De novo zostavenie bakteriálneho genómu
Poskytujeme kompletnú službu montáže bakteriálneho genómu so zárukou 0 medzier. Je to možné integráciou technológií sekvenovania dlhého čítania, ako sú Nanopore a PacBio na zostavenie a sekvenovanie krátkeho čítania s Illumina na overenie zostavy a opravu chýb ONT čítania. Naša služba poskytuje kompletný bioinformatický pracovný postup od montáže, funkčnej anotácie a pokročilej bioinformatickej analýzy, čím napĺňa špecifické výskumné ciele. Táto služba umožňuje vývoj presných referenčných genómov pre rôzne genetické a genomické štúdie. Okrem toho tvorí základ pre aplikácie, ako je optimalizácia kmeňov, genetické inžinierstvo a vývoj mikrobiálnych technológií, čím sa zaisťujú spoľahlivé genomické údaje bez medzier, ktoré sú kľúčové pre pokrok vo vedeckých poznatkoch a biotechnologické inovácie.
Funkcie služby
● S dvomi možnými možnosťami výberu v závislosti od požadovaného stupňa úplnosti genómu.
● Možnosť návrhu genómu: Sekvenovanie krátkeho čítania pomocou Illumina NovaSeq PE150.
● Dokončite genóm s nulovou medzerou.
● Dlhé sekvenovanie na Nanopore PromethION 48 alebo PacBio Revio na zostavenie genómu.
● Sekvenovanie krátkeho čítania na Illumina NovaSeq na overenie genómu a opravu chýb (Nanopore) alebo na vytvorenie návrhu genómu.
Výhody služby
●Zaručený genóm s nulovou medzerou: Je to spôsobené integráciou sekvenovania Illumina so sekvenovaním dlhého čítania (Nanopore alebo PacBio).
●Kompletný pracovný postup v oblasti bioinformatiky:To zahŕňa zostavenie genómu a predikciu viacerých genómových prvkov, anotáciu funkčných génov a vizualizácie genómu, ako je napríklad graf Circos.
●Rozsiahla odbornosť: S viac ako 20 000 zhromaždenými mikrobiálnymi genómami prináša BMKGENE viac ako desaťročné skúsenosti, vysoko kvalifikovaný analytický tím, komplexný obsah a vynikajúcu popredajnú podporu.
●Podpora po predaji:Náš záväzok presahuje rámec dokončenia projektu s 3-mesačným obdobím popredajného servisu. Počas tohto obdobia ponúkame sledovanie projektu, pomoc pri riešení problémov a stretnutia otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok súvisiacich s výsledkami.
●Dostupné viaceré stratégie sekvenovania:Pre rôzne ciele výskumu a požiadavky na úplnosť genómu.
Špecifikácie služby
| servis | Stratégia sekvenovania |
| Návrh genómu | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap genóm | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (voliteľné) |
Vzorové požiadavky:
| Koncentrácia (ng/µL) | Celkové množstvo (µg) | Objem (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Baktérie: ≥3,5x1010 bunky
Tok servisných prác
Doručenie vzorky
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Popredajné služby
Zahŕňa nasledujúcu analýzu:
● Kontrola kvality sekvenčných údajov
● Zhromaždenie genómu
● Analýza komponentov genómu: Predikcia CDS a viacerých genómových prvkov
● Funkčná anotácia s viacerými všeobecnými databázami (GO, KEGG atď.) a pokročilými databázami (CARD, VFDB atď.)
● Vizualizácia genómu
Poskytujeme genóm v ľahko dostupnom formáte fasta a súbor s anotáciou genómu (gff).
Génová anotácia – GO
Génová anotácia – CAZY sacharidy
Vizualizácia genómu – zápletka Circos
Preskúmajte pokroky, ktoré umožňujú služby zostavovania bakteriálneho genómu BMKGene prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií.
Dai, W. a kol. (2023) „Objav Bacteroides uniformis F18-22 ako bezpečnej a novej probiotickej baktérie na liečbu ulceróznej kolitídy zo zdravého ľudského hrubého čreva“,International Journal of Molecular Sciences24(19), str. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. a kol. (2021) „Multidrug-rezistentné izoláty Proteus mirabilis nesúce blaOXA-1 a blaNDM-1 z voľne žijúcich živočíchov v Číne: zvyšujúce sa riziko pre verejné zdravie“,Integratívna zoológia, 16 (6), s. 798-809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT a kol. (2017) „Úplná sekvencia genómu endofytu Bacillus flexus KLBMP 4941 odhaľuje jeho mechanizmus podpory rastu rastlín a genetický základ pre toleranciu soli“,Journal of Biotechnology, 260, s. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. a kol. (2021) „Multiple-replicon Resistance Plasmids of Klebsiella sprostredkujú rozsiahle šírenie antimikrobiálnych génov“,Hranice v mikrobiológii, 12, str. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
