Bmkmanu s3000_spatial prepise
BMKMANU S3000 Technická schéma pre transkriptóm
Funkcie
- Rozlíšenie: 3,5 µm
- Priemer bodu: 2,5 µm
- Počet miest: približne 4 milióny
- 3 možné formáty oblasti zachytenia: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm alebo 15 mm * 20 mm
- Každá guľôčka s čiapkou je naložená primérmi zloženými zo 4 sekcií:
• Poly (DT) chvost na priming mRNA a syntézu cDNA,
• Unikátny molekulárny identifikátor (UMI) na nápravu zosilnenia
• Priestorový čiarový kód
• Väzbová sekvencia čiastočného čítania 1 sekvenčný primér
- H&E a fluorescenčné farbenie sekcií
- Možnosť používať technológiu segmentácie buniek: integrácia farbenia H&E, fluorescenčné farbenie a sekvenovanie RNA na určenie hraníc každej bunky a správne priraďovanie génovej expresie každej bunke. Spracovanie analýzy priestorového profilovania po prúde založenej na bunkovom zásobníku.
- Je možné dosiahnuť analýzu viacúrovňového rozlíšenia: Flexibilná viacúrovňová analýza v rozmedzí od 100UM do 3,5 UM na vyriešenie rôznych funkcií tkanív pri optimálnom rozlíšení.
Výhody BMKManu S3000
-Zdvojnásobenie miest na zachytenie na 4 milióny: So zlepšeným rozlíšením 3,5 um, čo vedie k detekcii vyššej génovej a UMI na bunku. To vedie k zlepšeniu zoskupovania buniek na základe transkripčných profilov, s jemnejším detailom, ktoré zodpovedajú štruktúre tkanív.
- sub-cululárne rozlíšenie:Každá oblasť zachytenia obsahovala> 2 milióny priestorových bodov s priemerom s priemerom 2,5 um a rozstup 5 um medzi bodovými centrami, čo umožnilo analýzu priestorového transkriptómu s sub-cululárnym rozlíšením (5 um).
-Analýza viacúrovňového rozlíšenia:Flexibilná viacúrovňová analýza v rozsahu od 100 μm do 5 μm na vyriešenie rôznych funkcií tkaniva pri optimálnom rozlíšení.
-Možnosť používať technológiu segmentácie buniek „Tri v jednom snímke“:Kombináciou fluorescenčného farbenia, farbenia H&E a sekvencovania RNA na jednom posúvaní náš analytický algoritmus „trom v jednom“ umožňuje identifikáciu hraníc buniek pre následnú transkriptomiku založenú na bunkách.
-Kompatibilné s viacerými platformami sekvencovania: K dispozícii sú NGS aj na dlhé čítanie.
-Flexibilný dizajn 1-8 aktívnej oblasti zachytávania: Veľkosť oblasti snímania je flexibilná, je možné použiť 3 formáty (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm a 15 mm * 20 mm)
-Jednorazová služba: Integruje všetky skúsenosti a kroky založené na zručnostiach, vrátane kryo sekcie, farbenia, optimalizácie tkanív, priestorového čiarového kódovania, prípravy knižnice, sekvenovania a bioinformatiky.
-Komplexná bioinformatika a užívateľsky prívetivá vizualizácia výsledkov:Balíček obsahuje 29 analýz a 100+ vysokokvalitných čísel v kombinácii s použitím zariadenia vyvinutého softvéru na vizualizáciu a prispôsobenie rozdelenia buniek a zoskupovanie bodov.
-Prispôsobená analýza a vizualizácia údajov: K dispozícii pre rôzne požiadavky na výskum
-Vysoko kvalifikovaný technický tím: so skúsenosťami s viac ako 250 druhmi tkanív a 100+ druhov vrátane človeka, myši, cicavcov, rýb a rastlín.
-Aktualizácie celého projektu v reálnom čase: s úplnou kontrolou experimentálneho pokroku.
-Voliteľná spoločná analýza so sekvencovaním mRNA s jednou bunkou
Špecifikácia služieb
| Vzorové požiadavky | Knižnica | Stratégia | Odporúčané údaje | Kontrola kvality |
| Vzorky kryo zapustené z októbra (Optimálny priemer: cca. 6 × 6 × 6 mm³) 2 bloky na vzorku 1 Pre experiment, 1 pre zálohu | Knižnica cDNA S3000 | Illumina PE150 | 160k PE číta na 100m (250 GB) | Rin> 7 |
Viac informácií o usmerňovaní prípravy vzoriek a pracovnom toku služieb, neváhajte a porozprávajte sa s aBmkgene expert
Pracovný tok služieb
Vo fáze prípravy vzorky sa vykonáva počiatočná skúška extrakcie objemovej RNA, aby sa zabezpečila získanie vysoko kvalitnej RNA. V štádiu optimalizácie tkanív sú rezy zafarbené a vizualizované a sú optimalizované podmienky permeabilizácie pre uvoľňovanie mRNA z tkaniva. Optimalizovaný protokol sa potom aplikuje počas konštrukcie knižnice, po ktorom nasleduje sekvenovanie a analýza údajov.
Kompletný servisný pracovný postup zahŕňa aktualizácie v reálnom čase a potvrdenia klienta, aby sa udržala responzívna slučka spätnej väzby, čím sa zabezpečila hladké vykonanie projektu.
Dáta generované spoločnosťou BMKManu S3000 sa analyzujú pomocou softvéru „BSTMATRIX“, ktorý je nezávisle navrhnutý spoločnosťou BMKGENE, ktorá generuje hladinu buniek a viacúrovňovú maticu génovej expresnej expresie. Odtiaľ sa vygeneruje štandardná správa, ktorá zahŕňa kontrolu kvality údajov, analýzu vnútornej vzorky a analýzu medzi skupinami.
- Kontrola kvality údajov:
- Výstup údajov a distribúcia skóre kvality
- detekcia génov na miesto
- Tkanivové pokrytie
- Analýza vnútornej vzorky:
- Génové bohatstvo
- Zoskupovanie bodov vrátane analýzy zníženej dimenzie
- Analýza diferenciálnej expresie medzi zhlukami: Identifikácia markerových génov
- funkčná anotácia a obohatenie markerových génov
- Analýza medzi skupinami
-Opätovná komikcia škvŕn z oboch vzoriek (napr. Choré a kontrola) a opätovného zoskupenia
- Identifikácia markerových génov pre každý klaster
- funkčná anotácia a obohatenie markerových génov
- diferenciálna expresia toho istého zhluku medzi skupinami
Okrem toho BMKGene vyvinula „BSTViewer“, ktorý je užívateľsky prívetivý nástroj, ktorý umožňuje užívateľovi vizualizovať génovú expresiu a zoskupovanie bodov pri rôznych rozlíšeniach.
BMKGene ponúka priestorové profilovacie služby pri presnom rozlíšení jednobunkových buniek (na základe bunkového zásobníka alebo viacúrovňového štvorcového zásobníka od 100UM do 3,5UM).
Údaje o priestorovom profilovaní z tkanivových sekcií na snímke S3000 sa dostanú dobre, ako je nižšie.
Prípadová štúdia 1: mozog myši
Analýza sekcie mozgu myši s S3000 viedla k identifikácii ~ 94 000 buniek, so stredným sekvenovaním ~ 2000 génov na bunku. Vylepšené rozlíšenie 3,5 UM viedlo k veľmi podrobnému zhlukovaniu buniek na základe transkripčných vzorov, pričom klastry buniek napodobňovali mozgové štruktúry. Toto sa ľahko pozoruje vizualizáciou distribúcie buniek zoskupených ako oligodendrocyty a bunky mikroglií, ktoré sa takmer výlučne nachádzajú v šedej a bielej hmote.
Prípadová štúdia 2: Embryo myši
Analýza sekcie myších embryí s S3000 viedla k identifikácii ~ 2200 000 buniek, so stredným sekvenovaním ~ 1600 génov na bunku. Vylepšené rozlíšenie 3,5 UM viedlo k veľmi podrobnému zhlukovaniu buniek na základe transkripčných vzorov, s 12 zhlukami v oblasti oka a 28 zhlukmi v oblasti mozgu.
Zoskupovanie buniek vnútornej vzorky:
Identifikácia markerových génov a priestorové rozdelenie:
-Vyššie sub-bunkové rozlíšenie: V porovnaní s posúvaním S1000, každá plocha zachytenia S3000 obsahovala> 4 milióny priestorov priestorového čiarového kódu s priemerom 2,5 µm a vzdialenosťou 3,5 um medzi bodovými centrami, čo umožňuje analýzu priestorového transkriptómu s vyšším sub-celkovým rozlíšením (štvorcový kôš: 3,5 µm).
- Vyššia účinnosť zachytenia: v porovnaní s sklzom S1000 sa zvýši medián_umi z 30% na 70%, stredný_gene sa zvýši z 30% na 60%
Schéma čipu S1000:
Schéma čipu S3000:
