Priestorový prepis BMKMANU S1000
Technická schéma priestorového transkriptomu BMKMANU S1000
Vlastnosti
● Rozlíšenie: 5 µM
● Priemer bodu: 2,5 uM
● Počet spotov: približne 2 milióny
● 3 možné formáty snímacej oblasti: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm alebo 15 mm * 20 mm
● Každá guľôčka s čiarovým kódom je naplnená primermi zloženými zo 4 častí:
poly(dT) chvost na aktiváciu mRNA a syntézu cDNA
Jedinečný molekulárny identifikátor (UMI) na opravu skreslenia amplifikácie
Priestorový čiarový kód
Väzbová sekvencia čiastočného čítania 1 sekvenačného priméru
● H&E a fluorescenčné farbenie rezov
● Možnosť použitiatechnológia segmentácie buniek: integrácia farbenia H&E, fluorescenčného farbenia a sekvenovania RNA na určenie hraníc každej bunky a správne priradenie génovej expresie každej bunke.
Výhody BMKMANU S1000
●Subcelulárne rozlíšenie: Každá oblasť zachytenia obsahovala >2 milióny priestorových čiarových kódov s priemerom 2,5 µm a rozstupom 5 µm medzi stredmi škvŕn, čo umožňuje analýzu priestorového transkriptómu so subcelulárnym rozlíšením (5 µm).
●Viacúrovňová analýza rozlíšenia:Flexibilná viacúrovňová analýza v rozsahu od 100 μm do 5 μm na rozlíšenie rôznych vlastností tkaniva pri optimálnom rozlíšení.
●Možnosť použitia technológie segmentácie buniek „Tri v jednej snímke“:Kombináciou fluorescenčného farbenia, farbenia H&E a sekvenovania RNA na jednom sklíčku umožňuje náš analytický algoritmus „tri v jednom“ identifikáciu bunkových hraníc pre následnú transkriptomiku založenú na bunkách.
●Kompatibilné s viacnásobnými sekvenčnými platformami: K dispozícii je NGS aj dlhé čítanie.
●Flexibilný dizajn 1-8 aktívnych snímacích oblastí: Veľkosť snímacej oblasti je flexibilná, je možné použiť 3 formáty (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm a 15 mm * 20 mm)
●Jednorazová služba: Integruje všetky kroky založené na skúsenostiach a zručnostiach, vrátane kryorezov, farbenia, optimalizácie tkaniva, priestorového čiarového kódovania, prípravy knižnice, sekvenovania a bioinformatiky.
●Komplexná bioinformatika a užívateľsky prívetivá vizualizácia výsledkov:balík obsahuje 29 analýz a viac ako 100 vysokokvalitných údajov v kombinácii s použitím vlastného softvéru na vizualizáciu a prispôsobenie delenia buniek a zhlukovania bodov.
●Analýza a vizualizácia dát na mieru: k dispozícii pre rôzne žiadosti o výskum
●Vysoko kvalifikovaný technický tím: so skúsenosťami s viac ako 250 typmi tkanív a 100+ druhmi vrátane ľudí, myší, cicavcov, rýb a rastlín.
●Aktualizácie celého projektu v reálnom čase: s plnou kontrolou priebehu experimentu.
●Voliteľná kĺbová analýza s jednobunkovým sekvenovaním mRNA
Špecifikácie služby
|
Ukážka Požiadavky
| Knižnica |
Stratégia sekvenovania
| Odporúčané údaje | Kontrola kvality |
| Kryo vzorky vložené do OCT, 3 bloky na vzorku | Knižnica cDNA S1000 | Illumina PE150 (ďalšie dostupné platformy) | 100K PE čítaní na 100 uM (60-150 Gb) | RIN>7 |
Ak chcete získať viac podrobností o návode na prípravu vzoriek a pracovnom postupe služieb, neváhajte sa porozprávať s aExpert BMKGENE
Tok servisných prác
Vo fáze prípravy vzorky sa vykoná počiatočná skúška hromadnej extrakcie RNA, aby sa zabezpečilo získanie vysoko kvalitnej RNA. V štádiu optimalizácie tkaniva sú rezy zafarbené a vizualizované a podmienky permeabilizácie pre uvoľňovanie mRNA z tkaniva sú optimalizované. Optimalizovaný protokol sa potom aplikuje počas konštrukcie knižnice, po ktorej nasleduje sekvenovanie a analýza údajov.
Kompletný pracovný postup služieb zahŕňa aktualizácie v reálnom čase a potvrdenia klientov, aby sa zachovala spätná väzba s odozvou a zabezpečila sa hladká realizácia projektu.
Dáta generované BMKMANU S1000 sa analyzujú pomocou softvéru „BSTMatrix“, ktorý je nezávisle navrhnutý spoločnosťou BMKGENE a generuje maticu génovej expresie. Odtiaľ sa vygeneruje štandardná správa, ktorá zahŕňa kontrolu kvality údajov, analýzu vnútorných vzoriek a analýzu medzi skupinami.
● Kontrola kvality údajov:
Výstup údajov a distribúcia skóre kvality
Detekcia génov na mieste
Pokrytie tkanivami
● Analýza vnútornej vzorky:
Génové bohatstvo
Bodové zhlukovanie vrátane analýzy redukovaných rozmerov
Analýza diferenciálnej expresie medzi klastrami: identifikácia markerových génov
Funkčná anotácia a obohatenie markerových génov
● Medziskupinová analýza:
Opätovná kombinácia škvŕn z oboch vzoriek (napr. chorých a kontrolných) a opätovného zoskupenia
Identifikácia markerových génov pre každý klaster
Funkčná anotácia a obohatenie markerových génov
Diferenciálna expresia rovnakého zhluku medzi skupinami
Okrem toho BMKGENE vyvinul „BSTViewer“ je užívateľsky príjemný nástroj, ktorý umožňuje užívateľovi vizualizovať génovú expresiu a zhlukovanie škvŕn v rôznych rozlíšeniach.
BMKGene vyvinul softvér pre užívateľsky príjemnú vizualizáciu
Bodové zoskupovanie BSTViewer vo viacúrovňovom rozlíšení
BSTCellViewer: automatické a manuálne delenie buniek
Analýza vnútornej vzorky
Zhlukovanie škvŕn:
Identifikácia markerových génov a priestorová distribúcia:
Medziskupinová analýza
Kombinácia údajov z oboch skupín a opätovného zoskupenia:
Markerové gény nových klastrov:
Preskúmajte pokroky, ktoré umožňujú priestorové transkriptomické služby BMKGene s technológiou BMKManu S1000 v tejto odporúčanej publikácii:
Song, X. a kol. (2023) „Priestorová transkriptomika odhaľuje svetlom indukované bunky chlorenchýmu, ktoré sa podieľajú na podpore regenerácie výhonkov v kaluse paradajok“,Zborník Národnej akadémie vied Spojených štátov amerických120(38), s. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Vy, Y. a spol. (2023) „Systematické porovnávanie priestorových transkriptomických metód založených na sekvenovaní“,bioRxiv, s. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
