Amplikónové sekvenovanie (16S/18S/ITS)

Sekvenovanie amplikónu (16S/18S/ITS) s Illuminou je metóda analýzy mikrobiálnej diverzity identifikáciou mikrobiálnych profilov podľa ich sekvencií a potom, čo sa snaží dešifrovať bohatosť a rozširovanie komunity v rámci každej vzorky a medzi vzorkami. Potrubie amplikónu BMKcloud (NGS) umožňuje analýzu 16S, 18S, ITS a viac funkčných génov. Začína sa orezávaním čítania, spárovaným koncom čítania a hodnotením kvality, po ktorom nasleduje zoskupovanie podobných čítaní, ktoré generujú prevádzkové taxonomické jednotky (OTU) použité v šiestich rôznych analytických oddieloch. Taxonomická anotácia poskytuje informácie o relatívnom hojnosti a zložení každej vzorky, zatiaľ čo analýzy diverzity alfa a beta sa zameriavajú na mikrobiálnu diverzitu vo vzorkách a medzi nimi. Diferenciálna analýza medzi skupinami zistí OTU, ktoré sa líšia pomocou parametrických aj neparametrických testov, zatiaľ čo korelačná analýza súvisí s týmito rozdielmi s faktormi prostredia. Nakoniec sa predpovedá hojnosť funkčného génu na základe hojnosti markerových génov a poskytuje pohľad na funkciu a ekológiu v každej vzorke.