Zhromaždenie genómu na báze Hi-C
Hi-C je metóda určená na zachytenie konfigurácie chromozómov kombináciou interakcií založených na sondovaní a vysoko výkonného sekvenovania. Intenzita týchto interakcií sa predpokladá, že negatívne koreluje s fyzickou vzdialenosťou na chromozómoch. Preto sa údaje HI-C používajú na usmernenie zoskupovania, objednávania a orientácie zostavených sekvencií v návrhu genómu a ukotvenia tých na určitý počet chromozómov. Táto technológia posilňuje zostavenie genómu na úrovni chromozómov v neprítomnosti genetickej mapy založenej na populácii. Každý jeden genóm potrebuje Hi-C.
Servisné funkcie
● Sekvenovanie na Illumina novaseq s PE150.
● Služba vyžaduje vzorky tkanív namiesto extrahovaných nukleových kyselín, aby sa krížovo prepojili s formaldehydom a zachovali interakcie DNA-proteín.
● Experiment HI-C zahŕňa obmedzenie a konečnú opravu lepkavých koncov biotínom, po ktorom nasleduje obehové obežné konce, pričom pri zachovaní interakcií. DNA sa potom stiahne s streptavidínovými guľôčkami a vyčistí sa na následnú prípravu knižnice.
Výhody
Prehľad hi-c
(Lieberman-Aiden E a kol.,Veda, 2009)
●Eliminácia potreby údajov o genetickej populácii:Hi-C nahrádza základné informácie potrebné na ukotvenie kontigu.
●Vysoká hustota markerov:čo vedie k vysokému ukotvovaciemu pomeru nad 90%.
●Rozsiahle odborné znalosti a záznamy o publikácii:Bmkgene má obrovské skúsenosti s viac ako 2000 prípadmi zostavy genómu HI-C z 1 000 rôznych druhov a rôznych patentov. Viac ako 200 publikovaných prípadov má faktor akumulatívneho vplyvu viac ako 2000.
●Vysoko kvalifikovaný tím bioinformatiky:S internými patentmi a autorskými právami softvéru pre experimenty HI-C a analýzu údajov umožňuje samoobvelovaný vizualizačný dátový softvér s vlastným vizualizačným dátovým softvérom manuálne blokovanie, zvrátenie, zrušenie a opakovanie.
●Podpora po predajni:Náš záväzok presahuje dokončenie projektu s 3-mesačným obdobím po predaji. Počas tejto doby ponúkame následné opatrenia projektu, pomoc pri riešení problémov a relácie otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok týkajúcich sa výsledkov.
●Komplexná anotácia: Na funkčné anotácie génov s identifikovanými variáciami používame viacero databáz a vykonávame zodpovedajúcu analýzu obohatenia a poskytuje informácie o viacerých výskumných projektoch.
Špecifikácia služieb
| Príprava knižnice | Stratégia | Odporúčaný výstup údajov | Kontrola kvality |
| Hi-C Library | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Vzorové požiadavky
| Tkanivo | Požadovaná suma |
| Zvierat | ≥ 2 g |
| Zvierací sval | |
| Krv cicavcov | ≥ 2 ml |
| Hydina/rybia krv | |
| Čerstvý list | ≥ 3 g |
| Kultivované bunky | ≥ 1x107 |
| Hmyz | ≥ 2 g |
Pracovný tok služieb
Experimentálny návrh
Dodanie vzorky
Konštrukcia knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Služby po predaji
1) prvotné údaje QC
2) Hi-C knižnica QC: Odhad platných interakcií Hi-C
3) Zostava Hi-C: zoskupovanie kontigov v skupinách, po ktorom nasleduje objednávanie v každej skupine a priradenie orientácie kontig
4) Hodnotenie Hi-C
Hi-C knižnica QC-odhad párov interakcie Hi-C
Zostava Hi-C-štatistika
Vyhodnotenie po zostavení-tepelná mapa intenzity signálu medzi zásobníkmi
Preskúmajte pokroky uľahčené spoločnosťou BMKGENE'S HI-C MONDALE SLUŽBY prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií.
Tian, T. a kol. (2023) „Zhromaždenie genómu a genetická disekcia významného kukuričného zárodočného plazmy rezistentného na sucho“, Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), s. 496–506. doi: 10,1038/s41588-023-01297-y.
Wang, Zl a kol. (2020) „Zhromaždenie chromozómového meradla ázijského genómu včiel Apis Cerrana“, Frontiers in Genetics, 11, s. 524140. Doi: 10,3389/fgene.2020.00279/bibtex.
Zhang, F. a kol. (2023) „Odhalenie vývoja biosyntézy tropánových alkaloidov analýzou dvoch genómov v rodine Solanaceae“, Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), s. 1–18. doi: 10,1038/S41467-023-37133-4.
Zhang, X. a kol. (2020) „Genómy Banyanovej stromu a opeľovacej osy poskytujú pohľad na koevolúciu Fig-WASP“, Cell, 183 (4), s. 875-889.E17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
