Analýza eukaryotickej mRNA (k dispozícii sú možnosti založené na referencii a de novo)
Tento kanál využíva údaje NGS RNA-Seq ako vstup a vytvára výsledky z viacerých následných analýz vrátane, ale nie výlučne: hodnotenia kvality sekvenčných údajov,de novoanotácia miesta transkripcie, analýza zostrihu premenných, analýza diferenciálnej expresie, anotácia funkcie a analýza obohatenia.
Analýza dlhej nekódujúcej RNA
Dlhé nekódujúce RNA (lncRNA) sú nekódujúce transkripty s dĺžkami dlhšími ako 200 nt a je známe, že zohrávajú úlohu pri organizácii a regulácii chromatínu. Vysokovýkonné sekvenčné technológie a bioinformatika umožnili naše pochopenie sekvencií lncRNA a informácií o polohe na identifikáciu lncRNA s kľúčovými regulačnými funkciami. Tento kanál poskytuje analýzu lncRNA okrem analýz uvedených v potrubí analýzy eukaryotickej mRNA.
16S/18S/ITS sekvenovanie amplikónov
Potrubie Amplicon Sequencing na analýzu mikrobiálnej diverzity bolo vyvinuté na základe dlhoročných skúseností s analýzou projektov mikrobiálnej diverzity. Potrubie obsahuje štandardizovanú základnú analýzu, ktorá pokrýva hlavný prúd analýzy súčasného mikrobiálneho výskumu a personalizovanú analýzu. Správa o analýze je bohatá a komplexná s možnosťou vykonávať rôzne osobné analýzy. Okrem toho je možné vzorky a skupiny upravovať za chodu pre ďalšie prispôsobenie a kontrolu.
Metagenomická analýza brokovnice
Potrubie metagenomickej analýzy Shotgun využíva údaje NGS zo zmiešaných genómových materiálov extrahovaných zo vzoriek prostredia. Zahrnuté analýzy poskytujú podrobné informácie o druhovej diverzite a početnosti, štruktúre populácie, fylogenetickom vzťahu, funkčných génoch a korelačných sieťach s environmentálnymi faktormi.
Analýza variantov NGS-WGS
Analýza variantov NGS-WGS je integrovaný kanál na detekciu variantov, ktorý vykonáva kontrolu kvality údajov, zarovnávanie sekvencií, anotáciu a analýzu génových mutácií. Potrubie sa riadi osvedčenými postupmi GATK pre detekciu SNP a InDel a používa Manta na volanie štrukturálnych variantov.
Genome Wide Association Study (GWAS)
Potrubie GWAS je následná analýza, ktorá ako vstup berie predtým vygenerované súbory VCF a zodpovedajúce údaje o fenotype pre kohortu jednotlivcov. Pomocou špecifických štatistických metodológií sa GWAS zameriava na odhalenie nukleotidových variácií v celom genóme korelujúcich s fenotypovými rozdielmi. Hrá kľúčovú úlohu pri skúmaní funkčných génov spojených s komplexnými ľudskými chorobami a zložitými vlastnosťami rastlín a zvierat.
Analýza hromadnej segregácie (BSA)
Analýza BSA zahŕňa spojenie jedincov s extrémnymi fenotypovými znakmi zo segregujúcej populácie. Porovnaním diferenciálnych lokusov medzi spojenými vzorkami tento prístup rýchlo identifikuje úzko spojené molekulárne markery spojené s cieľovými génmi. Široko používaný pri genetickom mapovaní rastlín a živočíchov je cenným nástrojom pre šľachtenie pomocou markerov.
Analýza evolučnej genetiky
Pracovný postup analýzy evolučnej genetiky využíva rozsiahle skúsenosti BMKGENE v projektoch genetickej evolúcie a zahŕňa konštrukciu fylogenetického stromu, analýzu nerovnováhy väzieb, hodnotenie genetickej diverzity, selektívnu identifikáciu, analýzu príbuzenstva, analýzu hlavných komponentov a charakterizáciu štruktúry populácie.
