Interakcia chromatínu na báze Hi-C
Servisné funkcie
● Sekvenovanie na Illumina novaseq s PE150.
● Služba vyžaduje vzorky tkanív namiesto extrahovaných nukleových kyselín, aby sa krížovo prepojili s formaldehydom a zachovali interakcie DNA-proteín.
● Experiment HI-C zahŕňa obmedzenie a konečnú opravu lepkavých koncov biotínom, po ktorom nasleduje obehové obežné konce, pričom pri zachovaní interakcií. DNA sa potom stiahne s streptavidínovými guľôčkami a vyčistí sa na následnú prípravu knižnice.
Výhody
●Optimálny dizajn enzýmov obmedzenia: zabezpečiť vysokú účinnosť HI-C na rôznych druhoch s platnými párymi interakcií až 93%.
●Rozsiahle odborné znalosti a záznamy o publikácii:BMKGene má obrovské skúsenosti s> 2000 projektmi sekvencovania Hi-C z 800 rôznych druhov a rôznych patentov. Viac ako 100 uverejnených prípadov s faktorom akumulatívneho nárazu viac ako 900.
●Vysoko kvalifikovaný tím bioinformatiky:s internými patentmi a autorskými právami softvéru pre experimenty Hi-C a analýzu údajov a samoobvelovaný vizualizačný dátový softvér.
●Podpora po predajni:Náš záväzok presahuje dokončenie projektu s 3-mesačným obdobím po predaji. Počas tejto doby ponúkame následné opatrenia projektu, pomoc pri riešení problémov a relácie otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok týkajúcich sa výsledkov.
●Komplexná anotácia: Na funkčné anotácie génov s identifikovanými variáciami používame viacero databáz a vykonávame zodpovedajúcu analýzu obohatenia a poskytuje informácie o viacerých výskumných projektoch.
Špecifikácia služieb
| Knižnica | Stratégia | Odporúčaný výstup údajov | Rozlíšenie signálu Hi-C |
| Hi-C Library | Illumina PE150 | Chromatínová slučka: 150x Tad: 50x | Chromatínová slučka: 10 kB Tad: 40 kB |
Požiadavky na služby
| Vzorový typ | Požadovaná suma |
| Živočíšne tkanivo | ≥ 2g |
| Celá krv | ≥ 2 ml |
| Huby | ≥1g |
| Tkanivo | 1g/alikvot, odporúčané 2-4 alikvoty |
| Kultivované bunky | ≥1x107 |
Zahŕňa nasledujúcu analýzu:
● Nakruhové údaje QC;
● Mapovanie a knižnica Hi-C QC: Platné páry interakcií a exponenty rozpadu interakcie (IDE);
● Profilovanie interakcie celého genómu: CIS/TRAN analýza a mapa interakcie HI-C;
● Analýza rozdelenia oddelenia A/B;
● Identifikácia TAD a chromatínových slučiek;
● Diferenciálna analýza prvkov 3D chromatínovej štruktúry medzi vzorkami a zodpovedajúca funkčná anotácia pridružených génov.
Distribúcia CIS a transportu
Tepelná mapa chromozomálnych interakcií medzi vzorkami
Distribúcia priehradiek A/B v celom genóme
Distribúcia chromatínových slučiek
Vizualizácia TADS
Preskúmajte výskumné pokroky uľahčené službami sekvencovania HI-C BMKGene prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií.
Meng, T. a kol. (2021) „Porovnávacia integrovaná multi-ropická analýza identifikuje CA2 ako nový cieľ pre Chordoma“,Neuro-onkológia, 23 (10), str. 1709 - 1722. doi: 10.1093/Neuonc/Noab156.
Xu, L. a kol. (2021) „3D Disorganizácia a preskupenie genómu poskytujú pohľad na patogenézu NAFLD integrovaným HI-C, nanopore a sekvencovanie RNA“,Acta Pharmaceutica sinica b, 11 (10), s. 3150 - 3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.
