Cieľom štúdie asociačnej štúdie v celom genóme (GWAS) je identifikovať genetické varianty (genotyp), ktoré spojené so špecifickými znakmi (fenotyp). Štúdie GWA skúmajú genetické markery prechádza celým genómom veľkého počtu jedincov a predpovedá asociácie genotypu a fenotypu pomocou štatistickej analýzy na úrovni populácie. Celé genómové obnovenie môže potenciálne objaviť všetky genetické varianty. Spojenie s fenotypovými údajmi je možné spracovať GWAS na identifikáciu SNP, QTL a kandidátnych génov súvisiacich s fenotypom, ktoré silne podporujú moderné šľachtenie zvierat/rastlín. SLAF je samostatne vyvinutá zjednodušená stratégia sekvenovania genómu, ktorá objavuje distribuované markery v celom genóme, SNP. Tieto SNP, ako molekulárne genetické markery, sa môžu spracovať pre asociačné štúdie s cieľovými znakmi. Je to nákladovo efektívna stratégia pri identifikácii genetických variácií spojených s komplexnými znakmi.
