
lncRNA
Dlhé nekódujúce RNA (lncRNA) sú RNA dlhšie ako 200 nukleotidov s nízkym kódovacím potenciálom, ale s kritickými regulačnými funkciami. Potrubie BMKCloud lncRNA je navrhnuté tak, aby analyzovalo knižnice zbavené rRNA s vysoko kvalitným, dobre anotovaným referenčným genómom, a to spoločnou analýzou expresie lncRNA a mRNA. Po orezaní čítania a kontrole kvality sa čítania zarovnajú s referenčným genómom na zostavenie transkriptov a následná analýza génovej štruktúry odhaľuje alternatívne zostrihy a nové gény. Transkripty sú identifikované ako mRNA alebo lncRNA a diferenciálna expresná analýza identifikuje odlišne exprimované lncRNA, ich ciele a odlišne exprimované gény (DEGS). DEG aj rozdielne exprimované ciele lncRNA sú funkčne anotované, aby sa našli obohatené funkčné kategórie.
Bioinformatika
