimované gény (DEG), po čom nasleduje funkčná anotácia a obohatenie DEG, aby sa získali biologické poznatky.