Metagenomics (NGS)

Metagenomika brokovnice s Illuminou je obľúbeným nástrojom na štúdium mikrobiómov priamym sekvenovaním DNA z komplexných vzoriek, čo umožňuje štúdium taxonomickej aj funkčnej diverzity. Potrubie Metagenomic (NGS) BMKcloud (NGS) začína kontrolou kvality a zostavením metagenómu, z ktorých sa predpovedajú a zoskupujú gény do neredundantných súborov údajov, ktoré sú anotované pre funkciu a taxonómiu pomocou viacerých databáz. Tieto informácie sa používajú na analýzu taxonomickej diverzity v rámci vzorky (diverzita alfa) a rozmanitosti medzi vzorkami (beta diverzita). Diferenciálna analýza medzi skupinami zistí OTU a biologické funkcie, ktoré sa medzi týmito dvoma skupinami líšia pomocou parametrických aj neparametrických testov, zatiaľ čo korelačná analýza súvisí s týmito rozdielom s environmentálnymi faktormi.