Sekvencovanie mRNA v plnej dĺžke -pacBio
Funkcie
● Syntéza cDNA z Poly-A mRNA nasledovaná prípravou knižnice
● Sekvenovanie v režime CCS, generovanie čítaní HIFI
● Sekvenovanie transkriptov v celej dĺžke
● Analýza nevyžaduje referenčný genóm; Môže sa však použiť
● Bioinformatická analýza umožňuje analýzu transkriptov izoformy lncRNA, génových fúzií, poly-adenylácie a génovej štruktúry
Výhody
●Vysoká presnosť: HIFI číta s presnosťou> 99,9% (Q30), porovnateľné s NGS
● Analýza alternatívnej zostrihu: Sekvenovanie celých transkriptov umožňuje identifikáciu a charakterizáciu izoforiem
●Rozsiahla odbornosť: Vďaka výsledku dokončenia viac ako 1100 prepisu a spracovania prepisu PACBIO a spracovania viac ako 2300 vzoriek prináša nášmu tímu množstvo skúseností pre každý projekt.
●Podpora po predaji: Náš záväzok presahuje dokončenie projektu s 3-mesačným obdobím po predaji. Počas tejto doby ponúkame následné opatrenia projektu, pomoc pri riešení problémov a relácie otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok týkajúcich sa výsledkov.
Požiadavky a dodanie vzorky
| Knižnica | Stratégia | Odporúčané údaje | Kontrola kvality |
| Polya obohatená knižnica mRNA CCS | Pacbio Sequel II Pacbio Revio | 20/40 GB 5/10 m CCS | Q30≥85% |
Vzorové požiadavky:
Nukleotidy:
● Rastliny:
Koreň, kmeň alebo okvetné lístky: 450 mg
List alebo semeno: 300 mg
Ovocie: 1,2 g
● zviera:
Srdce alebo črevo: 300 mg
Viscera alebo mozog: 240 mg
Sval: 450 mg
Kosti, vlasy alebo pokožka: 1g
● Činníky:
Hmyz: 6g
Crustacea: 300 mg
● Celá krv: 1 trubica
● Bunky: 106 bunky
| Conc. (Ng/μl) | Množstvo (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Obmedzená alebo žiadna kontaminácia proteínu alebo DNA znázornená na géli. | Pre rastliny: RIN≥7,5; Pre zvieratá: RIN≥8,0; 5,0> 28S/18s≥1,0; obmedzené alebo žiadne základné vyvýšenie |
Odporúčané doručenie vzorky
Kontajner: 2 ml centrifuge trubice (cínová fólia sa neodporúča)
Vzorové označovanie: skupina+replikujte EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásielka:
1. Suchý ľad: Vzorky musia byť zabalené do vreckov a zakorenené v suchom ľade.
2. RNASLABLE TRUE: Vzorky RNA sa môžu vysušiť v RNA stabilizačnej trubici (napr. RNASTABLE®) a dodávané v teplote miestnosti.
Pracovný tok služieb
Experimentálny návrh
Dodanie vzorky
Extrakcia RNA
Konštrukcia knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Služby po predaji
Zahŕňa nasledujúcu analýzu:
● Spracované riadenie kvality údajov
● Analýza alternatívnej polyadenylácie (APA)
● Analýza prepisu fúzie
● Analýza alternatívnej zostrihu
● Benchmarking Universal Single-Copy Ortológy (Busco) Analýza
● Nová analýza transkriptov: Predikcia kódovacích sekvencií (CDS) a funkčná anotácia
● Analýza lncRNA: predikcia lncRNA a cieľov
● Identifikácia mikrosatelitu (SSR)
Analýza Busco
Analýza alternatívnej zostrihu
Alternatívna analýza polyadenylácie (APA)
Funkčná anotácia nových transkriptov
Preskúmajte pokroky uľahčené spoločnosťou BMKGENE'S nanopore celovečerných služieb mRNA v tejto vystupovanej publikácii.
Ma, Y. a kol. (2023) „Porovnávacia analýza metód sekvencovania sekvencovania PACBIO a ONT RNA pre identifikáciu nemipuma nomurai Venom“, Genomics, 115 (6), s. 110709. Doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Chao, Q. a kol. (2019) „Vývojová dynamika transkriptu Populus STEM“, Plant Biotechnology Journal, 17 (1), s. 206–219. doi: 10.1111/pBI.12958.
Deng, H. a kol. (2022) „Dynamické zmeny obsahu kyseliny askorbovej počas vývoja ovocia a dozrievania aktinidia latifolia (ovocná plodina bohatá na askorbáty) a súvisiace molekulárne mechanizmy“, International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), s. 5808. Doi: 10,3390/iJMS23105808/S1.
Hua, X. a kol. (2022) „Účinná predikcia génov biosyntetickej dráhy zapojené do bioaktívnych polylínov v Paríži polypylla“, komunikačná biológia 2022 5: 1, 5 (1), s. 1–10. doi: 10,1038/S42003-022-03000-Z.
Liu, M. a kol. (2023) „Kombinovaný PACBIO ISO-Seq a Illumina RNA-Seq Analýza transkriptómov TUTA Absoluta (Meyrick) a génov cytochrómu p450“, hmyz, 14 (4), s. 363. Doi: 10,3390/hmyz14040363/s1.
Wang, Lijun a kol. (2019) „Prieskum zložitosti transkriptómu s použitím analýzy jednej molekuly PacBIO v reálnom čase kombinovanej so sekvenovaním Illumina RNA pre lepšie porozumenie biosyntézy kyseliny ricinoleovej v Ricinus communis ', BMC genomics, 20 (1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
