Evolučná genetika
Výhody služby
Takagi a spol.,Rastlinný denník, 2013
●Komplexná bioinformatická analýza:umožnenie odhadu genetickej diverzity, ktorá odráža evolučný potenciál druhov, a odhalenie spoľahlivého fylogenetického vzťahu medzi druhmi s minimalizovaným vplyvom konvergentnej evolúcie a paralelnej evolúcie
●Voliteľná prispôsobená analýza: ako je odhad času a rýchlosti divergencie na základe variácií na úrovni nukleotidov a aminokyselín.
●Rozsiahle odborné a publikačné záznamy: BMKGene nazbierala rozsiahle skúsenosti s projektmi populačnej a evolučnej genetiky za viac ako 15 rokov, ktoré pokrývali tisíce druhov atď., a prispela k viac ako 1000 projektom na vysokej úrovni publikovaným v Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal atď.
● Vysoko kvalifikovaný tím bioinformatiky a krátky cyklus analýz: s veľkými skúsenosťami s pokročilou genomickou analýzou poskytuje tím BMKGene komplexné analýzy s rýchlym obratom.
● Podpora po predaji:Náš záväzok presahuje rámec dokončenia projektu s 3-mesačným obdobím popredajného servisu. Počas tohto obdobia ponúkame sledovanie projektu, pomoc pri riešení problémov a stretnutia otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok súvisiacich s výsledkami.
Špecifikácie a požiadavky služby
| Typ sekvenovania | Odporúčaná populačná škála | Stratégia sekvenovania | Požiadavky na nukleotidy |
| Sekvenovanie celého genómu | ≥ 30 jedincov, pričom ≥ 10 jedincov z každej podskupiny
| 10x | Koncentrácia: ≥ 1 ng/ul Celkové množstvo ≥ 30 ng Obmedzená alebo žiadna degradácia alebo kontaminácia |
| Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) | Hĺbka značky: 10x Počet značiek: <400 Mb: Odporúča sa WGS <1 Gb: 100 000 značiek 1 Gb >2Gb: 300 000 značiek Maximálne 500 000 značiek | Koncentrácia ≥ 5 ng/µl Celkové množstvo ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5 Agarózový gél: žiadna alebo obmedzená degradácia alebo kontaminácia
|
Tok servisných prác
Dizajn experimentu
Doručenie vzorky
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Popredajné služby
Služba zahŕňa analýzu štruktúry populácie (fylogenetický strom, PCA, graf stratifikácie populácie), diverzitu populácie a selekciu populácie (vazebná nerovnováha, selektívny sweep-výber výhodných lokalít). Služba môže zahŕňať aj prispôsobenú analýzu (napr. čas divergencie, tok génov).
*Tu zobrazené demo výsledky sú všetky z genómov publikovaných s BMKGENE
1.Evolučná analýza obsahuje konštrukciu fylogenetického stromu, populačnej štruktúry a PCA na základe genetických variácií.
Fylogenetický strom predstavuje taxonomické a evolučné vzťahy medzi druhmi so spoločným predkom.
PCA má za cieľ vizualizovať blízkosť medzi subpopuláciami.
Štruktúra populácie ukazuje prítomnosť geneticky odlišnej subpopulácie z hľadiska frekvencií alel.
Chen a kol. spol.,PNAS, 2020
2.Selektívne zametanie
Selektívne zametanie sa týka procesu, ktorým sa vyberie výhodné miesto a frekvencia spojených neutrálnych miest sa zvýši a frekvencia neprepojených miest sa zníži, čo vedie k zníženiu regionálnych.
Detekcia v celom genóme na selektívnych zametacích oblastiach je spracovaná výpočtom populačného genetického indexu (π，Fst, Tajima's D) všetkých SNP v rámci posuvného okna (100 Kb) v určitom kroku (10 Kb).
Nukleotidová diverzita (π）
Tajima D
Fixačný index (Fst)
Wu, et. spol.,Molekulárna rastlina, 2018
3. Tok génov
Wu, et. spol.,Molekulárna rastlina, 2018
4.Demografická história
Zhang, et. spol.,Príroda Ekológia a Evolúcia, 2021
5. Čas divergencie
Zhang, et. spol.,Príroda Ekológia a Evolúcia, 2021
Preskúmajte pokroky, ktoré umožňujú služby evolučnej genetiky BMKGene prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií:
Hassanyar, AK a kol. (2023) „Objav molekulárnych markerov SNP a kandidátskych génov spojených s rezistenciou voči vírusu sacbrood u lariev Apis cerana cerana pomocou sekvenovania celého genómu“,Medzinárodný časopis molekulárnych vied24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. a kol. (2022) „Objav divokého, geneticky čistého čínskeho obrovského mloka vytvára nové možnosti ochrany“,Zoologický výskum2022, roč. 43, číslo 3, strany: 469-480, 43(3), s. 469-480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. a kol. (2022) „História fylogeografického vzoru a vývoja populácie domorodého Elymus sibiricus L. na Qinghai-tibetskej plošine“,Hranice vo vede o rastlinách, 13, str. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. a kol. (2022) „Genomické pohľady na longanovú evolúciu zo zostavy genómu na úrovni chromozómov a populačnú genomiku longanových pristúpení“,Záhradnícky výskum, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
