Zhromaždenie genómu de novo
BMKGene ponúka všestranné riešenia pre plesňové genómy, uspokojuje rôzne výskumné potreby a požadovanú úplnosť genómu. Samotné využitie sekvenovania krátkodobých ilumíny umožňuje generovanie konceptu genómu. Krátke čítania a sekvenovanie na dlhé čítanie s použitím nanopórov alebo PacBIO sa kombinujú pre rafinovanejší hubový genóm s dlhšími kontigmi. Integrácia sekvenovania HI-C navyše ďalej zvyšuje schopnosti a umožňuje dosiahnutie úplného genómu na úrovni chromozómov.
Servisné funkcie
S tromi možnými možnosťami na výber v závislosti od požadovaného stupňa úplnosti genómu:
● NÁVRH GENOME VOĽKOSŤ: Sekvenovanie krátkeho čítania s Illumina Novaseq PE150.
● Možnosť Fungal Fine Genome:
Prieskum genómu: Illumina Novaseq PE150.
Zhromaždenie genómu: PacBio Revio (HIFI číta) alebo nanopore promethion 48.
● Plesňový genóm na úrovni chromozómov:
Prieskum genómu: Illumina Novaseq PE150.
Zhromaždenie genómu: PacBio Revio (HIFI číta) alebo nanopore promethion 48.
Ukotvenie s montážou Hi-C.
Výhody
●K dispozícii je viac stratégií sekvenovania: Pre rôzne výskumné ciele a požiadavky úplnosti genómu
●Kompletný pracovný postup bioinformatiky:Zahŕňa to zostavenie genómu a predikciu viacerých genomických prvkov, anotácie funkčných génov a ukotvenia kontigu.
●Rozsiahla odbornosť: S zostatenými viac ako 12 000 mikrobiálnymi genómami prinášame desaťročie skúseností, vysoko kvalifikovaný analytický tím, komplexný obsah a vynikajúcu podporu po predaji.
●Podpora po predajni:Náš záväzok presahuje dokončenie projektu s 3-mesačným obdobím po predaji. Počas tejto doby ponúkame následné opatrenia projektu, pomoc pri riešení problémov a relácie otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok týkajúcich sa výsledkov.
Špecifikácia služieb
| Služba | Stratégia | Kontrola kvality |
| Návrh genómu | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Genóm | Prieskum genómu: Illumina PE150 50 x Zhromaždenie: Pacbio Hifi 30x alebo Nanopore 100x | Contig N50 ≥1 MB （PACBIO UNICULULULA） contig N50 ≥ 2 MB （ONT UNICULLULULA） contig N50 ≥ 500 kb （ďalšie） |
| Genóm na úrovni chromozómov | Prieskum genómu: Illumina PE150 50 x Zhromaždenie: Pacbio Hifi 30x alebo Nanopore 100x Zostava Hi-C 100x | Contig Unchoring Ratio> 90%
|
Požiadavky na služby
| Koncentrácia (ng/µl) | Celkové množstvo (µg) | Objem (ul) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥ 20 | ≥2 | ≥ 20 | 1,7-2.2 | ≥1,6 |
| Nanopore | ≥ 40 | ≥2 | ≥ 20 | 1,7-2.2 | 1,0-3.0 |
| Osvetlenie | ≥1 | ≥0,06 | ≥ 20 | - | - |
Jednosmerné huby: ≥ 3,5 x 1010 bunky
Makro huby: ≥10 g
Pracovný tok služieb
Dodanie vzorky
Konštrukcia knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Služby po predaji
Zahŕňa nasledujúcu analýzu:
Prieskum genómu:
- Sekvenovanie kontroly kvality údajov
- Odhad genómu: veľkosť, heterozygotnosť, opakujúce sa prvky
Jemné zhromaždenie genómu:
- Sekvenovanie kontroly kvality údajov
- De novoMontáž
- Analýza komponentov genómu: predikcia CD a viacerých genomických prvkov
- Funkčná anotácia s viacerými všeobecnými databázami (GO, KEGG atď.) A pokročilými databázami (karta, VFDB atď.)
Zostava Hi-C:
- Hodnotenie knižnice Hi-C.
- Obhajuje ukotvenie zoskupovania, objednávania a orientácie
- Vyhodnotenie zostavy HI-C: Na základe referenčného genómu a mapy tepla
Prieskum genómu: Distribúcia K-MER
Zhromaždenie genómu: génová homológna anotácia (databáza NR)
Zostava genómu: anotácia funkčných génov (GO)
Preskúmajte pokroky uľahčené službami zhromažďovania hubových genómov BMKGene prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií.
Hao, J. a kol. (2023) „Integrované ommické profilovanie liečivých húb inonotus obliquus za ponorených podmienok“,Genomika BMC, 24 (1), str. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/Figures/3.
Lu, L. a kol. (2023) „Sekvenovanie genómu odhaľuje vývoj a patogénne mechanizmy patogénu pšeničného ostrého očí patogén rhizoctonia Cerealis“,Časopis o úrode, 11 (2), str. 405 - 416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. a kol. (2023) „Genómové zdroje pre štyri druhy Clarireedia, ktoré spôsobujú dolárové miesto na rôznych trávnikovýchgramoch“,Ochorenie rastlín, 107 (3), str. 929 - 934. doi: 10.1094/pdis-08-22-1921-a
Zhang, Ss a kol. (2023) „Genetický a molekulárny dôkaz tetrapolárneho párenia v jedlej hube grifola frondosa“,Denník húb, 9 (10), s. 959. doi: 10,3390/JOF9100959/S1.
