Porovnávacia genomika
Výhody služby
●Rozsiahle odborné a publikačné záznamy: s akumulovanými, BMKGene dokončila viac ako 90 komparatívnych genomických projektov, pričom kumulatívny dopadový faktor dosiahol 900.
●Komplexná bioinformatická analýza: balík analýz obsahuje osem najčastejšie požadovaných analýz, ktoré poskytujú dobre navrhnuté čísla pripravené na zverejnenie a umožňujú jednoduchú interpretáciu výsledkov
●Vysoko kvalifikovaný tím bioinformatiky a krátky cyklus analýzy: s veľkými skúsenosťami v komparatívnej genomickej analýze tím BMKGene spĺňa rôzne požiadavky na personalizovanú analýzu v krátkom čase
●Podpora po predaji:Náš záväzok presahuje rámec dokončenia projektu s 3-mesačným obdobím popredajného servisu. Počas tohto obdobia ponúkame sledovanie projektu, pomoc pri riešení problémov a stretnutia otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok súvisiacich s výsledkami.
Špecifikácie služby
| Odhadovaný čas obratu | Počet druhov | Analýzy |
| 30 pracovných dní | 6 - 12 | Klastrovanie génovej rodiny Rozšírenie a kontrakcia génovej rodiny Fylogenetická stavba stromu Odhad času divergencie (vyžaduje sa fosílna kalibrácia) Čas vloženia LTR (pre rastliny) Duplikácia celého genómu (pre rastliny) Selektívny tlak Analýza Synteny |
Bioinformatické analýzy
● Rodina génov
● Fylogenetika
● Čas divergencie
● Selektívny tlak
● Analýza Synteny
Vzorové požiadavky a doručenie
Vzorové požiadavky:
Tkanivo alebo DNA na sekvenovanie a zostavenie genómu
Pre tkanivo
| Druhy | Tkanivo | Prieskum | PacBio CCS |
| Zviera | Viscerálne tkanivo | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Svalové tkanivo | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Cicavčia krv | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Hydina/rybia krv | |||
| Rastlina | Čerstvý list | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Okvetný lístok/Stonka | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Koreň/Semeno | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Bunky | Kultivovaná bunka | - | ≥ 1 x 108 |
Údaje
Súbory sekvencií genómu (.fasta) a súbory anotácií (.gff3) blízko príbuzných druhov
Tok servisných prác
Dizajn experimentu
Doručenie vzorky
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Popredajné služby
*Tu zobrazené demo výsledky sú všetky z genómov publikovaných spoločnosťou Biomarker Technologies
1. Odhad času inzercie LTR: Obrázok ukazuje jedinečnú bimodálnu distribúciu v časoch inzercie LTR-RT v genóme raže Weining v porovnaní s inými druhmi. Najnovší vrchol sa objavil asi pred 0,5 miliónmi rokov.
Li Guang a kol.,Prírodná genetika, 2021
2. Fylogenéza a analýza génovej rodiny na chayote (Sechium edule): Analýzou chayote a ďalších 13 príbuzných druhov v génovej rodine sa zistilo, že chayote je najužšie príbuzný s tekvicou hadou (Trichosanthes anguina). Chayote pochádzajúci z hadej tekvice okolo 27-45 Mya a duplikácia celého genómu (WGD) bola pozorovaná u chayote v 25±4 Mya, čo je tretia udalosť WGD u cucuibitaceae.
Fu A a kol.,Záhradnícky výskum, 2021
3. Analýza synteny: Niektoré gény súvisiace s fytohormónmi vo vývoji ovocia boli nájdené v chayote, hadej tekvici a tekvici. Korelácia medzi chayote a tekvicou je o niečo vyššia ako medzi chayote a hadou tekvicou.
Fu A a kol.,Záhradnícky výskum, 2021
4. Analýza génovej rodiny: KEGG obohatenie o expanziu a kontrakciu génovej rodiny v genómoch G.thurberi a G.davidsonii ukázalo, že gény súvisiace s biosyntézou steroidov a biosyntézou brassinosteroidov boli rozšírené.
Yang Z a kol.,Biológia BMC, 2021
5. Analýza duplikácie celého genómu: Analýza distribúcie 4DTV a Ks ukázala duplikáciu celého genómu. Vrcholy vnútrodruhových vykázali duplicitné udalosti. Vrcholy medzidruhov vykazovali speciačné udalosti. Analýza ukázala, že v porovnaní s ostatnými tromi blízko príbuznými druhmi O. europaea nedávno prešla rozsiahlou duplikáciou génov.
Rao G a kol.,Záhradnícky výskum, 2021
Prípad BMK
Ruža bez štipcov: genomické poznatky spojené s prispôsobením vlhkosti
Zverejnené: National Science Review, 2021
Stratégia sekvenovania:
'Basye'sBeztŕňový“ (R.Wichurainan) genóm:
Pribl. 93 X PacBio + cca. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Kľúčové výsledky
1.Vysoko kvalitný genóm R.wichuraiana bol skonštruovaný pomocou techník sekvenovania s dlhým čítaním, ktoré poskytli zostavu 530,07 Mb (odhadovaná veľkosť genómu bola približne 525,9 Mb pomocou prietokovej cytometrie a 525,5 podľa prieskumu genómu; Heterozygotnosť bola približne 1,03 %). Odhadované skóre BUSCO bolo 93,9 %. V porovnaní s „Old blush“ (haploOB) bola kvalita a úplnosť tohto genómu potvrdená základnou jednobázovou presnosťou a indexom zostavenia LTR (LAI=20,03). Genóm R.wichuraiana obsahuje 32 674 génov kódujúcich proteín.
2. Spoločná multiomická analýza, pozostávajúca z komparatívnej genomiky, transkriptomiky, QTL analýzy genetickej populácie, odhalila kľúčovú špecifikáciu medzi R. wichuraiana a Rosa chinensis. Tiež variácia expresie príbuzných génov v QTL bola pravdepodobne spojená so vzorovaním pichľavých kmeňov.
Porovnávacia genomická analýza medzi Basye;s Thornless a Rosa chinensis vrátane analýzy synténie, klastra génových rodín, analýzy expanzie a kontrakcie odhalila veľké množstvo variácií, ktoré sa týkali kľúčových vlastností ruží. Jedinečná expanzia v rodine génov NAC a FAR1/FRS bola veľmi pravdepodobne spojená s odolnosťou voči čiernej škvrne.
Porovnávacia genomická analýza medzi genómami BT a haploOB.
Zhong, M., a kol. „Ruža bez ostňov: genomické poznatky spojené s prispôsobením vlhkosti“National Science Review, 2021;, nwab092.
